Objectif
MHC class I molecules present peptides from intracellular antigens to the immune system. The peptides are produced by the intracellular proteasome and further trimmed and destroyed by various unrelated peptidases. Only a fraction (0.01%) of these peptides escape peptidase destruction through import into the ER by the peptide transporter TAP before they can bind to resident MHC class I molecules for presentation at the plasma membrane. Since the peptidase activity plays an important role in the selection of peptides for presentation, we propose to study these using microinjection of internally quenched peptides and inhibitors, to measure peptidase activity in living cells.
I aim to: 1. Test with a large set of internally quenched peptides the subspecializati on of intracellular peptidases for substrate (peptide) length and sequence. 2. Identify the respective peptidases responsible for the detected subspecializations. Chemical inhibitors and RNAi for TOP, BH and TPPII have been defined and their effects on pep tide destruction will be measured. 3. Test the effect of the peptidases on the petpidome as presented by MHC class I molecules. Peptidases will be inhibited and the resulting peptidome will be assayed by comparative mass spectrometry using differently labelled amino acids. 4. Test whether different cells employ different peptidase activities. The Neefjes lab has indications that dendritic cells change their peptidase activity and I will study this and the effect of various activation stages of these cells in more detail. 5. Combine these findings with the results on manipulation for peptidase activity to determine the effect of peptidase activity on the outcome of MHC class I response in dendritic cells.
The experiments should reveal the role of cytosolic peptidase activities in antigen presentation by MHC class I molecules and add information to better predict the MHC class I peptidome on the basis of the primary sequence of the antigen.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie cancer de la peau mélanome
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale immunologie
- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique amines
- sciences naturelles sciences chimiques chimie analytique spectrométrie de masse
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
AMSTERDAM
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.