Objetivo
Sequence alignment is widely used in molecular biology. Despite its age, the challenge is still not fully resolved: no method can suit all tasks, new approaches are needed for the evolving questions and even traditional methods can still be improved. Although many alignment tasks are related, some are based on incompatible principles and their need for distinct tools is not always understood. Evolutionary sequence alignment, the focus of this application, is a pre-requisite for all comparative analyses and needed e.g. in agricultural and medical research.
The project aims at developing new methods for evolutionary and comparative sequence analysis using a novel approach of modelling data and considering evolutionary information. These methods target two current trends in sequence analysis, the increasing size of datasets and the specific properties of data produced on next-generation sequencing (NGS) platforms, from several different angles. First, I will develop novel ways to extend existing alignments and compute very large alignments; second, by modelling the properties of NGS data, I will expand the possible applications of NGS methods in evolutionary analysis. The new methods are meant to replace my earlier approaches for phylogenetic sequence alignment and become internationally recognised tools in evolutionary inference.
The proposed work consists of five sub-projects, each describing a specific use case. Methods 1 and 2 focus on evolutionary sequence alignment and inference of evolutionary change; Method 3 extends these to modelling of sequence features and their inference from data using comparative methods; Method 4 focuses on high-throughput sequencing data with a special emphasis on non-model organisms and the use of evolutionary modelling to exploit phylogenetic information; and Method 5 extends the ideas to large-scale analyses using computational speed ups. Especially Methods 3 and 4 will benefit from local collaborations at my new host institute.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2011-CIG
Consulte otros proyectos de esta convocatoria
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Coordinador
00014 HELSINGIN YLIOPISTO
Finlandia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.