Obiettivo
The aim of this project is to develop open source tools enabling to identify in silico potential cis-regulatory modules, as well as the transcription factors (TF) that bind to them. A publicly available genomic resource describing TF across chordate geno mes, including mammals, fish and ascidians, will be developed. Based on this resource, large-scale sequence comparisons of orthologous non-coding regions of TF genes will be performed. Moreover, a comprehensive in-vitro study of DNA-binding affinity of T F proteins will be used to build novel models of TF binding sites. Multidisciplinary approaches will be developed to identify the cis-regulatory regions driving TF gene expression. The basic steps undertaken will be: 1.Genome wide census and phylogenetic analysis of all TFs in sequenced chordate genomes. 2.Genome wide identification of Multi Species Conserved Sequences (MCSs) within orhtologous regulatory regions of chordate TFs. 3.Characterization of the activity of the identified MCSs in Ciona and zebra fish embryos, mammalian cells as well as in transgenic mice. 4.Training of a novel algorithm to predict and characterize MCSs active in various model systems 5.Comprehensive determination of the in vitro DNA-binding specificity of all transcription factor s in a chordate genome 6.Building novel bioinformatics models of TF binding sites based on complex grammars such as Hidden Markov Models and Stochastic Context Free Grammar 7.Integration of the above data into a publicly available, open source bioinformat ics tool that can be used either via the project website or downloaded for large-scale projects This project is a large-scale pluri-disciplinary effort to decipher the grammar of chordate regulatory sequences,and will have a strong impact by building too ls and resources that will enable to devise more sophisticated hypotheses regarding regulatory networks, especially those of TFs which are involved in fundamental biological processes.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze sociali sociologia demografia censimento
- scienze naturali scienze biologiche zoologia mammologia
- scienze mediche e della salute medicina clinica embriologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2003-LIFESCIHEALTH-I
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
ROME
Italia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.