Objectif
DUPLEX focuses on non-covalent interactions, which are pivotal in self-assembly and supra-molecular chemistry. We address the fundamental question of the nature of the stability of oligonucleotides (and ultimately DNA itself) based on model ab initio calculations. Since stability is not just due to intrinsic features and substituent effects in the gas phase we will link our work with molecular simulation studies. We will constantly contrast our findings with the extensive literature study on MD and MC simulations of oligonucleotides that we carried out already. However, due to the enormity of the central question and the limited time scale we will not perform simulations ourselves. Furthermore we envisage interacting with the large experimental group of a colleague in the School of Chemistry, called Prof DB Kell.
His lab has expertise in measuring melting curves obtained by UV spectrophotometry and microcalorimetry. This proposal builds on a paper we recently published in J.Am.Chem.Soc. [vol.124 p.8725 (2002 )] There are three objectives: (1) Determine the validity of Jorgensen well-cited secondary interaction hypothesis for a sizeable set of modified bases. (2) Establish the effect of substituent effects on the stability of H-bonded base pairs. (3) Via ab initio calculations estimate stacking interaction energies for natural bases and N6-methyladenosine and 5-methylcytosine.
Very recently computing power has reached the level where benchmark energies for a variety base pair configurations can be obtained from first principles. With state-of-the-art ab initio calculations we will obtain insight into pi-pi stacking for smaller model systems and at lower level for ribose/phosphodiester-linked base pairs. The rigorous partitioning theory called Quantum Chemical Topology will feature strongly. Epigenetics and important biological techniques such as PCR and Kunkel mutagenesis will benefit from the deeper understanding resulting from this project.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule acide nucléique
- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique épigénétique
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2004-MOBILITY-7
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Coordinateur
MANCHESTER
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.