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Deconvolution of tumor evolution and ecosystem through EV-based liquid biopsy

Description du projet

Une biopsie liquide qui appréhende la complexité du cancer

Le microenvironnement tumoral joue un rôle central dans le développement et la progression du cancer, et dans la résistance aux traitements. Suivre l’évolution des tumeurs et de l’écosystème qui les entoure au cours du traitement va permettre de personnaliser la thérapie anticancéreuse. Cependant, les biopsies liquides n’enregistrent que les changements spécifiques à la tumeur. Pour remédier à cette limitation, le projet EVOLVE, financé par le CER, s’appuie sur une plateforme innovante de profilage de l’ARN, qui peut distinguer les signaux moléculaires spécifiques à la tumeur des changements plus larges survenant dans le microenvironnement. En analysant l’ARN transporté dans de minuscules vésicules membranaires déversées dans la circulation sanguine, les chercheurs décoderont la manière dont les tumeurs et les écosystèmes immunitaires et stromaux qui les entourent s’adaptent au traitement. Ces connaissances permettront un suivi plus précis de la maladie et guideront le développement de stratégies thérapeutiques personnalisées pour les patients cancéreux.

Objectif

Cancer progression and drug resistance are driven not only by tumor-intrinsic factors but also by complex interactions between tumor cells and their evolving microenvironment. Understanding the longitudinal co-evolution of tumors and their microenvironment is critical for developing personalized therapeutic strategies, including optimizing immunotherapeutic approaches.
Liquid biopsies provide a minimally invasive approach for longitudinal monitoring of cancer dynamics. Current methods primarily focus on next-generation sequencing-based analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) or circulating tumor cells (CTCs), which track only tumor-specific changes during disease progression. However, other sources, such as extracellular vesicle RNA (EV-RNA) profiling, can capture broader transcriptomic changes in response to therapy. This capability is exemplified by our RExCuE (mRNA Expression in Circulating EVs) platform, an innovative tool that monitors mRNA alterations in circulation. However, RExCuE is currently unable to distinguish tumor-specific changes from systemic effects. To address this gap, I will build upon my expertise in EV-RNA analysis to understand tumor-intrinsic pathways and the activation status of tumor-extrinsic factors, including the tumor stroma and immune ecosystem. In particularly, I will: (1) identify tumor-specific EV-RNA alterations associated with therapy response and disease progression; (2) characterize the impact of ecosystem-derived EVs on tumor evolution and therapy outcomes; and (3) develop a comprehensive tool to deconvolute tumor-intrinsic and extrinsic transcriptomic changes from clinical samples in circulation.
This approach intends to provide a deeper understanding of the adaptive responses of both tumors and their ecosystems to treatments, ultimately guiding more effective and personalized therapeutic strategies.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2025-STG

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Institution d’accueil

FUNDACION DE LA COMUNIDAD VALENCIANA CENTRO DE INVESTIGACION PRINCIPE FELIPE
Contribution nette de l'UE
€ 1 987 583,00
Adresse
CALLE EDUARDO PRIMO YUFERA 3
46012 Valencia
Espagne
Région
Este Comunitat Valenciana Valencia/València
Type d’activité
Research Organisations
Liens
Coût total
€ 1 987 583,00

Bénéficiaires (1)