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CORDIS - Risultati della ricerca dell’UE
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Contenuto archiviato il 2024-05-29

Simulation studies of the relationship between ligand induced rearrangements of enzyme loops and high ligand selectivity

Obiettivo

Enzymes are fascinating macromolecules because they present high specificity toward their physiological substrates and in the same time they show high flexibility during catalysis. In particular, experimental studies evidenced the role of loop dynamics in the binding affinity and specificity of the substrate. Such conformational changes on loop would be induced by ligand approach. The objectives of the project are to understand the induced-fit mechanism upon ligand binding and to characterize the tight link between loop rearrangements during association and high ligand selectivity using theoretical approaches. Loop movements generally cover time scales not reachable by classical molecular dynamics simulations. Consequently, we will need to define a novel pro tocol inspired from advanced molecular dynamics, successfully used in simulations of protein folding. This work will build upon expertise in the outgoing laboratory and will be carred out on selected glycosidases studied experimentally and theoretically in the return laboratory. Results will be compared to those obtained by a new robotics method developped in the return laboratory and able to simplify large-scale motions by geometric analysis. Enhancing our knowledge of the induced fit mechanism should be v ery useful to enzyme engineering, since loop movement is often a key element of enzyme activity. Controlling loop flexibility during association should permit to design or alter enzyme function.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP6-2004-MOBILITY-6
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

OIF - Marie Curie actions-Outgoing International Fellowships

Coordinatore

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (CNRS)
Contributo UE
Nessun dato
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato

Partecipanti (2)