Immunity, DEvelopment and Microbiota: Understanding the Continuous Construction of Biological Identity

Informations projet

IDEM

N° de convention de subvention: 637647

DOI

10.3030/637647

Projet clôturé

Date de signature de la CE 10 Juin 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Decembre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 454 249,99

Contribution de l’UE

€ 1 454 249,99

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publications

Peer reviewed articles (34)

Opinion: Why science needs philosophy

Auteurs: Lucie Laplane, Paolo Mantovani, Ralph Adolphs, Hasok Chang, Alberto Mantovani, Margaret McFall-Ngai, Carlo Rovelli, Elliott Sober, Thomas Pradeu
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/10, 2019, Page(s) 3948-3952, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1900357116

The vaccinologist’s “dirty little secret”: a better understanding of structure-function relationships of viral immunogens might advance rational HIV vaccine design

Auteurs: Gregor P. Greslehner
Publié dans: Archives of Virology, 2021, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-021-04982-7

Philosophy of CRISPR-Cas: Introduction to Eugene Koonin’s target paper and commentaries

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 34/1, 2019, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-018-9664-9

The visibility of philosophy of science in the sciences, 1980–2018

Auteurs: Mahdi Khelfaoui, Yves Gingras, Maël Lemoine, Thomas Pradeu
Publié dans: Synthese, 2021, ISSN 0039-7857
Éditeur: D. Reidel Pub. Co.
DOI: 10.1007/s11229-021-03067-x

The Multiple Layers of the Tumor Environment

Auteurs: Lucie Laplane, Dorothée Duluc, Nicolas Larmonier, Thomas Pradeu, Andreas Bikfalvi
Publié dans: Trends in Cancer, Numéro 4/12, 2018, Page(s) 802-809, ISSN 2405-8033
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.trecan.2018.10.002

Not by structures alone: Can the immune system recognize microbial functions?

Auteurs: Gregor P.Greslehner
Publié dans: Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 2020, ISSN 1369-8486
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.shpsc.2020.101336

Immunology and individuality

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.47384

Beyond the tumour microenvironment

Auteurs: Lucie Laplane, Dorothée Duluc, Andreas Bikfalvi, Nicolas Larmonier, Thomas Pradeu
Publié dans: International Journal of Cancer, Numéro 145/10, 2019, Page(s) 2611-2618, ISSN 0020-7136
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.32343

A dual decomposition strategy of both microbial and phenotypic components for a better understanding of causal claims

Auteurs: Gregor P. Greslehner, Maël Lemoine
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 35/1, 2020, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-019-9708-9

Microbiome Structure and Function: A New Framework for Interpreting Data

Auteurs: Gregor P. Greslehner
Publié dans: BioEssays, Numéro 42/7, 2020, Page(s) 1900255, ISSN 0265-9247
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201900255

Protective Microbiota: From Localized to Long-Reaching Co-Immunity

Auteurs: Lynn Chiu, Thomas Bazin, Marie-Elise Truchetet, Thierry Schaeverbeke, Laurence Delhaes, Thomas Pradeu
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 8, 2017, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fimmu.2017.01678

Immune-Mediated Repair: A Matter of Plasticity

Auteurs: Paôline Laurent, Valérie Jolivel, Pauline Manicki, Lynn Chiu, Cécile Contin-Bordes, Marie-Elise Truchetet, Thomas Pradeu
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 8, 2017, ISSN 1664-3224
Éditeur: LFrontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fimmu.2017.00454

Right out of the box: how to situate metaphysics of science in relation to other metaphysical approaches

Auteurs: Alexandre Guay, Thomas Pradeu
Publié dans: Synthese, 2018, ISSN 0039-7857
Éditeur: D. Reidel Pub. Co.
DOI: 10.1007/s11229-017-1576-8

Holobionts and the ecology of organisms: Multi-species communities or integrated individuals?

Auteurs: Derek Skillings
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 31/6, 2016, Page(s) 875-892, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-016-9544-0

Towards a General Theory of Immunity?

Auteurs: Gérard Eberl, Thomas Pradeu
Publié dans: Trends in Immunology, Numéro 39/4, 2018, Page(s) 261-263, ISSN 1471-4906
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.it.2017.11.004

Immunological memory: What's in a name?

Auteurs: Thomas Pradeu, Louis Du Pasquier
Publié dans: Immunological Reviews, Numéro 283/1, 2018, Page(s) 7-20, ISSN 0105-2896
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/imr.12652

Ontologies of Living Beings: Introduction

Auteurs: A. M. Ferner, Thomas Pradeu
Publié dans: Philosophy, Theory, and Practice in Biology, Numéro 9/20171201, 2017, ISSN 2475-3025
Éditeur: Michigan Publishing
DOI: 10.3998/ptb.6959004.0009.004

Re-thinking our understanding of immunity: Robustness in the tissue reconstruction system

Auteurs: Marie-Elise Truchetet, Thomas Pradeu
Publié dans: Seminars in Immunology, Numéro 36, 2018, Page(s) 45-55, ISSN 1044-5323
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.smim.2018.02.013

Mutualistic viruses and the heteronomy of life

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, Numéro 59, 2016, Page(s) 80-88, ISSN 1369-8486
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.shpsc.2016.02.007

Methodological Strategies in Microbiome Research and their Explanatory Implications

Auteurs: Maureen A. O’Malley, Derek J. Skillings
Publié dans: Perspectives on Science, Numéro 26/2, 2018, Page(s) 239-265, ISSN 1063-6145
Éditeur: University of Chicago Press
DOI: 10.1162/POSC_a_00274

Microorganisms as scaffolds of host individuality: an eco-immunity account of the holobiont

Auteurs: Lynn Chiu, Gérard Eberl
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 31/6, 2016, Page(s) 819-837, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-016-9552-0

The emerging role of ECM crosslinking in T cell mobility as a hallmark of immunosenescence in humans

Auteurs: Jean-Francois Moreau, Thomas Pradeu, Andrea Grignolio, Christine Nardini, Filippo Castiglione, Paolo Tieri, Miriam Capri, Stefano Salvioli, Jean-Luc Taupin, Paolo Garagnani, Claudio Franceschi
Publié dans: Ageing Research Reviews, Numéro 35, 2017, Page(s) 322-335, ISSN 1568-1637
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.arr.2016.11.005

Understanding viruses: Philosophical investigations

Auteurs: Thomas Pradeu, Gladys Kostyrka, John Dupré
Publié dans: Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, Numéro 59, 2016, Page(s) 57-63, ISSN 1369-8486
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.shpsc.2016.02.008

Thirty years of Biology & Philosophy: philosophy of which biology?

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 32/2, 2017, Page(s) 149-167, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-016-9558-7

Organisms or biological individuals? Combining physiological and evolutionary individuality

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 31/6, 2016, Page(s) 797-817, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-016-9551-1

Is defining life pointless? Operational definitions at the frontiers of biology

Auteurs: Leonardo Bich, Sara Green
Publié dans: Synthese, 2017, ISSN 0039-7857
Éditeur: D. Reidel Pub. Co.
DOI: 10.1007/s11229-017-1397-9

The discontinuity theory of immunity

Auteurs: Thomas Pradeu, Eric Vivier
Publié dans: Science Immunology, Numéro 1/1, 2016, Page(s) aag0479-aag0479, ISSN 2470-9468
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.aag0479

The many faces of biological individuality

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Biology & Philosophy, Numéro 31/6, 2016, Page(s) 761-773, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-016-9553-z

“Microbiota, symbiosis and individuality summer school” meeting report

Auteurs: Isobel Ronai, Gregor P. Greslehner, Federico Boem, Judith Carlisle, Adrian Stencel, Javier Suárez, Saliha Bayir, Wiebke Bretting, Joana Formosinho, Anna C. Guerrero, William H. Morgan, Cybèle Prigot-Maurice, Salome Rodeck, Marie Vasse, Jacqueline M. Wallis, Oryan Zacks
Publié dans: Microbiome, Numéro 8/1, 2020, ISSN 2049-2618
Éditeur: Microbiome
DOI: 10.1186/s40168-020-00898-7

Understanding Multicellularity: The Functional Organization of the Intercellular Space

Auteurs: Leonardo Bich, Thomas Pradeu, Jean-François Moreau
Publié dans: Frontiers in Physiology, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-042X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2019.01170

CRISPR-Cas immunity: beyond nonself and defence

Auteurs: Pradeu, Thomas; Moreau, Jean-François
Publié dans: Biology and Philosophy, Numéro 3, 2019, ISSN 0169-3867
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10539-018-9665-8

Characterizing causality in cancer

Auteurs: Elena Rondeau, Nicolas Larmonier, Thomas Pradeu, Andreas Bikfalvi
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53755

Dissecting the Meanings of “Physiology” to Assess the Vitality of the Discipline

Auteurs: Maël Lemoine, Thomas Pradeu
Publié dans: Physiology, Numéro 33/4, 2018, Page(s) 236-245, ISSN 1548-9213
Éditeur: American Physiological Society
DOI: 10.1152/physiol.00015.2018

Constitutive immune mechanisms: mediators of host defence and immune regulation

Auteurs: Søren R. Paludan, Thomas Pradeu, Seth L. Masters, Trine H. Mogensen
Publié dans: Nature Reviews Immunology, 2020, ISSN 1474-1733
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41577-020-0391-5

Book chapters (3)

Robustness and Autonomy in Biological Systems: How Regulatory Mechanisms Enable Functional Integration, Complexity and Minimal Cognition Through the Action of Second-Order Control Constraints

Auteurs: Leonardo Bich
Publié dans: Biological Robustness - Emerging Perspectives from within the Life Sciences, Numéro 23, 2018, Page(s) 123-147, ISBN 978-3-030-01197-0
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-01198-7_6

Jean Gayon, l’histoire, la philosophie et la biologie : Une synthèse moderne

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Philosophie, histoire, biologie: Mélanges offerts à Jean Gayon, 2018, Page(s) 87-102, ISBN 978-2-37361-144-1
Éditeur: Editions Matériologiques

Genidentity and Biological Processes

Auteurs: Pradeu , Thomas
Publié dans: Dan Nicholson and John Dupré; Edited by Daniel J. Nicholson and John Dupré. Everything Flows: Towards a Processual Philosophy of Biology , 2018, Numéro 4, 2018, ISBN 9780-198779636
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/oso/9780198779636.001.0001

Other (1)

Life is not easily bounded

Auteurs: Derek Skillings
Publié dans: Aeon (this magazine does not accept acknowledgments), 2017
Éditeur: Aeon Media Group

Monographic books (1)

Philosophy of Immunology

Auteurs: Thomas Pradeu
Publié dans: Elements in the Philosophy of Biology, 2019, ISBN 9781108616706
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/9781108616706