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CORDIS - Resultados de investigaciones de la UE
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Contenido archivado el 2024-05-29

Simulation studies of the relationship between ligand induced rearrangements of enzyme loops and high ligand selectivity

Objetivo

Enzymes are fascinating macromolecules because they present high specificity toward their physiological substrates and in the same time they show high flexibility during catalysis. In particular, experimental studies evidenced the role of loop dynamics in the binding affinity and specificity of the substrate. Such conformational changes on loop would be induced by ligand approach. The objectives of the project are to understand the induced-fit mechanism upon ligand binding and to characterize the tight link between loop rearrangements during association and high ligand selectivity using theoretical approaches. Loop movements generally cover time scales not reachable by classical molecular dynamics simulations. Consequently, we will need to define a novel pro tocol inspired from advanced molecular dynamics, successfully used in simulations of protein folding. This work will build upon expertise in the outgoing laboratory and will be carred out on selected glycosidases studied experimentally and theoretically in the return laboratory. Results will be compared to those obtained by a new robotics method developped in the return laboratory and able to simplify large-scale motions by geometric analysis. Enhancing our knowledge of the induced fit mechanism should be v ery useful to enzyme engineering, since loop movement is often a key element of enzyme activity. Controlling loop flexibility during association should permit to design or alter enzyme function.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..

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Palabras clave

Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).

Tema(s)

Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.

Convocatoria de propuestas

Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.

FP6-2004-MOBILITY-6
Consulte otros proyectos de esta convocatoria

Régimen de financiación

Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.

OIF - Marie Curie actions-Outgoing International Fellowships

Coordinador

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (CNRS)
Aportación de la UE
Sin datos
Coste total

Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.

Sin datos

Participantes (2)

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