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Molecular Reclassification to Find Clinically Useful Biomarkers for Systemic Autoimmune Diseases

Objetivo

We concur to the IMI on “Reclassification of SLE, connective tissue diseases and RA” call by presenting a proposal aimed at using the power of OMICs, and bioinformatics to identify new classifications for diseases known to share common pathophysiological mechanisms. Such knowledge has not been applied to individual patients, depriving them from potential benefits in terms of the use of new therapeutic agents that are being developed for one disease but cannot be applied in another due to current clinical classifications.
We will investigate individuals with systemic lupus erythematosus (SLE), systemic sclerosis (SSc), Sjögren’s syndrome (Sjs), rheumatoid arthritis (RA), primary antiphospholipid syndrome (PAPS) and mixed connective tissue disease (MCTD), jointly as systemic autoimmune diseases (SADs). We believe that there will be overlapping clusters of individuals across diseases that will share molecular features. To determine these clusters we will, study 2000 cases of SADs, and 600 healthy controls to identify molecular clusters and their cellular and clinical correlates. In addition, we will study kidney and skin biopsies to define the development of molecular markers with severe kidney disease or with skin fibrosis. In this way we will define systemic and tissue taxonomies. We will study complete as well as isolated peripheral blood mononuclear cells and subpopulations and in biopsies gene expression and epigenetic marks with a combination of array and next generation sequencing (NGS) strategies. These studies will define cellular counts and proportions and changes in gene expression related to specific cellular populations. We will also use NGS strategies to define the presence of risk alleles (HLA and non-HLA) in all individuals. The data will be complemented with the study of the presence of autoantibodies in serum (analyzed in a reference lab), and we will use metabolomics mass spectrometry and NMR approaches to analyze plasma and urine metabolites. We will also study exosomes in plasma and urine and identify their molecular profiles. Samples will be collected following strict protocols and appropriate patient selection. The bioinformatics and biostatistics approaches will be aimed at the analysis of clusters with unsupervised clustering algorithms and tools and cross-validation. We will also perform analyses to determine risk and predictive models analyzing the genetic and molecular data at different levels, leading to a highly productive study with two arms, one for basic research and one with clinical applications. Among the clinical applications we will have a new classification for groups of patients sharing molecular mechanisms of disease, biomarkers for disease progression and organ damage prediction, and we will develop assays that can be easily applied in the clinic. The resultant clinically applicable clusters will be then validated in a longitudinal, inception trial where newly recruited patients will be analyzed at baseline and at two different time points and define their clustering status or their evolution towards specific clusters.
We will gain completely novel information that will open new avenues of research and new possibilities of collaboration between the public Academy and the private Pharmaceutical sector by establishing the basis for new clinical trials with the potential to really benefit the patients.

Convocatoria de propuestas

IMI-JU-08-2012
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Coordinador

UCB BIOPHARMA
Dirección
Allee De La Recherche 60
1070 Bruxelles
Bélgica

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Investigador principal
John Ioannou (Dr)
Contacto administrativo
Katharina Klapper (Mrs)

Participantes (28)

FUNDACION PUBLICA ANDALUZA PROGRESO Y SALUD
España
Aportación de la UE
€ 1 826 852
Dirección
Avenida Americo Vespucio 15 Edif S2
41092 Sevilla

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
Enrique Sanchez Suarez (Mr.)
ATRYS HEALTH, SA
España
Aportación de la UE
€ 243 425
Dirección
Calle Velazquez 24 4 Izquierda
28001 Madrid

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Contacto administrativo
Encarna Vega (Mr.)
CENTRO HOSPITALAR UNIVERSITARIO DO PORTO EPE
Portugal
Aportación de la UE
€ 153 324
Dirección
Largo Professor Abel Salazar
4099 001 Porto

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Tipo de actividad
Public bodies (excluding Research Organisations and Secondary or Higher Education Establishments)
Contacto administrativo
Ana Isabel Tavares (Ms)
AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
España
Aportación de la UE
€ 846 180
Dirección
Calle Serrano 117
28006 Madrid

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
María Requejo (Mrs)
FONDAZIONE IRCCS CA' GRANDA - OSPEDALE MAGGIORE POLICLINICO
Italia
Aportación de la UE
€ 388 612
Dirección
Via Francesco Sforza 28
20122 Milano

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Tipo de actividad
Other
Contacto administrativo
Manuela Martorana (MRS)
FUNDACIO INSTITUT D'INVESTIGACIO BIOMEDICA DE BELLVITGE
España
Aportación de la UE
€ 1 026 782
Dirección
Avenida Gran Via Hospitalet 199-203
08908 L'hospitalet De Llobregat

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
LAIA LAGUNAS (MRS.)
Servicio Cántabro de Salud
España
Aportación de la UE
€ 127 950
Dirección
Avenida De Cardenal Herrera Oria
39011 Santander

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
Raquel Leal (Technician)
CONSORCI INSTITUT D'INVESTIGACIONS BIOMEDIQUES AUGUST PI I SUNYER
España
Aportación de la UE
€ 145 320
Dirección
Calle Rossello 149 Puerta Bjs
08036 Barcelona

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Tipo de actividad
Other
Contacto administrativo
Pastora Martínez Samper (Dr.)
KAROLINSKA INSTITUTET
Suecia
Aportación de la UE
€ 434 450
Dirección
Nobels Vag 5
17177 Stockholm

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Anna Frostegård (MD, PhD, Leg.Läk)
KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Bélgica
Aportación de la UE
€ 229 400
Dirección
Oude Markt 13
3000 Leuven

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Karolien Mariën (Ms)
KLINIKUM DER UNIVERSITAET ZU KOELN
Alemania
Aportación de la UE
€ 129 800
Dirección
Kerpener Strasse 62
50937 Koeln

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Petra Schreiner-Kaub (Mrs)
MEDIZINISCHE HOCHSCHULE HANNOVER
Alemania
Aportación de la UE
€ 217 924
Dirección
Carl-neuberg-strasse 1
30625 Hannover

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Simone Hess (Dr)
MEDIZINISCHE UNIVERSITAET WIEN
Austria
Aportación de la UE
€ 45 520
Dirección
Spitalgasse 23
1090 Wien

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Michaela Ernst (Mrs)
Quartz Bio S.A.
Suiza
Aportación de la UE
€ 893 562
Dirección
Chemin Du Pré-fleuri
1228 Plan-les-ouates

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Contacto administrativo
Jérôme Wojcik (CEO)
SERVICIO ANDALUZ DE SALUD
España
Aportación de la UE
€ 556 740
Dirección
Avenida De La Constitucion 18
41071 Sevilla

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Tipo de actividad
Public bodies (excluding Research Organisations and Secondary or Higher Education Establishments)
Contacto administrativo
Elena Martin-Bautista (Dr)
KYPRIAKO IDRYMA EREVNON GIA TI MYIKI DISTROFIA
Chipre
Aportación de la UE
€ 252 540
Dirección
6 Iroon Avenue
2371 Agios Dometios

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
Marios Flouros (Mr.)
UNIVERSIDAD DE GRANADA
España
Aportación de la UE
€ 480 780
Dirección
Cuesta Del Hospicio Sn
18071 Granada

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Jose A. Carrillo Miñán (Mr)
UNIVERSITA DEGLI STUDI DI MILANO
Italia
Aportación de la UE
€ 254 040
Dirección
Via Festa Del Perdono 7
20122 Milano

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Anna Maria Cerini (Mrs)
UNIVERSITE CATHOLIQUE DE LOUVAIN
Bélgica
Aportación de la UE
€ 341 995
Dirección
Place De L Universite 1
1348 Louvain La Neuve

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Geneviève Depresseux (Mrs.)
UNIVERSITE DE BRETAGNE OCCIDENTALE
Francia
Aportación de la UE
€ 638 199
Dirección
Rue Des Archives 3
29238 Brest

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Nathalie Queffelec (Ingénieur Europe)
UNIVERSITE DE GENEVE
Suiza
Aportación de la UE
€ 270 140
Dirección
Rue Du General Dufour 24
1211 Geneve

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Carlo CHIZZOLINI (Dr.)
SZEGEDI TUDOMANYEGYETEM
Hungría
Aportación de la UE
€ 67 350
Dirección
Dugonics Ter 13
6720 Szeged

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Gabor Antal (-)
Deutsches Rheuma-Forschungszentrum Berlin

La participación finalizó

Alemania
Aportación de la UE
€ 49 453
Dirección
Chariteplatz 1
10117 Berlin

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Tipo de actividad
Research Organisations
Contacto administrativo
Petra Starke (-)
BAYER AKTIENGESELLSCHAFT
Alemania
Dirección
Kaiser-wilhelm-allee 1
51373 Leverkusen

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Contacto administrativo
Petra Freitag (Mr.)
INSTITUT DE RECHERCHES INTERNATIONALES SERVIER IRIS
Francia
Dirección
Rue Carnot 50
92284 Courbevoie

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Contacto administrativo
Marie DUVICQ (Ms)
SANOFI-AVENTIS RECHERCHE & DEVELOPPEMENT
Francia
Dirección
Pierre Brossolette 1
91380 Chilly Mazarin

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Contacto administrativo
Thorsten Strube (Dr.)
ELI LILLY AND COMPANY LTD
United Kingdom
Dirección
Lilly House Basingview
RG21 4FA Basingstoke

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Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Contacto administrativo
Birgit Steckel-Hamann (Dr)
CHARITE - UNIVERSITAETSMEDIZIN BERLIN
Alemania
Aportación de la UE
€ 378 985
Dirección
Chariteplatz 1
10117 Berlin

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Contacto administrativo
Eveline Fräßdorf (Ms)