Objectif
Finding the structural neighbors of a protein is an essential task in computational structural Biology. In cases where there is no detectable sequence similarity, the identification of structural neighbors offers a powerful approach to predicting structure and function. State-of-the-art protein structural searches find structural neighbors by comparing a protein to all proteins in their database. As this is an expensive computation that depends directly on the size of the database, such searches consider only a representative subset of the Protein Data Bank (PDB). The PDB is growing dramatically to include many structures of uncharacterized function solved by high-throughput methods developed by the Structural Genomics (SG) initiative. Characterizing these structures, and addressing questions raised by the improved coverage of structure space, mandates better structure search tools. I propose to develop a search tool for protein structure space that is analogous to web search tools such as Google. The system is designed to be fast and interactive, to cover the whole data set, and to have a clear and simple interface so that it can serve as a navigation interface to structure space. For this, I propose adapting a data structure called an inverted index, which is used for fast retrieval in web search. Protein structures are described as strings of letter strings based on a structural alphabet, and placed in an inverted index. Then, given a query structure and its string description, one can quickly retrieve a short list of candidate structural neighbors. Similar to web search, I suggest using query expansion to improve the retrieval performance. The proposal also includes an application of structural search for comparing the structural novelty of contributions from different SG centers. This project will enable me to establish a new Computational Biology research team at my host institution: it preeminently fulfills the goals of the Work Program.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques génétique
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire biologie structurale
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2007-4-3-IRG
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
31905 Haifa
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.