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CORDIS - Resultados de investigaciones de la UE
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Contenido archivado el 2024-06-18

Survey of tissue-specific alternative splicing in vertebrates by high-throughput sequencing: finding the elements of an evolutionary ‘splicing predictor’

Objetivo

Splicing is a crucial aspect of gene regulation and this step in the processing of pre-mRNA to mature mRNA must occur with extreme precision to ensure that the correct message is translated by the ribosome. The coding potential and functional versatility of genes is dramatically increased by alternative splicing pathways that generate different protein isoforms, very often in a developmental stage- or tissue-specific manner. About 95% of multiexon human genes undergo alternative splicing but the functional significance of the vast majority of splice variants is entirely unknown. Moreover, little is known about the evolution of the mechanisms of alternative splicing in vertebrate species.
The main goals of this proposal are therefore to: (a) generate the first large-scale RNA-Seq analysis of splice variants across major vertebrate species; (b) develop a “splicing code” for vertebrates that predicts tissue-specific splicing patterns; (b) identify and characterize the regulation and function of both conserved and tissue/species-specific splice variants; (d) determine the minimal number of code elements sufficient to promote constitutive and different types of regulated alternative splicing.
We will develop an RNA-Seq computational pipeline for the large-scale profiling of alternative splicing in a set of physiologically-equivalent tissues across representative species of vertebrates. From the resulting data we will derive probabilistic models that will allow us, not only to identify biologically informative conserved and condition-specific splicing patterns, but also to make predictions on how individual transcripts are spliced in specific tissues. Such predictions will then be tested in the lab and the experimental results will be used to refine and improve the models. These models will be used to de novo design synthetic splicing reporters with minimal sets of code elements predicted to confer different classes of tissue-dependent alternative splicing.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..

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Programa(s)

Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.

Tema(s)

Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.

Convocatoria de propuestas

Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.

FP7-PEOPLE-2010-IOF
Consulte otros proyectos de esta convocatoria

Régimen de financiación

Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.

MC-IOF - International Outgoing Fellowships (IOF)

Coordinador

INSTITUTO DE MEDICINA MOLECULAR JOAO LOBO ANTUNES
Aportación de la UE
€ 210 446,00
Dirección
AVENIDA PROF EGAS MONIZ
1649 028 Lisboa
Portugal

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Región
Continente Área Metropolitana de Lisboa Área Metropolitana de Lisboa
Tipo de actividad
Research Organisations
Enlaces
Coste total

Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.

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