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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Contenu archivé le 2024-06-25

Community genomics of marine picoeukaryotes: identifying major metabolic activities and the key players via metagenomic expressed sequence tags

Objectif

Marine picoeukaryotes, referred as organisms smaller than 3 micrometers in size, are widespread in marine environments and contribute significantly to global primary productivity.
Despite their ecological importance, picoeukaryotes have come to the attention only in the last few years, with the development of new cultivating approaches and molecular techniques.
However, culturing misses a lot of species due to their inability to grow in artificial media. Molecular techniques based on 18S-rRNA or 16S-rRNA gene sequence analysis reveal taxonomic diversity, distribution and abundance of marine microbiota, but provide no data about physiological features of certain phylogenetic groups and their particular contribution to the net activity of the community.
The proposed study is aimed at discovering the major contributors to the microbial food web via their highly expressed genes.
There are two primary components of this project:
(i) construction of normalized cDNA libraries from natural picoeukaryotic assemblages and creating expressed sequence tag (EST) databases, and
(ii) construction of a large-insert environmental DNA (metagenomic) library from the same environment as (i). EST data sets will allow an understanding of how members of the natural picoeukaryotic co mmunity experience their environment. Moreover, EST data will be used to design probes based on the genes managing most ecologically important metabolic pathways, such as marine carbon cycling.
Screening the metagenomic library using these probes will iden tify the genomic fragments from which these genes are expressed. Screening the same library by 18S rRNA gene probes and full sequencing of chosen fragments will allow phylogenetic identification of picoeukaryotes engaged in key biogeochemical processes and will provide novel sequence information from these ecologically important species.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

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Mots‑clés

Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

EIF - Marie Curie actions-Intra-European Fellowships

Coordinateur

UNIVERSITY OF WARWICK
Contribution de l’UE
Aucune donnée
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée
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