Exploiting native endowments by re-factoring, re-programming and implementing novel control loops in Pseudomonas putida for bespoke biocatalysis

Informacje na temat projektu

EmPowerPutida

Identyfikator umowy o grant: 635536

DOI

10.3030/635536

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 13 Marca 2015

Data rozpoczęcia 1 Maja 2015

Data zakończenia 30 Kwietnia 2019

Finansowanie w ramach

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Koszt całkowity

€ 6 839 673,00

Wkład UE

€ 6 020 825,00

Koordynowany przez

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Documents, reports (2)

White Paper

White Paper on outcomes and best practices relating to safety and risk assessment aspects of EmPowerPutida

sRNA regulators for post-transcriptional control

Report of on the first set of sRNA regulators for posttranscriptional control of gene expression and modulation of protein production in P putida

Websites, patent fillings, videos etc. (3)

Website & communication pipeline

Website and internal communication structure established

Public Dialogue

Report on the public dialogue activities, briefing material for scientists

SOPs

Publication of SOPs (internal and SOPs open to the public)

Demonstrators, pilots, prototypes (3)

(post-)Transcriptional genetic devices

A suite of ca 5 transcriptionposttranscription genetic devices for complete and reversible shutdown or full activation of functions determining growth and stasis

Genome Edited P. Putida

One P putida strain with a deeply edited and enhanced genome as the host of up to ten insertions of genetic devices in stable and transcriptionally able sites of the chromosome

Short-chain alcohols-resistant Pseudomonas strains

Short chain alcohols resistant Pseudomonas strains

Publikacje

Peer reviewed articles (23)

Protein domain architectures provide a fast, efficient and scalable alternative to sequence-based methods for comparative functional genomics

Autorzy: Jasper J. Koehorst, Edoardo Saccenti, Peter J. Schaap, Vitor A. P. Martins dos Santos, Maria Suarez-Diez
Opublikowane w: F1000Research, Numer 5, 2016, Strona(/y) 1987, ISSN 2046-1402
Wydawca: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.9416.3

Rationally rewiring the connectivity of the XylR/Pu regulatory node of the m-xylene degradation pathway in Pseudomonas putida

Autorzy: Aitor de las Heras, Esteban Martínez-García, Maria Rosa Domingo-Sananes, Sofia Fraile, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Integr. Biol., Numer 8/4, 2016, Strona(/y) 571-576, ISSN 1757-9694
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5IB00310E

Pyridine nucleotide transhydrogenases enable redox balance of Pseudomonas putida during biodegradation of aromatic compounds

Autorzy: Pablo I. Nikel, Danilo Pérez-Pantoja, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Environmental Microbiology, Numer 18/10, 2016, Strona(/y) 3565-3582, ISSN 1462-2912
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13434

High-resolution analysis of the m -xylene/toluene biodegradation subtranscriptome of P seudomonas putida mt-2

Autorzy: Juhyun Kim, Danilo Pérez-Pantoja, Rafael Silva-Rocha, Juan Carlos Oliveros, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Environmental Microbiology, Numer 18/10, 2016, Strona(/y) 3327-3341, ISSN 1462-2912
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13054

Physical Forces Shape Group Identity of Swimming Pseudomonas putida Cells

Autorzy: David R. Espeso, Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo, Ángel Goñi-Moreno
Opublikowane w: Frontiers in Microbiology, Numer 7, 2016, ISSN 1664-302X
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2016.01437

Bioremediation at a global scale: from the test tube to planet Earth

Autorzy: Víctor de Lorenzo, Philippe Marlière, Ricard Solé
Opublikowane w: Microbial Biotechnology, Numer 9/5, 2016, Strona(/y) 618-625, ISSN 1751-7915
Wydawca: Microb Biotechnol.
DOI: 10.1111/1751-7915.12399

Genetic programming of catalytic Pseudomonas putida biofilms for boosting biodegradation of haloalkanes

Autorzy: Ilaria Benedetti, Víctor de Lorenzo, Pablo I. Nikel
Opublikowane w: Metabolic Engineering, Numer 33, 2016, Strona(/y) 109-118, ISSN 1096-7176
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2015.11.004

The RNA chaperone Hfq enables the environmental stress tolerance super-phenotype of P seudomonas putida

Autorzy: Alejandro Arce-Rodríguez, Belén Calles, Pablo I. Nikel, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Environmental Microbiology, Numer 18/10, 2016, Strona(/y) 3309-3326, ISSN 1462-2912
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13052

The quest for the minimal bacterial genome

Autorzy: Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Current Opinion in Biotechnology, Numer 42, 2016, Strona(/y) 216-224, ISSN 0958-1669
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2016.09.001

Synthetic bugs on the loose: containment options for deeply engineered (micro)organisms

Autorzy: Markus Schmidt, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Current Opinion in Biotechnology, Numer 38, 2016, Strona(/y) 90-96, ISSN 0958-1669
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2016.01.006

The Ssr protein (T1E_1405) from Pseudomonas putida DOT-T1E enables oligonucleotide-based recombineering in platform strain P. putida EM42

Autorzy: Tomás Aparicio, Sheila I. Jensen, Alex T. Nielsen, Victor de Lorenzo, Esteban Martínez-García
Opublikowane w: Biotechnology Journal, Numer 11/10, 2016, Strona(/y) 1309-1319, ISSN 1860-6768
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201600317

Transcription factor levels enable metabolic diversification of single cells of environmental bacteria

Autorzy: Raúl Guantes, Ilaria Benedetti, Rafael Silva-Rocha, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: The ISME Journal, Numer 10/5, 2015, Strona(/y) 1122-1133, ISSN 1751-7362
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2015.193

Data on the standardization of a cyclohexanone-responsive expression system for Gram-negative bacteria

Autorzy: Ilaria Benedetti, Pablo I. Nikel, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Data in Brief, Numer 6, 2016, Strona(/y) 738-744, ISSN 2352-3409
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dib.2016.01.022

Asymmetric Enzymatic Hydration of Unactivated, Aliphatic Alkenes

Autorzy: Rebecca M. Demming, Stephan C. Hammer, Bettina M. Nestl, Sebastian Gergel, Silvia Fademrecht, Jürgen Pleiss, Bernhard Hauer
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, 2018, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201810005

Pseudomonas putida KT 2440 is HV 1 certified, not GRAS

Autorzy: Linde F. C. Kampers, Rita J. M. Volkers, Vitor A. P. Martins dos Santos
Opublikowane w: Microbial Biotechnology, 2019, ISSN 1751-7915
Wydawca: wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.13443

Consistency, Inconsistency, and Ambiguity of Metabolite Names in Biochemical Databases Used for Genome-Scale Metabolic Modelling

Autorzy: Nhung Pham, Ruben van Heck, Jesse van Dam, Peter Schaap, Edoardo Saccenti, Maria Suarez-Diez
Opublikowane w: Metabolites, Numer 9/2, 2019, Strona(/y) 28, ISSN 2218-1989
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/metabo9020028

In silico-guided engineering of Pseudomonas putida towards growth under micro-oxic conditions

Autorzy: Linde F. C. Kampers, Ruben G. A. van Heck, Stefano Donati, Edoardo Saccenti, Rita J. M. Volkers, Peter J. Schaap, Maria Suarez-Diez, Pablo I. Nikel, Vitor A. P. Martins dos Santos
Opublikowane w: Microbial Cell Factories, Numer 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-019-1227-5

Simulation and Reconstruction of Metabolite–Metabolite Association Networks Using a Metabolic Dynamic Model and Correlation Based Algorithms

Autorzy: Sanjeevan Jahagirdar, Maria Suarez-Diez, Edoardo Saccenti
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 18/3, 2019, Strona(/y) 1099-1113, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00781

The Empusa code generator and its application to GBOL, an extendable ontology for genome annotation

Autorzy: Jesse C. J. van Dam, Jasper J. Koehorst, Jon Olav Vik, Vitor A. P. Martins dos Santos, Peter J. Schaap, Maria Suarez-Diez
Opublikowane w: Scientific Data, Numer 6/1, 2019, ISSN 2052-4463
Wydawca: nature journals
DOI: 10.1038/s41597-019-0263-7

SyNDI: synchronous network data integration framework

Autorzy: Erno Lindfors, Jesse C. J. van Dam, Carolyn Ming Chi Lam, Niels A. Zondervan, Vitor A. P. Martins dos Santos, Maria Suarez-Diez
Opublikowane w: BMC Bioinformatics, Numer 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2426-5

Structural and functional insights into asymmetric enzymatic dehydration of alkenols

Autorzy: Bettina M Nestl, Christopher Geinitz, Stephanie Popa, Sari Rizek, Robert J Haselbeck, Rosary Stephen, Michael A Noble, Max-Philipp Fischer, Erik C Ralph, Hoi Ting Hau, Henry Man, Muhiadin Omar, Johan P Turkenburg, Stephen van Dien, Stephanie J Culler, Gideon Grogan, Bernhard Hauer
Opublikowane w: Nature Chemical Biology, Numer 13/3, 2017, Strona(/y) 275-281, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nchembio.2271

Optimized Reaction Conditions Enable the Hydration of Non-natural Substrates by the Oleate Hydratase from Elizabethkingia meningoseptica

Autorzy: Rebecca M. Demming, Konrad B. Otte, Bettina M. Nestl, Bernhard Hauer
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 9/5, 2017, Strona(/y) 758-766, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201601329

Inside Cover: Optimized Reaction Conditions Enable the Hydration of Non-natural Substrates by the Oleate Hydratase from Elizabethkingia meningoseptica (ChemCatChem 5/2017)

Autorzy: Rebecca M. Demming, Konrad B. Otte, Bettina M. Nestl, Bernhard Hauer
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 9/5, 2017, Strona(/y) 716-716, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201700258

Book chapters (4)

Introduction to Genetic, Genomic and System Analyses of Pure Cultures

Autorzy: Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2017, Strona(/y) 1-7, ISBN 978-3-662-50435-2
Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2016_192

Systems and Synthetic Biology in Hydrocarbon Microbiology: Tools

Autorzy: Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2016, Strona(/y) 1-7, ISBN 978-3-662-50432-1
Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2015_185

Engineering Gram-Negative Microbial Cell Factories Using Transposon Vectors

Autorzy: Esteban Martínez-García, Tomás Aparicio, Víctor de Lorenzo, Pablo I. Nikel
Opublikowane w: In Vitro Mutagenesis, 2017, Strona(/y) 273-293, ISBN 978-1-4939-6472-7
Wydawca: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-6472-7_18

Knock-In-Leave-Behind (KILB): Genetic Grafting of Protease-Cleaving Sequences into Permissive Sites of Proteins with a Tn5-Based Transposition System

Autorzy: Belén Calles, Víctor de Lorenzo
Opublikowane w: Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols, 2017, Strona(/y) 71-85, ISBN 978-3-662-50435-2
Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
DOI: 10.1007/8623_2015_114

Thesis and dissertations (1)

Metabolic modeling to understand and redesign microbial systems

Autorzy: Ruben van Heck
Opublikowane w: Thesis, 2017, ISBN 9789-463434553
Wydawca: Wageningen University & Research