Objectif
Development of genome wide tools to study regulatory elements is particularly important to understand how gene expression is controlled in the human genome. The rational study of transcription factors and DNA-binding proteins in sequenced human genome is critical for making the genome sequences maximally useful.
Chromatin Immuno-Precipitation (ChIP) materials analysed on microarrays for specific interactions (ChIP-chip) is a rapidly emerging technology in the study of DNA binding regulation proteins. A major current limitation of this technology is the lack of high quality antibodies proven to work.
Therefore, the use of an appropriate approach to produce high specific functional binding agents for high throughput functional genomic studies by ChIP-chip is crucial. The present proposal implements an approach for single-step purification of transcription factor and DNA-binding protein complexes based on specific in vivo biotinylation.
For this purpose the humanized (codon optimized) bacterial BirA biotin ligase and the target proteins of interest tagged with a biotin acceptor domain of 13 amino acid residue will be co-expressed in mammalian cells. This will provide the high-specific immuno-precipitation of in vivo biotinylated proteins with their DNA binding sites by strong biotinstreptavidin interaction.
This approach can be scaled up and can serve as the basis for successful genome wide studies. Through the use of this powerful assay important biological questions will find response. By accelerating the ChIP-c hip studies, this approach will help to better understand the gene regulation.
By identifying the DNA sequences reacting with regulatory proteins this approach will help to make the genome sequences maximally useful for further studies and classification, which will accelerate the global genome analysis.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique amines
- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
GLASGOW
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.