Objetivo
Next generation sequencing (NGS) has become an indispensable tool for system biology and has recently been adopted in protein engineering science as well. This proposal describes the development of a highly generalizable technique, termed FUNC-NGS, which links in situ functional information of protein activity with the function-determining DNA sequence in a massively parallel manner opening exciting possibilities, e.g. in drug discovery. In this method a cell-free display platform is combined with NGS by modifying protein display units to contain unique homing oligonucleotide sequences. These units are subsequently targeted to bind monoclonal DNA clusters in the flow cell of an Illumina sequencer by complementary DNA hybridization. FUNC-NGS is readily compatible with a paired-end sequencing programme on the Illumina platform and the number of screening units is only limited by the number of DNA clusters on the flow cell. As the first application challenge, a new variant of a modified bacterial adhesin, Spycatcher, will be created with an altered specificity for synthetic biology applications. Novel Spycatcher-SpyTag pairs are intensively desired but their creation is demanding. Solving this problem will be a perfect showcase for this radically novel deep screening technology. At the mature stage FUNC-NGS will be a transformative platform in therapeutic protein development, functional genomics and personalized medicine. The proposed work will be carried out at Dr. Hollfelder´s laboratory at the University of Cambridge with a short secondment at Medimmune. Hollfelder group has developed SNAP display, which is a FUNC-NGS-compatible in vitro protein display system. Furthermore, the University hosts excellent facilities for NGS sequencing and experienced bioinformatics support is available. The planned research programme synergistically combines my expertise in molecular biology method development with the hosts expertise in cell-free display and IVC-techniques.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas biología sintética
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología virología
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas biología molecular
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2014
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
CB2 1TN CAMBRIDGE
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.