Ziel
DUPLEX focuses on non-covalent interactions, which are pivotal in self-assembly and supra-molecular chemistry. We address the fundamental question of the nature of the stability of oligonucleotides (and ultimately DNA itself) based on model ab initio calculations. Since stability is not just due to intrinsic features and substituent effects in the gas phase we will link our work with molecular simulation studies. We will constantly contrast our findings with the extensive literature study on MD and MC simulations of oligonucleotides that we carried out already. However, due to the enormity of the central question and the limited time scale we will not perform simulations ourselves. Furthermore we envisage interacting with the large experimental group of a colleague in the School of Chemistry, called Prof DB Kell.
His lab has expertise in measuring melting curves obtained by UV spectrophotometry and microcalorimetry. This proposal builds on a paper we recently published in J.Am.Chem.Soc. [vol.124 p.8725 (2002 )] There are three objectives: (1) Determine the validity of Jorgensen well-cited secondary interaction hypothesis for a sizeable set of modified bases. (2) Establish the effect of substituent effects on the stability of H-bonded base pairs. (3) Via ab initio calculations estimate stacking interaction energies for natural bases and N6-methyladenosine and 5-methylcytosine.
Very recently computing power has reached the level where benchmark energies for a variety base pair configurations can be obtained from first principles. With state-of-the-art ab initio calculations we will obtain insight into pi-pi stacking for smaller model systems and at lower level for ribose/phosphodiester-linked base pairs. The rigorous partitioning theory called Quantum Chemical Topology will feature strongly. Epigenetics and important biological techniques such as PCR and Kunkel mutagenesis will benefit from the deeper understanding resulting from this project.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Nukleinsäure
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Epigenetik
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP6-2004-MOBILITY-7
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Koordinator
MANCHESTER
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.