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CORDIS - Resultados de investigaciones de la UE
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Contenido archivado el 2024-06-18

Searching Protein Structure Space

Objetivo

Finding the structural neighbors of a protein is an essential task in computational structural Biology. In cases where there is no detectable sequence similarity, the identification of structural neighbors offers a powerful approach to predicting structure and function. State-of-the-art protein structural searches find structural neighbors by comparing a protein to all proteins in their database. As this is an expensive computation that depends directly on the size of the database, such searches consider only a representative subset of the Protein Data Bank (PDB). The PDB is growing dramatically to include many structures of uncharacterized function solved by high-throughput methods developed by the Structural Genomics (SG) initiative. Characterizing these structures, and addressing questions raised by the improved coverage of structure space, mandates better structure search tools. I propose to develop a search tool for protein structure space that is analogous to web search tools such as Google. The system is designed to be fast and interactive, to cover the whole data set, and to have a clear and simple interface so that it can serve as a navigation interface to structure space. For this, I propose adapting a data structure called an inverted index, which is used for fast retrieval in web search. Protein structures are described as strings of letter strings based on a structural alphabet, and placed in an inverted index. Then, given a query structure and its string description, one can quickly retrieve a short list of candidate structural neighbors. Similar to web search, I suggest using query expansion to improve the retrieval performance. The proposal also includes an application of structural search for comparing the structural novelty of contributions from different SG centers. This project will enable me to establish a new Computational Biology research team at my host institution: it preeminently fulfills the goals of the Work Program.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..

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Palabras clave

Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).

Programa(s)

Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.

Tema(s)

Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.

Convocatoria de propuestas

Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.

FP7-PEOPLE-2007-4-3-IRG
Consulte otros proyectos de esta convocatoria

Régimen de financiación

Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.

MC-IRG - International Re-integration Grants (IRG)

Coordinador

UNIVERSITY OF HAIFA
Aportación de la UE
€ 100 000,00
Coste total

Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.

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