Objetivo
This proposal introduces hierarchical motif vectors for numerical analysis of sequence motifs, and develops a novel framework for alignment and functional classification of proteins. Hierarchical motif vectors will be computed using multi-scale decompositions of property sequences obtained by converting amino acid sequences into numeric sequences of various amino acid properties. These hierarchical motif vectors will capture the variations of amino acid properties in the vicinity of each amino acid in the sequence of a given protein. We will develop alignment algorithms for amino acid sequences that match their hierarchical motif vectors. We will also use unsupervised statistical learning algorithms to identify hierarchical motif vectors specific to functional protein groups, notably the antigen binding proteins, transcription factors, growth factors, and glycosylation proteins. We will then apply these methods to protein classification, using the overlap scores from the hierarchical motif vector-based sequence alignment as well as the presence and extent of hierarchical motif vectors specific to the protein group in consideration. We will validate all methods developed in this project against existing sequence alignment, motif detection, and protein classification algorithms in the literature. Among the innovations of the project is the use of hierarchical motif vectors for characterization of local physico-chemical variations along an amino acid sequence. This allows analyzing sequence motifs by general machine learning methods via the embedded vector space arrangement. Next, sequence alignment can be tuned to different amino acid properties at various scales, improving the potential for sequence alignment-based protein similarity in functional classification. Furthermore, group-specific hierarchical motif vectors will be identified as those that occur exclusively among the members of a protein group, increasing their likelihood of bearing functional specificity.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-IRG-2008
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
35430 İzmir
Turquía
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.