Objetivo
The lack of a quantitative framework around the dynamics of gene expression and its determinants represents a major hurdle for capturing transcription regulation into regulatory models. Embryonic Stem Cells (ESC) provide an excellent cellular model to quantitatively define the principles of gene regulation at the biochemical and (epi)genetic level. In SysStemCell, I will focus on two distinct mouse pluripotent cell states. My recent studies have shown that the epigenome and transcriptome of ESCs maintained in serum-free medium complemented with two kinase inhibitors and LIF (‘2i ESC’) are distinct from classical ESCs cultured in the presence of serum and LIF (‘serum ESC’). Importantly, the 2i ESCs reflect pre-implantation stage ICM cells whereas the widely studied serum cells reflect post-implantation ESCs. These two distinct pluripotent states are interconvertible in vitro, providing an unique and accessible model to explore the regulation of the pre- to post-implantation phase of early embryonic development. I will combine state-of-the-art proteomics and chromatin-based methods, including a novel in vivo UV femtosecond laser crosslinking approach, and in depths bioinformatics in an iterative manner to define the full compendium of transcription (co)factors (TF) and TF-modules that define the two cell states. The dynamics of long- and short-range interactions between these modules will be assessed and correlated with the epigenetic state and chromatin structure. Novel and existing factors will be assessed for their role in differentiation from 2i to serum and reverse programming using knockout and forced expression strategies. Collectively, my studies will provide an invaluable resource for the community and a deep insight in the mechanisms and general principles that orchestrate gene expression in particular in the hitherto unexplored transition at implantation during early mouse development.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias naturales ciencias biológicas biología del desarrollo
- ciencias médicas y de la salud biotecnología médica tecnologías celulares células madre
- ciencias naturales ciencias físicas óptica física del láser
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
ERC-2013-ADG
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
6525 XZ Nijmegen
Países Bajos
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.