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New approaches to long-standing questions: adaptation in Drosophila

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Other (4)
The interplay between developmental stage and environment determines the adaptive effect of a natural transposable element insertion (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Miriam Merenciano, Josefa Gonzalez
Publié dans: bioRxiv, 2022
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2022.02.09.479730

Basal and stress-induced expression changes consistent with water loss reduction explain desiccation tolerance of natural Drosophila melanogaster populations (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Vivien Horváth, Sara Guirao-Rico, Judit Salces-Ortiz, Gabriel E. Rech, Llewellyn Green, Eugenio Aprea, Mirco Rodeghiero, Gianfranco Anfora, Josefa González
Publié dans: 2022
Éditeur: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.21.485105

Population-scale long-read sequencing uncovers transposable elements contributing to gene expression variation and associated with adaptive signatures in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gabriel E. Rech, Santiago Radío, Sara Guirao-Rico, Laura Aguilera, Vivien Horvath, Llewellyn Green, Hannah Lindstadt, Véronique Jamilloux, Hadi Quesneville, Josefa González
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2021.10.08.463646

Natural variation in copper tolerance in Drosophila melanogaster is shaped by transcriptional and physiological changes in the gut (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Llewellyn Green, Santiago Radio, Gabriel E. Rech, Judit Salces-Ortiz, Josefa González
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2021.07.12.452058

Thesis and dissertations (3)
Deciphering the molecular and phenotypic effects of a Drosophila melanogaster transposable element located in a unique insertional cluster

Auteurs: Miriam Merenciano
Publié dans: 2020
Éditeur: Universitat de Barcelona

Identification of environmental variables in Drosophila melanogaster natural populations

Auteurs: María Bogaerts Márquez
Publié dans: 2021
Éditeur: Universitat Pompeu Fabra

Unravelling the role of transposable elements in the eukaryotic stress response

Auteurs: Vivien Horvath
Publié dans: 2020
Éditeur: Universitat Pompeu Fabra

Peer reviewed articles (23)
T-lex3: an accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: María Bogaerts-Márquez, Maite G Barrón, Anna-Sophie Fiston-Lavier, Pol Vendrell-Mir, Raúl Castanera, Josep M Casacuberta, Josefa González
Publié dans: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz727

Temperature, rainfall and wind variables underlie environmental adaptation in natural populations of Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: María Bogaerts‐Márquez, Sara Guirao‐Rico, Mathieu Gautier, Josefa González
Publié dans: Molecular Ecology, Numéro 30/4, 2021, Page(s) 938-954, ISSN 0962-1083
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.15783

A benchmark of transposon insertion detection tools using real data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Pol Vendrell-Mir, Fabio Barteri, Miriam Merenciano, Josefa González, Josep M. Casacuberta, Raúl Castanera
Publié dans: Mobile DNA, Numéro 10/1, 2019, ISSN 1759-8753
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13100-019-0197-9

Benchmarking the performance of Pool-seq SNP callers using simulated and real sequencing data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sara Guirao-Rico, Josefa González
Publié dans: Molecular Ecology Resources, 2021, ISSN 1755-0998
Éditeur: Wiley Online
DOI: 10.1111/1755-0998.13343

Diverse families of transposable elements affect the transcriptional regulation of stress-response genes in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: José Luis Villanueva-Cañas, Vivien Horvath, Laura Aguilera, Josefa González
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz490

Genomic Analysis of European Drosophila melanogaster Populations Reveals Longitudinal Structure, Continent-Wide Selection, and Previously Unknown DNA Viruses (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Martin Kapun, Maite G Barrón, Fabian Staubach, Darren J Obbard, R Axel W Wiberg, Jorge Vieira, Clément Goubert, Omar Rota-Stabelli, Maaria Kankare, María Bogaerts-Márquez, Annabelle Haudry, Lena Waidele, Iryna Kozeretska, Elena G Pasyukova, Volker Loeschcke, Marta Pascual, Cristina P Vieira, Svitlana Serga, Catherine Montchamp-Moreau, Jessica Abbott, Patricia Gibert, Damiano Porcelli, Nico Pos
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 37/9, 2020, Page(s) 2661-2678, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa120

Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Martin Kapun, Joaquin C B Nunez, María Bogaerts-Márquez, Jesús Murga-Moreno, Margot Paris, Joseph Outten, Marta Coronado-Zamora, Courtney Tern, Omar Rota-Stabelli, Maria P García Guerreiro, Sònia Casillas, Dorcas J Orengo, Eva Puerma, Maaria Kankare, Lino Ometto, Volker Loeschcke, Banu S Onder, Jessica K Abbott, Stephen W Schaeffer, Subhash Rajpurohit, Emily L Behrman, Mads
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, 2021, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab259

The discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Megan A. Wallace; Kelsey A. Coffman; Clément Gilbert; Sanjana Ravindran; Gregory F. Albery; Jessica K. Abbott; Eliza Argyridou; Paola Bellosta; Paola Bellosta; Andrea J. Betancourt; Hervé Colinet; Katarina Eric; Amanda Glaser-Schmitt; Sonja Grath; Mihailo Jelić; Maaria Kankare; Iryna Kozeretska; Volker Loeschcke; Catherine Montchamp-Moreau; Lino Ometto; Banu Sebnem Onder; Dorcas J. Orengo; John
Publié dans: Virus Evolution, Numéro 8, 2021, ISSN 2057-1577
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/veab031

Identifying chromosomal subpopulations based on their recombination histories advances the study of the genetic basis of phenotypic traits. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Carlos Ruiz-Arenas; Alejandro Cáceres; Marcos Lamelas López; Dolors Pelegrí-Sisó; Josefa González; Juan R. González
Publié dans: Genome Research, Numéro 5, 2020, ISSN 1549-5469
Éditeur: CSHLP
DOI: 10.1101/gr.258301.119

Revisiting the Relationship between Transposable Elements and the Eukaryotic Stress Response (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Vivien Horváth, Miriam Merenciano, Josefa González
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 33/11, 2017, Page(s) 832-841, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2017.08.007

Beyond SNPs: how to detect selection on transposable element insertions (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: José Luis Villanueva-Cañas, Gabriel E. Rech, Maria Angeles Rodriguez de Cara, Josefa González
Publié dans: Methods in Ecology and Evolution, Numéro 8/6, 2017, Page(s) 728-737, ISSN 2041-210X
Éditeur: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210X.12781

Stress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lain Guio, Cristina Vieira, Josefa González
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-30491-w

Genome-wide patterns of local adaptation in Western European Drosophila melanogaster natural populations (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lidia Mateo, Gabriel E. Rech, Josefa González
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-34267-0

Evolutionary insights from large scale resequencing datasets in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sara Guirao-Rico, Josefa González
Publié dans: Current Opinion in Insect Science, Numéro 31, 2019, Page(s) 70-76, ISSN 2214-5745
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cois.2018.11.002

Stress response, behavior, and development are shaped by transposable element-induced mutations in Drosophila (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gabriel E. Rech, María Bogaerts-Márquez, Maite G. Barrón, Miriam Merenciano, José Luis Villanueva-Cañas, Vivien Horváth, Anna-Sophie Fiston-Lavier, Isabelle Luyten, Sandeep Venkataram, Hadi Quesneville, Dmitri A. Petrov, Josefa González
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 15/2, 2019, Page(s) e1007900, ISSN 1553-7404
Éditeur: Public Library of Sciences
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007900

Population-specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Emmanuelle Lerat, Clément Goubert, Sara Guirao-Rico, Miriam Merenciano, Anne-Béatrice Dufour, Cristina Vieira, Josefa González
Publié dans: Molecular Ecology, 2019, ISSN 0962-1083
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.14963

Transposable Elements Contribute to the Adaptation of Arabidopsis thaliana (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zi-Wen Li, Xing-Hui Hou, Jia-Fu Chen, Yong-Chao Xu, Qiong Wu, Josefa González, Ya-Long Guo
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 10/8, 2018, Page(s) 2140-2150, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evy171

A unique cluster of roo insertions in the promoter region of a stress response gene in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Miriam Merenciano, Camillo Iacometti, Josefa González
Publié dans: Mobile DNA, Numéro 10/1, 2019, ISSN 1759-8753
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13100-019-0152-9

Transposable elements contribute to the genomic response to insecticides in Drosophila melanogaster (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Judit Salces-Ortiz, Carlos Vargas-Chavez, Lain Guio, Gabriel E. Rech, Josefa González
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 375/1795, 2020, Page(s) 20190341, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2019.0341

TE Hub: A community-oriented space for sharing and connecting tools, data, resources, and methods for transposable element annotation. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: The TE Hub Consortium; Tyler A. Elliott; Tony Heitkam; Robert Hubley; Hadi Quesneville; Alexander Suh; Travis J. Wheeler
Publié dans: Mobile DNA, Numéro 7, 2021, ISSN 1759-8753
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13100-021-00244-0

Regulatory regions in natural transposable element insertions drive interindividual differences in response to immune challenges in Drosophila (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Anna Ullastres, Miriam Merenciano, Josefa González
Publié dans: Genome Biology, 2021, ISSN 1465-6906
Éditeur: Biomed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02471-3

Broad geographic sampling reveals the shared basis and environmental correlates of seasonal adaptation in Drosophila . (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Heather E. Machado; Alan O. Bergland; Ryan W. Taylor; Susanne Tilk; Emily L. Behrman; Kelly A. Dyer; Daniel K. Fabian; Thomas Flatt; Josefa González; Talia L. Karasov; Bernard Y. Kim; Iryna Kozeretska; Brian P. Lazzaro; Thomas J.S. Merritt; John E. Pool; Katherine R. O'Brien; Subhash Rajpurohit; Paula R. Roy; Stephen W. Schaeffer; Svitlana Serga; Paul S. Schmidt; Dmitri A. Petrov
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.17863/cam.73315

Polymorphic Inversions Underlie the Shared Genetic Susceptibility of Obesity-Related Diseases (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Juan R. González; Carlos Ruiz-Arenas; Alejandro Cáceres; Ignasi Moran; Marcos López-Sánchez; Lorena Alonso; Ignacio Tolosana; Marta Guindo-Martínez; Josep M. Mercader; Tõnu Esko; David Torrents; David Torrents; Josefa González; Luis A. Pérez-Jurado
Publié dans: The American Journal of Human Genetics, Numéro 3, 2020, ISSN 0002-9297
Éditeur: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2020.04.017

Book chapters (1)
New Insights on the Evolution of Genome Content: Population Dynamics of Transposable Elements in Flies and Humans (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lain Guio, Josefa González
Publié dans: Methods in Molecular Biology, 2019
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-4939-9074-0_16

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Dernière mise à jour: 15 Septembre 2022

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