Objetivo
Over the last decade of AIDS therapy, the HIV-1 protease has emerged as one of the key targets of anti-retroviral inhibitors, owing to its key role in the life-cycle of the virus. The protease cleaves viral polyprotein chains resulting in virion maturation and infectivity. The first stage of this process is the association of such chains containing embedded pseudo-folded protease monomers, followed by the intramolecular autocatalytic cleavage of the protease out of the polyprotein chains. Whilst, the structure, dynamics and function of mature/free HIV-1 protease have been extensively studied at the atomistic level, the molecular structure and binding mechanism of the embedded autocatalytic protease are unknown. Using large scale fully atomistic molecular dynamics simulations on the microsecond timescale, afforded by the computational infrastructure of GPUGrid, the transient structure, dynamics and auto-binding mechanism of embedded HIV-1 protease will be investigated. The aim of these investigations is to distinguish at a molecular level (a) the gating mechanism of mature HIV-1 protease in response to ligands (b) the gating mechanism of intramolecular N-terminal association of the embedded HIV-1 protease and (c) the feasibility of intramolecular C-terminal cleavage by the protease. The release of mature HIV-1 protease is a critical rate-limiting step in the maturation of the virus. Successful inhibition of this stage of the viral life-cycle may lead to a potent increase in the efficacy of AIDS therapy. Unfortunately, structure-based inhibitors designed for the mature/free protease are ineffective against the embedded-protease. A final aim of this investigation will thus be to identify an ensemble of macromolecular structures that could be used as pharmacophores in the development of inhibitors that target the embedded protease.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología virología
- ciencias médicas y de la salud ciencias de la salud enfermedad infecciosa virus de ARN VIH
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2009-IEF
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
08002 Barcelona
España
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.