A nanophysics approach to synthetic cell division

Información del proyecto

SynDiv

Identificador del acuerdo de subvención: 669598

DOI

10.3030/669598

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 17 Junio 2015

Fecha de inicio 1 Julio 2015

Fecha de finalización 30 Junio 2020

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 500 000,00

Aportación de la UE

€ 2 500 000,00

Coordinado por

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (56)

Direct observation of independently moving replisomes in Escherichia coli

Autores: Aleksandre Japaridze, Christos Gogou, Jacob W. J. Kerssemakers, Huyen My Nguyen, Cees Dekker
Publicado en: Nature Communications, Edición 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16946-7

Direct observation of end resection by RecBCD during double-stranded DNA break repair in vivo

Autores: Jakub Wiktor, Marit van der Does, Lisa Büller, David J Sherratt, Cees Dekker
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 46/4, 2017, Página(s) 1821-1833, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1290

DNA-loop extruding condensin complexes can traverse one another

Autores: Eugene Kim, Jacob Kerssemakers, Indra A. Shaltiel, Christian H. Haering, Cees Dekker
Publicado en: Nature, Edición 579/7799, 2020, Página(s) 438-442, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2067-5

Mapping out Min protein patterns in fully confined fluidic chambers

Autores: Yaron Caspi, Cees Dekker
Publicado en: eLife, Edición 5, 2016, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.19271

Human centromeric CENP-A chromatin is a homotypic, octameric nucleosome at all cell cycle points

Autores: Yael Nechemia-Arbely, Daniele Fachinetti, Karen H. Miga, Nikolina Sekulic, Gautam V. Soni, Dong Hyun Kim, Adeline K. Wong, Ah Young Lee, Kristen Nguyen, Cees Dekker, Bing Ren, Ben E. Black, Don W. Cleveland
Publicado en: The Journal of Cell Biology, Edición 216/3, 2017, Página(s) 607-621, ISSN 0021-9525
Editor: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201608083

Bacterial Predator-prey dynamics in microscale patchy landscapes

Autores: F.J.H. Hol, O. Rotem, E. Jurkevitch, C. Dekker, D.A. Koster
Publicado en: Proceedings of the Royal Society B, Edición 283, 2016, Página(s) 20152154, ISSN 0962-8452
Editor: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2015.2154

Multistability and dynamic transitions of intracellular Min protein patterns

Autores: Reiter, Matthias; Halatek, Jacob; Frey, Erwin; Wu, Fabai; Dekker, Cees; Kingma, Enzo
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 1, 2016, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20156724

Intercalation-based single-molecule fluorescence assay to study DNA supercoil dynamics

Autores: M. Ganji, S. H. Kim, J. van der Torre, E. Abbondanzieri, C. Dekker
Publicado en: Nano Letters, Edición 16, 2016, Página(s) 4699, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.6b02213

Condensin Smc2-Smc4 Dimers Are Flexible and Dynamic

Autores: Allard J. Katan; Markus Hassler; Essam M. Dief; Jorine M. Eeftens; Liza de Wilde; Marc Kschonsak; Cees Dekker; Christian H. Haering
Publicado en: Cell Reports, Edición 1, 2016, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2016.01.063

Nanofabricated structures and microfluidic devices for bacteria: from techniques to biology

Autores: F. Wu, C. Dekker
Publicado en: Chemical Society Reviews, Edición 45, 2016, Página(s) 268-280, ISSN 0306-0012
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c5cs00514k

Direct observation of DNA knots using a solid-state nanopore

Autores: Calin Plesa, Daniel Verschueren, Sergii Pud, Jaco van der Torre, Justus W. Ruitenberg, Menno J. Witteveen, Magnus P. Jonsson, Alexander Y. Grosberg, Yitzhak Rabin, Cees Dekker
Publicado en: Nature Nanotechnology, Edición 11, 2016, Página(s) 1093-1097, ISSN 1748-3387
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nnano.2016.153

CRISPR-mediated control of the bacterial initiation of replication

Autores: Jakub Wiktor, Christian Lesterlin, David J. Sherratt, Cees Dekker
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 44/8, 2016, Página(s) 3801-3810, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw214

Graphene nanodevices for DNA sequencing

Autores: Stephanie J. Heerema, Cees Dekker
Publicado en: Nature Nanotechnology, Edición 11/2, 2016, Página(s) 127-136, ISSN 1748-3387
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nnano.2015.307

Mechanical Trapping of DNA in a Double-Nanopore System

Autores: Sergii Pud, Shu-Han Chao, Maxim Belkin, Daniel Verschueren, Teun Huijben, Casper van Engelenburg, Cees Dekker, and Aleksei Aksimentiev
Publicado en: Nano Letters, Edición 16, 2016, Página(s) 8021-8028, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.6b04642

The supercoiling state of DNA determines the handedness of both H3 and CENP-A nucleosomes

Autores: R. Vlijm, S. H. Kim, P. L. De Zwart, Y. Dalal, C. Dekker
Publicado en: Nanoscale, Edición 9/5, 2017, Página(s) 1862-1870, ISSN 2040-3364
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C6NR06245H

Comparing the Assembly and Handedness Dynamics of (H3.3-H4)2 Tetrasomes to Canonical Tetrasomes

Autores: Orkide Ordu; Alexandra Lusser; Dekker, Nynke H.; Mina Lee; Rifka Vlijm; Cees Dekker; Anastasiya Boltengagen
Publicado en: PLoS ONE, Vol 10, Iss 10, p e0141267 (2015), Edición 1, 2015, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0141267

Self-aligned plasmonic nanopores by optically controlled dielectric breakdown

Autores: S. Pud, D. Verschueren, N. Vukovic, C. Plesa, M.P. Jonsson,C. Dekker
Publicado en: Nano Letters, Edición 15, 2015, Página(s) 7112-7, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5b03239

Octanol-assisted liposome assembly on chip

Autores: Siddharth Deshpande, Yaron Caspi, Anna E. C. Meijering, Cees Dekker
Publicado en: Nature Communications, Edición 7, 2016, Página(s) 10447, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10447

CENP-A and H3 Nucleosomes Display a Similar Stability to Force-Mediated Disassembly

Autores: Dalal, Yamini; Dekker, Cees; Vlijm, Rifka; Kim, Sung Hyun; van der Torre, Jaco
Publicado en: PLoS ONE, Edición 1, 2016, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0165078

Tailoring the appearance: what will synthetic cells look like?

Autores: Willem Kasper Spoelstra, Siddharth Deshpande, Cees Dekker
Publicado en: Current Opinion in Biotechnology, Edición 51, 2018, Página(s) 47-56, ISSN 0958-1669
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2017.11.005

Through-membrane electron-beam lithography for ultrathin membrane applications

Autores: M. Neklyudova, A. K. Erdamar, L. Vicarelli, S. J. Heerema, T. Rehfeldt, G. Pandraud, Z. Kolahdouz, C. Dekker, H. W. Zandbergen
Publicado en: Applied Physics Letters, Edición 111/6, 2017, Página(s) 063105, ISSN 0003-6951
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.4986991

Spatial structure of disordered proteins dictates conductance and selectivity in nuclear pore complex mimics

Autores: Adithya N Ananth, Ankur Mishra, Steffen Frey, Arvind Dwarkasing, Roderick Versloot, Erik van der Giessen, Dirk Görlich, Patrick Onck, Cees Dekker
Publicado en: eLife, Edición 7, 2018, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.31510

On-chip density-based purification of liposomes

Autores: Siddharth Deshpande, Anthony Birnie, Cees Dekker
Publicado en: Biomicrofluidics, Edición 11/3, 2017, Página(s) 034106, ISSN 1932-1058
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.4983174

SDS-assisted protein transport through solid-state nanopores

Autores: Laura Restrepo-Pérez, Shalini John, Aleksei Aksimentiev, Chirlmin Joo, Cees Dekker
Publicado en: Nanoscale, Edición 9/32, 2017, Página(s) 11685-11693, ISSN 2040-3364
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c7nr02450a

Bacteria‐in‐paper, a versatile platform to study bacterial ecology

Autores: Felix J. H. Hol, George M. Whitesides, Cees Dekker
Publicado en: Ecology Letters, 2019, ISSN 1461-023X
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13274

Distinct Roles for Condensin’s Two ATPase Sites in Chromosome Condensation

Autores: Ahmed M.O. Elbatsh, Eugene Kim, Jorine M. Eeftens, Jonne A. Raaijmakers, Robin H. van der Weide, Alberto García-Nieto, Sol Bravo, Mahipal Ganji, Jelmi uit de Bos, Hans Teunissen, René H. Medema, Elzo de Wit, Christian H. Haering, Cees Dekker, Benjamin D. Rowland
Publicado en: Molecular Cell, Edición 76/5, 2019, Página(s) 724-737.e5, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.020

Real-time imaging of DNA loop extrusion by condensin

Autores: Mahipal Ganji, Indra A. Shaltiel, Shveta Bisht, Eugene Kim, Ana Kalichava, Christian H. Haering, Cees Dekker
Publicado en: Science, Edición 360/6384, 2018, Página(s) 102-105, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aar7831

Membrane Tension–Mediated Growth of Liposomes

Autores: Siddharth Deshpande, Sreekar Wunnava, David Hueting, Cees Dekker
Publicado en: Small, Edición 15/38, 2019, Página(s) 1902898, ISSN 1613-6810
Editor: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.201902898

An Integrated Microfluidic Platform for Quantifying Drug Permeation across Biomimetic Vesicle Membranes

Autores: Michael Schaich, Jehangir Cama, Kareem Al Nahas, Diana Sobota, Hannah Sleath, Kevin Jahnke, Siddharth Deshpande, Cees Dekker, Ulrich F. Keyser
Publicado en: Molecular Pharmaceutics, Edición 16/6, 2019, Página(s) 2494-2501, ISSN 1543-8384
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.9b00086

Shape and Size Control of Artificial Cells for Bottom-Up Biology

Autores: Federico Fanalista, Anthony Birnie, Renu Maan, Federica Burla, Kevin Charles, Grzegorz Pawlik, Siddharth Deshpande, Gijsje H. Koenderink, Marileen Dogterom, Cees Dekker
Publicado en: ACS Nano, Edición 13/5, 2019, Página(s) 5439-5450, ISSN 1936-0851
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b00220

Visualization of unstained DNA nanostructures with advanced in-focus phase contrast TEM techniques

Autores: Yoones Kabiri, Raimond B. G. Ravelli, Tibor Lehnert, Haoyuan Qi, Allard J. Katan, Natascha Roest, Ute Kaiser, Cees Dekker, Peter J. Peters, Henny Zandbergen
Publicado en: Scientific Reports, Edición 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-43687-5

On-chip microfluidic production of cell-sized liposomes

Autores: Siddharth Deshpande, Cees Dekker
Publicado en: Nature Protocols, Edición 13/5, 2018, Página(s) 856-874, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nprot.2017.160

Reversible Immobilization of Proteins in Sensors and Solid-State Nanopores

Autores: Adithya Ananth, María Genua, Nesrine Aissaoui, Leire Díaz, Nico B. Eisele, Steffen Frey, Cees Dekker, Ralf P. Richter, Dirk Görlich
Publicado en: Small, Edición 14/18, 2018, Página(s) 1703357, ISSN 1613-6810
Editor: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.201703357

Movement dynamics of divisome proteins and PBP2x:FtsW in cells of Streptococcus pneumoniae

Autores: Amilcar J. Perez, Yann Cesbron, Sidney L. Shaw, Jesus Bazan Villicana, Ho-Ching T. Tsui, Michael J. Boersma, Ziyun A. Ye, Yanina Tovpeko, Cees Dekker, Seamus Holden, Malcolm E. Winkler
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 116/8, 2019, Página(s) 3211-3220, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1816018116

Direct imaging of the circular chromosome in a live bacterium

Autores: Fabai Wu, Aleksandre Japaridze, Xuan Zheng, Jakub Wiktor, Jacob W. J. Kerssemakers, Cees Dekker
Publicado en: Nature Communications, Edición 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10221-0

The condensin complex is a mechanochemical motor that translocates along DNA

Autores: Tsuyoshi Terakawa, Shveta Bisht, Jorine M. Eeftens, Cees Dekker, Christian H. Haering, Eric C. Greene
Publicado en: Science, Edición 358/6363, 2017, Página(s) 672-676, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aan6516

Detection of CRISPR-dCas9 on DNA with Solid-State Nanopores

Autores: Wayne Yang, Laura Restrepo-Pérez, Michel Bengtson, Stephanie J. Heerema, Anthony Birnie, Jaco van der Torre, Cees Dekker
Publicado en: Nano Letters, Edición 18/10, 2018, Página(s) 6469-6474, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.8b02968

Electro-Mechanical Conductance Modulation of a Nanopore Using a Removable Gate

Autores: Shidi Zhao, Laura Restrepo-Pérez, Misha Soskine, Giovanni Maglia, Chirlmin Joo, Cees Dekker, Aleksei Aksimentiev
Publicado en: ACS Nano, 2019, ISSN 1936-0851
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.8b09266

Synthetic life on a chip

Autores: Siddharth Deshpande, Cees Dekker
Publicado en: Emerging Topics in Life Sciences, Edición 3/5, 2019, Página(s) 559-566, ISSN 2397-8554
Editor: Portland Press
DOI: 10.1042/etls20190097

Treadmilling by FtsZ filaments drives peptidoglycan synthesis and bacterial cell division

Autores: Alexandre W. Bisson-Filho, Yen-Pang Hsu, Georgia R. Squyres, Erkin Kuru, Fabai Wu, Calum Jukes, Yingjie Sun, Cees Dekker, Seamus Holden, Michael S. VanNieuwenhze, Yves V. Brun, Ethan C. Garner
Publicado en: Science, Edición 355/6326, 2017, Página(s) 739-743, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aak9973

Spatiotemporal control of coacervate formation within liposomes

Autores: Siddharth Deshpande, Frank Brandenburg, Anson Lau, Mart G. F. Last, Willem Kasper Spoelstra, Louis Reese, Sreekar Wunnava, Marileen Dogterom, Cees Dekker
Publicado en: Nature Communications, Edición 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09855-x

Label-Free Detection of Post-translational Modifications with a Nanopore

Autores: Laura Restrepo-Pérez, Chun Heung Wong, Giovanni Maglia, Cees Dekker, Chirlmin Joo
Publicado en: Nano Letters, Edición 19/11, 2019, Página(s) 7957-7964, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.9b03134

Distortion of DNA Origami on Graphene Imaged with Advanced TEM Techniques

Autores: Yoones Kabiri, Adithya N. Ananth, Jaco van der Torre, Allard Katan, Jin-Yong Hong, Sairam Malladi, Jing Kong, Henny Zandbergen, Cees Dekker
Publicado en: Small, Edición 13/31, 2017, Página(s) 1700876, ISSN 1613-6810
Editor: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.201700876

Dividing the Archaeal Way: The Ancient Cdv Cell-Division Machinery

Autores: Yaron Caspi, Cees Dekker
Publicado en: Frontiers in Microbiology, Edición 9, 2018, ISSN 1664-302X
Editor: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00174

DNA sequence encodes the position of DNA supercoils

Autores: Sung Hyun Kim, Mahipal Ganji, Eugene Kim, Jaco van der Torre, Elio Abbondanzieri, Cees Dekker
Publicado en: eLife, Edición 7, 2018, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.36557

FtsZ-Induced Shape Transformation of Coacervates

Autores: Federico Fanalista, Siddharth Deshpande, Anson Lau, Grzegorz Pawlik, Cees Dekker
Publicado en: Advanced Biosystems, Edición 2/9, 2018, Página(s) 1800136, ISSN 2366-7478
Editor: WILEY‐VCH Verlag GmbH
DOI: 10.1002/adbi.201800136

Resolving Chemical Modifications to a Single Amino Acid within a Peptide Using a Biological Nanopore

Autores: Laura Restrepo-Pérez, Gang Huang, Peggy R. Bohländer, Nathalie Worp, Rienk Eelkema, Giovanni Maglia, Chirlmin Joo, Cees Dekker
Publicado en: ACS Nano, Edición 13/12, 2019, Página(s) 13668-13676, ISSN 1936-0851
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b05156

Mechanical Division of Cell-Sized Liposomes

Autores: Siddharth Deshpande, Willem Kasper Spoelstra, Marleen van Doorn, Jacob Kerssemakers, Cees Dekker
Publicado en: ACS Nano, Edición 12/3, 2018, Página(s) 2560-2568, ISSN 1936-0851
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.7b08411

A microfluidic platform for the characterisation of membrane active antimicrobials

Autores: K. Al Nahas, J. Cama, M. Schaich, K. Hammond, S. Deshpande, C. Dekker, M. G. Ryadnov, U. F. Keyser
Publicado en: Lab on a Chip, Edición 19/5, 2019, Página(s) 837-844, ISSN 1473-0197
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8lc00932e

Paving the way to single-molecule protein sequencing

Autores: Laura Restrepo-Pérez, Chirlmin Joo, Cees Dekker
Publicado en: Nature Nanotechnology, Edición 13/9, 2018, Página(s) 786-796, ISSN 1748-3387
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-018-0236-6

Intercalating Electron Dyes for TEM Visualization of DNA at the Single‐Molecule Level

Autores: Yoones Kabiri, Alessandro Angelin, Ishtiaq Ahmed, Hatice Mutlu, Jens Bauer, Christof M. Niemeyer, Henny Zandbergen, Cees Dekker
Publicado en: ChemBioChem, Edición 20/6, 2019, Página(s) 822-830, ISSN 1439-4227
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.201800638

Catching DNA with hoops—biophysical approaches to clarify the mechanism of SMC proteins

Autores: Jorine Eeftens, Cees Dekker
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 24/12, 2017, Página(s) 1012-1020, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nsmb.3507

Real‐time detection of condensin‐driven DNA compaction reveals a multistep binding mechanism

Autores: Jorine M Eeftens, Shveta Bisht, Jacob Kerssemakers, Marc Kschonsak, Christian H Haering, Cees Dekker
Publicado en: The EMBO Journal, Edición 36/23, 2017, Página(s) 3448-3457, ISSN 0261-4189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.201797596

Nano-Optical Tweezing of Single Proteins in Plasmonic Nanopores

Autores: Daniel Verschueren, Xin Shi, Cees Dekker
Publicado en: Small Methods, Edición 3/5, 2019, Página(s) 1800465, ISSN 2366-9608
Editor: WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA
DOI: 10.1002/smtd.201800465

DNA origami scaffold for studying intrinsically disordered proteins of the nuclear pore complex

Autores: Philip Ketterer, Adithya N. Ananth, Diederik S. Laman Trip, Ankur Mishra, Eva Bertosin, Mahipal Ganji, Jaco van der Torre, Patrick Onck, Hendrik Dietz, Cees Dekker
Publicado en: Nature Communications, Edición 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03313-w

Cell Boundary Confinement Sets the Size and Position of the E. coli Chromosome

Autores: Fabai Wu, Pinaki Swain, Louis Kuijpers, Xuan Zheng, Kevin Felter, Margot Guurink, Jacopo Solari, Suckjoon Jun, Thomas S. Shimizu, Debasish Chaudhuri, Bela Mulder, Cees Dekker
Publicado en: Current Biology, Edición 29/13, 2019, Página(s) 2131-2144.e4, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.05.015

Non-peer reviewed articles (1)

Bulk-surface coupling reconciles Min-protein pattern formation in vitro and in vivo

Autores: Brauns, Fridtjof; Pawlik, Grzegorz; Halatek, Jacob; Kerssemakers, Jacob; Frey, Erwin; Dekker, Cees
Publicado en: bioRxiv, Edición 3, 2020, ISSN 0362-4331
Editor: New York Times Company
DOI: 10.1101/2020.03.01.971952