Exploiting native endowments by re-factoring, re-programming and implementing novel control loops in Pseudomonas putida for bespoke biocatalysis

Informations projet

EmPowerPutida

N° de convention de subvention: 635536

DOI

10.3030/635536

Projet clôturé

Date de signature de la CE 13 Mars 2015

Date de début 1 Mai 2015

Date de fin 30 Avril 2019

Financé au titre de

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Coût total

€ 6 839 673,00

Contribution de l’UE

€ 6 020 825,00

Coordonné par

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (2)

White Paper

White Paper on outcomes and best practices relating to safety and risk assessment aspects of EmPowerPutida

sRNA regulators for post-transcriptional control

Report of on the first set of sRNA regulators for posttranscriptional control of gene expression and modulation of protein production in P putida

Websites, patent fillings, videos etc. (3)

Website & communication pipeline

Website and internal communication structure established

Public Dialogue

Report on the public dialogue activities, briefing material for scientists

SOPs

Publication of SOPs (internal and SOPs open to the public)

Demonstrators, pilots, prototypes (3)

(post-)Transcriptional genetic devices

A suite of ca 5 transcriptionposttranscription genetic devices for complete and reversible shutdown or full activation of functions determining growth and stasis

Genome Edited P. Putida

One P putida strain with a deeply edited and enhanced genome as the host of up to ten insertions of genetic devices in stable and transcriptionally able sites of the chromosome

Short-chain alcohols-resistant Pseudomonas strains

Short chain alcohols resistant Pseudomonas strains

Publications

Peer reviewed articles (23)

Protein domain architectures provide a fast, efficient and scalable alternative to sequence-based methods for comparative functional genomics

Auteurs: Jasper J. Koehorst, Edoardo Saccenti, Peter J. Schaap, Vitor A. P. Martins dos Santos, Maria Suarez-Diez
Publié dans: F1000Research, Numéro 5, 2016, Page(s) 1987, ISSN 2046-1402
Éditeur: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.9416.3

Rationally rewiring the connectivity of the XylR/Pu regulatory node of the m-xylene degradation pathway in Pseudomonas putida

Auteurs: Aitor de las Heras, Esteban Martínez-García, Maria Rosa Domingo-Sananes, Sofia Fraile, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Integr. Biol., Numéro 8/4, 2016, Page(s) 571-576, ISSN 1757-9694
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5IB00310E

Pyridine nucleotide transhydrogenases enable redox balance of Pseudomonas putida during biodegradation of aromatic compounds

Auteurs: Pablo I. Nikel, Danilo Pérez-Pantoja, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 18/10, 2016, Page(s) 3565-3582, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13434

High-resolution analysis of the m -xylene/toluene biodegradation subtranscriptome of P seudomonas putida mt-2

Auteurs: Juhyun Kim, Danilo Pérez-Pantoja, Rafael Silva-Rocha, Juan Carlos Oliveros, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 18/10, 2016, Page(s) 3327-3341, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13054

Physical Forces Shape Group Identity of Swimming Pseudomonas putida Cells

Auteurs: David R. Espeso, Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 7, 2016, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2016.01437

Bioremediation at a global scale: from the test tube to planet Earth

Auteurs: Víctor de Lorenzo, Philippe Marlière, Ricard Solé
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 9/5, 2016, Page(s) 618-625, ISSN 1751-7915
Éditeur: Microb Biotechnol.
DOI: 10.1111/1751-7915.12399

Genetic programming of catalytic Pseudomonas putida biofilms for boosting biodegradation of haloalkanes

Auteurs: Ilaria Benedetti, Víctor de Lorenzo, Pablo I. Nikel
Publié dans: Metabolic Engineering, Numéro 33, 2016, Page(s) 109-118, ISSN 1096-7176
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2015.11.004

The RNA chaperone Hfq enables the environmental stress tolerance super-phenotype of P seudomonas putida

Auteurs: Alejandro Arce-Rodríguez, Belén Calles, Pablo I. Nikel, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 18/10, 2016, Page(s) 3309-3326, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13052

The quest for the minimal bacterial genome

Auteurs: Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 42, 2016, Page(s) 216-224, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2016.09.001

Synthetic bugs on the loose: containment options for deeply engineered (micro)organisms

Auteurs: Markus Schmidt, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 38, 2016, Page(s) 90-96, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2016.01.006

The Ssr protein (T1E_1405) from Pseudomonas putida DOT-T1E enables oligonucleotide-based recombineering in platform strain P. putida EM42

Auteurs: Tomás Aparicio, Sheila I. Jensen, Alex T. Nielsen, Victor de Lorenzo, Esteban Martínez-García
Publié dans: Biotechnology Journal, Numéro 11/10, 2016, Page(s) 1309-1319, ISSN 1860-6768
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201600317

Transcription factor levels enable metabolic diversification of single cells of environmental bacteria

Auteurs: Raúl Guantes, Ilaria Benedetti, Rafael Silva-Rocha, Víctor de Lorenzo
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 10/5, 2015, Page(s) 1122-1133, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2015.193

Data on the standardization of a cyclohexanone-responsive expression system for Gram-negative bacteria

Auteurs: Ilaria Benedetti, Pablo I. Nikel, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Data in Brief, Numéro 6, 2016, Page(s) 738-744, ISSN 2352-3409
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dib.2016.01.022

Asymmetric Enzymatic Hydration of Unactivated, Aliphatic Alkenes

Auteurs: Rebecca M. Demming, Stephan C. Hammer, Bettina M. Nestl, Sebastian Gergel, Silvia Fademrecht, Jürgen Pleiss, Bernhard Hauer
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, 2018, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201810005

Pseudomonas putida KT 2440 is HV 1 certified, not GRAS

Auteurs: Linde F. C. Kampers, Rita J. M. Volkers, Vitor A. P. Martins dos Santos
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2019, ISSN 1751-7915
Éditeur: wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.13443

Consistency, Inconsistency, and Ambiguity of Metabolite Names in Biochemical Databases Used for Genome-Scale Metabolic Modelling

Auteurs: Nhung Pham, Ruben van Heck, Jesse van Dam, Peter Schaap, Edoardo Saccenti, Maria Suarez-Diez
Publié dans: Metabolites, Numéro 9/2, 2019, Page(s) 28, ISSN 2218-1989
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/metabo9020028

In silico-guided engineering of Pseudomonas putida towards growth under micro-oxic conditions

Auteurs: Linde F. C. Kampers, Ruben G. A. van Heck, Stefano Donati, Edoardo Saccenti, Rita J. M. Volkers, Peter J. Schaap, Maria Suarez-Diez, Pablo I. Nikel, Vitor A. P. Martins dos Santos
Publié dans: Microbial Cell Factories, Numéro 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-019-1227-5

Simulation and Reconstruction of Metabolite–Metabolite Association Networks Using a Metabolic Dynamic Model and Correlation Based Algorithms

Auteurs: Sanjeevan Jahagirdar, Maria Suarez-Diez, Edoardo Saccenti
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 18/3, 2019, Page(s) 1099-1113, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00781

The Empusa code generator and its application to GBOL, an extendable ontology for genome annotation

Auteurs: Jesse C. J. van Dam, Jasper J. Koehorst, Jon Olav Vik, Vitor A. P. Martins dos Santos, Peter J. Schaap, Maria Suarez-Diez
Publié dans: Scientific Data, Numéro 6/1, 2019, ISSN 2052-4463
Éditeur: nature journals
DOI: 10.1038/s41597-019-0263-7

SyNDI: synchronous network data integration framework

Auteurs: Erno Lindfors, Jesse C. J. van Dam, Carolyn Ming Chi Lam, Niels A. Zondervan, Vitor A. P. Martins dos Santos, Maria Suarez-Diez
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2426-5

Structural and functional insights into asymmetric enzymatic dehydration of alkenols

Auteurs: Bettina M Nestl, Christopher Geinitz, Stephanie Popa, Sari Rizek, Robert J Haselbeck, Rosary Stephen, Michael A Noble, Max-Philipp Fischer, Erik C Ralph, Hoi Ting Hau, Henry Man, Muhiadin Omar, Johan P Turkenburg, Stephen van Dien, Stephanie J Culler, Gideon Grogan, Bernhard Hauer
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 13/3, 2017, Page(s) 275-281, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nchembio.2271

Optimized Reaction Conditions Enable the Hydration of Non-natural Substrates by the Oleate Hydratase from Elizabethkingia meningoseptica

Auteurs: Rebecca M. Demming, Konrad B. Otte, Bettina M. Nestl, Bernhard Hauer
Publié dans: ChemCatChem, Numéro 9/5, 2017, Page(s) 758-766, ISSN 1867-3880
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201601329

Inside Cover: Optimized Reaction Conditions Enable the Hydration of Non-natural Substrates by the Oleate Hydratase from Elizabethkingia meningoseptica (ChemCatChem 5/2017)

Auteurs: Rebecca M. Demming, Konrad B. Otte, Bettina M. Nestl, Bernhard Hauer
Publié dans: ChemCatChem, Numéro 9/5, 2017, Page(s) 716-716, ISSN 1867-3880
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201700258

Book chapters (4)

Introduction to Genetic, Genomic and System Analyses of Pure Cultures

Auteurs: Víctor de Lorenzo
Publié dans: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2017, Page(s) 1-7, ISBN 978-3-662-50435-2
Éditeur: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2016_192

Systems and Synthetic Biology in Hydrocarbon Microbiology: Tools

Auteurs: Víctor de Lorenzo
Publié dans: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2016, Page(s) 1-7, ISBN 978-3-662-50432-1
Éditeur: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2015_185

Engineering Gram-Negative Microbial Cell Factories Using Transposon Vectors

Auteurs: Esteban Martínez-García, Tomás Aparicio, Víctor de Lorenzo, Pablo I. Nikel
Publié dans: In Vitro Mutagenesis, 2017, Page(s) 273-293, ISBN 978-1-4939-6472-7
Éditeur: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-6472-7_18

Knock-In-Leave-Behind (KILB): Genetic Grafting of Protease-Cleaving Sequences into Permissive Sites of Proteins with a Tn5-Based Transposition System

Auteurs: Belén Calles, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2017, Page(s) 71-85, ISBN 978-3-662-50435-2
Éditeur: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2015_114

Thesis and dissertations (1)

Metabolic modeling to understand and redesign microbial systems

Auteurs: Ruben van Heck
Publié dans: Thesis, 2017, ISBN 9789-463434553
Éditeur: Wageningen University & Research