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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Inhalt archiviert am 2024-06-25

Community genomics of marine picoeukaryotes: identifying major metabolic activities and the key players via metagenomic expressed sequence tags

Ziel

Marine picoeukaryotes, referred as organisms smaller than 3 micrometers in size, are widespread in marine environments and contribute significantly to global primary productivity.
Despite their ecological importance, picoeukaryotes have come to the attention only in the last few years, with the development of new cultivating approaches and molecular techniques.
However, culturing misses a lot of species due to their inability to grow in artificial media. Molecular techniques based on 18S-rRNA or 16S-rRNA gene sequence analysis reveal taxonomic diversity, distribution and abundance of marine microbiota, but provide no data about physiological features of certain phylogenetic groups and their particular contribution to the net activity of the community.
The proposed study is aimed at discovering the major contributors to the microbial food web via their highly expressed genes.
There are two primary components of this project:
(i) construction of normalized cDNA libraries from natural picoeukaryotic assemblages and creating expressed sequence tag (EST) databases, and
(ii) construction of a large-insert environmental DNA (metagenomic) library from the same environment as (i). EST data sets will allow an understanding of how members of the natural picoeukaryotic co mmunity experience their environment. Moreover, EST data will be used to design probes based on the genes managing most ecologically important metabolic pathways, such as marine carbon cycling.
Screening the metagenomic library using these probes will iden tify the genomic fragments from which these genes are expressed. Screening the same library by 18S rRNA gene probes and full sequencing of chosen fragments will allow phylogenetic identification of picoeukaryotes engaged in key biogeochemical processes and will provide novel sequence information from these ecologically important species.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

FP6-2005-MOBILITY-5
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Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

EIF - Marie Curie actions-Intra-European Fellowships

Koordinator

UNIVERSITY OF WARWICK
EU-Beitrag
Keine Daten
Adresse
University of Warwick, Gibbet Hill Road
COVENTRY
Vereinigtes Königreich

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Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

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