Ziel
The lack of a quantitative framework around the dynamics of gene expression and its determinants represents a major hurdle for capturing transcription regulation into regulatory models. Embryonic Stem Cells (ESC) provide an excellent cellular model to quantitatively define the principles of gene regulation at the biochemical and (epi)genetic level. In SysStemCell, I will focus on two distinct mouse pluripotent cell states. My recent studies have shown that the epigenome and transcriptome of ESCs maintained in serum-free medium complemented with two kinase inhibitors and LIF (‘2i ESC’) are distinct from classical ESCs cultured in the presence of serum and LIF (‘serum ESC’). Importantly, the 2i ESCs reflect pre-implantation stage ICM cells whereas the widely studied serum cells reflect post-implantation ESCs. These two distinct pluripotent states are interconvertible in vitro, providing an unique and accessible model to explore the regulation of the pre- to post-implantation phase of early embryonic development. I will combine state-of-the-art proteomics and chromatin-based methods, including a novel in vivo UV femtosecond laser crosslinking approach, and in depths bioinformatics in an iterative manner to define the full compendium of transcription (co)factors (TF) and TF-modules that define the two cell states. The dynamics of long- and short-range interactions between these modules will be assessed and correlated with the epigenetic state and chromatin structure. Novel and existing factors will be assessed for their role in differentiation from 2i to serum and reverse programming using knockout and forced expression strategies. Collectively, my studies will provide an invaluable resource for the community and a deep insight in the mechanisms and general principles that orchestrate gene expression in particular in the hitherto unexplored transition at implantation during early mouse development.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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ERC-2013-ADG
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Gastgebende Einrichtung
6525 XZ Nijmegen
Niederlande
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.