Obiettivo
Finding the structural neighbors of a protein is an essential task in computational structural Biology. In cases where there is no detectable sequence similarity, the identification of structural neighbors offers a powerful approach to predicting structure and function. State-of-the-art protein structural searches find structural neighbors by comparing a protein to all proteins in their database. As this is an expensive computation that depends directly on the size of the database, such searches consider only a representative subset of the Protein Data Bank (PDB). The PDB is growing dramatically to include many structures of uncharacterized function solved by high-throughput methods developed by the Structural Genomics (SG) initiative. Characterizing these structures, and addressing questions raised by the improved coverage of structure space, mandates better structure search tools. I propose to develop a search tool for protein structure space that is analogous to web search tools such as Google. The system is designed to be fast and interactive, to cover the whole data set, and to have a clear and simple interface so that it can serve as a navigation interface to structure space. For this, I propose adapting a data structure called an inverted index, which is used for fast retrieval in web search. Protein structures are described as strings of letter strings based on a structural alphabet, and placed in an inverted index. Then, given a query structure and its string description, one can quickly retrieve a short list of candidate structural neighbors. Similar to web search, I suggest using query expansion to improve the retrieval performance. The proposal also includes an application of structural search for comparing the structural novelty of contributions from different SG centers. This project will enable me to establish a new Computational Biology research team at my host institution: it preeminently fulfills the goals of the Work Program.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione basi di dati
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche biologia molecolare biologia strutturale
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP7-PEOPLE-2007-4-3-IRG
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
31905 Haifa
Israele
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.