Ziel
This proposal introduces hierarchical motif vectors for numerical analysis of sequence motifs, and develops a novel framework for alignment and functional classification of proteins. Hierarchical motif vectors will be computed using multi-scale decompositions of property sequences obtained by converting amino acid sequences into numeric sequences of various amino acid properties. These hierarchical motif vectors will capture the variations of amino acid properties in the vicinity of each amino acid in the sequence of a given protein. We will develop alignment algorithms for amino acid sequences that match their hierarchical motif vectors. We will also use unsupervised statistical learning algorithms to identify hierarchical motif vectors specific to functional protein groups, notably the antigen binding proteins, transcription factors, growth factors, and glycosylation proteins. We will then apply these methods to protein classification, using the overlap scores from the hierarchical motif vector-based sequence alignment as well as the presence and extent of hierarchical motif vectors specific to the protein group in consideration. We will validate all methods developed in this project against existing sequence alignment, motif detection, and protein classification algorithms in the literature. Among the innovations of the project is the use of hierarchical motif vectors for characterization of local physico-chemical variations along an amino acid sequence. This allows analyzing sequence motifs by general machine learning methods via the embedded vector space arrangement. Next, sequence alignment can be tuned to different amino acid properties at various scales, improving the potential for sequence alignment-based protein similarity in functional classification. Furthermore, group-specific hierarchical motif vectors will be identified as those that occur exclusively among the members of a protein group, increasing their likelihood of bearing functional specificity.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP7-PEOPLE-IRG-2008
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
35430 İzmir
Türkei
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.