Objectif
The aim of this project is to develop open source tools enabling to identify in silico potential cis-regulatory modules, as well as the transcription factors (TF) that bind to them. A publicly available genomic resource describing TF across chordate geno mes, including mammals, fish and ascidians, will be developed. Based on this resource, large-scale sequence comparisons of orthologous non-coding regions of TF genes will be performed. Moreover, a comprehensive in-vitro study of DNA-binding affinity of T F proteins will be used to build novel models of TF binding sites. Multidisciplinary approaches will be developed to identify the cis-regulatory regions driving TF gene expression. The basic steps undertaken will be: 1.Genome wide census and phylogenetic analysis of all TFs in sequenced chordate genomes. 2.Genome wide identification of Multi Species Conserved Sequences (MCSs) within orhtologous regulatory regions of chordate TFs. 3.Characterization of the activity of the identified MCSs in Ciona and zebra fish embryos, mammalian cells as well as in transgenic mice. 4.Training of a novel algorithm to predict and characterize MCSs active in various model systems 5.Comprehensive determination of the in vitro DNA-binding specificity of all transcription factor s in a chordate genome 6.Building novel bioinformatics models of TF binding sites based on complex grammars such as Hidden Markov Models and Stochastic Context Free Grammar 7.Integration of the above data into a publicly available, open source bioinformat ics tool that can be used either via the project website or downloaded for large-scale projects This project is a large-scale pluri-disciplinary effort to decipher the grammar of chordate regulatory sequences,and will have a strong impact by building too ls and resources that will enable to devise more sophisticated hypotheses regarding regulatory networks, especially those of TFs which are involved in fundamental biological processes.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences sociales sociologie démographie recensement
- sciences naturelles sciences biologiques zoologie mammalogie
- sciences médicales et de la santé médecine clinique embryologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2003-LIFESCIHEALTH-I
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
ROME
Italie
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.