Generation of the CanPath prototype - a platform for predictive cancer pathway modeling

Informations projet

CanPathPro

N° de convention de subvention: 686282

DOI

10.3030/686282

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Février 2016

Date de début 1 Mars 2016

Date de fin 30 Novembre 2021

Financé au titre de

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Coût total

€ 10 713 058,48

Contribution de l’UE

€ 9 862 545,98

Coordonné par

ALACRIS THERANOSTICS GMBH
Germany

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Livrables

Documents, reports (2)

Dissemination Plan
Management Guide

Demonstrators, pilots, prototypes (1)

Set-up of a webpage platform for the interface between user/client and pipeline

Setup of a webpage platform for the interface between userclient and pipeline

Publications

Peer reviewed articles (29)

PEtab—Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology

Auteurs: Schmiester, Leonard; Schälte, Yannik; Bergmann, Frank T.; Camba, Tacio; Dudkin, Erika; Egert, Janine; Frölich, Fabian; Fuhrmann, Lara; Hauber, Adrian L.; Kemmer, Svenja; Lakrisenko, Polina; Loos, Carolin; Merkt, Simon; Müller, Wolfgang; Pathirana, Dilan; Raimúndez, Elba; Refisch, Lukas; Rosenblatt, Marcus; Stapor, Paul L.; Städter, Philipp; Wang, Dantong; Wieland, Franz-Georg; Banga, Julio R.
Publié dans: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008646

Efficient gradient-based parameter estimation for dynamic models using qualitative data

Auteurs: Leonard Schmiester, Daniel Weindl, Jan Hasenauer
Publié dans: Bioinformatics, 2021, ISSN 1460-2059
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab512

Benchmarking of numerical integration methods for ODE models of biological systems

Auteurs: Philipp Städter; Yannik Schälte; Leonard Schmiester; Jan Hasenauer; Jan Hasenauer; Paul Stapor
Publié dans: Nature, Numéro 13, 2021, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82196-2

Models of Models: A Translational Route for Cancer Treatment and Drug Development

Auteurs: Lesley A. Ogilvie, Aleksandra Kovachev, Christoph Wierling, Bodo M. H. Lange, Hans Lehrach
Publié dans: Frontiers in Oncology, Numéro 7, 2017, ISSN 2234-943X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2017.00219

PREMER: a Tool to Infer Biological Networks

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Kolja Becker, Julio R. Banga
Publié dans: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, Page(s) 1-1, ISSN 1545-5963
Éditeur: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/TCBB.2017.2758786

PESTO: Parameter EStimation TOolbox

Auteurs: Paul Stapor, Daniel Weindl, Benjamin Ballnus, Sabine Hug, Carolin Loos, Anna Fiedler, Sabrina Krause, Sabrina Hroß, Fabian Fröhlich, Jan Hasenauer
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/4, 2017, Page(s) 705-707, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx676

Structural Properties of Dynamic Systems Biology Models: Identifiability, Reachability, and Initial Conditions

Auteurs: Alejandro F Villaverde, Julio R Banga
Publié dans: Processes, Numéro 5/4, 2017, Page(s) 29, ISSN 2227-9717
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/pr5020029

Parameter identifiability analysis and visualization in large-scale kinetic models of biosystems

Auteurs: Attila Gábor, Alejandro F. Villaverde, Julio R. Banga
Publié dans: BMC Systems Biology, Numéro 11/1, 2017, ISSN 1752-0509
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12918-017-0428-y

Bayesian parameter estimation for biochemical reaction networks using region-based adaptive parallel tempering

Auteurs: Benjamin Ballnus, Steffen Schaper, Fabian J Theis, Jan Hasenauer
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/13, 2018, Page(s) i494-i501, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty229

Evaluation of Derivative-Free Optimizers for Parameter Estimation in Systems Biology

Auteurs: Yannik Schälte, Paul Stapor, Jan Hasenauer
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 51/19, 2018, Page(s) 98-101, ISSN 2405-8963
Éditeur: Science Direct
DOI: 10.1016/j.ifacol.2018.09.025

Sufficiently Exciting Inputs for Structurally Identifiable Systems Biology Models

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Neil D. Evans, Michael J. Chappell, Julio R. Banga
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 51/19, 2018, Page(s) 16-19, ISSN 2405-8963
Éditeur: Science Direct
DOI: 10.1016/j.ifacol.2018.09.015

Observability and Structural Identifiability of Nonlinear Biological Systems

Auteurs: Alejandro F. Villaverde
Publié dans: Complexity, Numéro 2019, 2019, Page(s) 1-12, ISSN 1076-2787
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1155/2019/8497093

Optimization and profile calculation of ODE models using second order adjoint sensitivity analysis

Auteurs: Paul Stapor, Fabian Fröhlich, Jan Hasenauer
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/13, 2018, Page(s) i151-i159, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty230

Hierarchical optimization for the efficient parametrization of ODE models

Auteurs: Hasenauer, Jan; Loos, Carolin; Krause, Sabrina
Publié dans: Bioinformatics Journal, Numéro 2, 2018, Page(s) 4266-4273, ISSN 1460-2059
Éditeur: Oxford University
DOI: 10.1101/247924

Input-Dependent Structural Identifiability of Nonlinear Systems

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Neil D. Evans, Michael J. Chappell, Julio R. Banga
Publié dans: IEEE Control Systems Letters, Numéro 3/2, 2019, Page(s) 272-277, ISSN 2475-1456
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/lcsys.2018.2868608

Efficient Parameter Estimation Enables the Prediction of Drug Response Using a Mechanistic Pan-Cancer Pathway Model

Auteurs: Fabian Fröhlich, Thomas Kessler, Daniel Weindl, Alexey Shadrin, Leonard Schmiester, Hendrik Hache, Artur Muradyan, Moritz Schütte, Ji-Hyun Lim, Matthias Heinig, Fabian J. Theis, Hans Lehrach, Christoph Wierling, Bodo Lange, Jan Hasenauer
Publié dans: Cell Systems, Numéro 7/6, 2018, Page(s) 567-579.e6, ISSN 2405-4712
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cels.2018.10.013

Benchmarking optimization methods for parameter estimation in large kinetic models

Auteurs: Alejandro F Villaverde, Fabian Fröhlich, Daniel Weindl, Jan Hasenauer, Julio R Banga
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 35/5, 2018, Page(s) 830-838, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty736

GenSSI 2.0: multi-experiment structural identifiability analysis of SBML models

Auteurs: Thomas S Ligon, Fabian Fröhlich, Oana T Chiş, Julio R Banga, Eva Balsa-Canto, Jan Hasenauer
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/8, 2017, Page(s) 1421-1423, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx735

Structural Identifiability of Dynamic Systems Biology Models

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Antonio Barreiro, Antonis Papachristodoulou
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 12/10, 2016, Page(s) e1005153, ISSN 1553-7358
Éditeur: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005153

On the relationship between sloppiness and identifiability

Auteurs: Oana-Teodora Chis, Alejandro F. Villaverde, Julio R. Banga, Eva Balsa-Canto
Publié dans: Mathematical Biosciences, Numéro 282, 2016, Page(s) 147-161, ISSN 0025-5564
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mbs.2016.10.009

Structural Identifiability Analysis via Extended Observability and Decomposition

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Antonio Barreiro, Antonis Papachristodoulou
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 49/26, 2016, Page(s) 171-177, ISSN 2405-8963
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2016.12.121

Full observability and estimation of unknown inputs, states and parameters of nonlinear biological models

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Nikolaos Tsiantis, Julio R. Banga
Publié dans: Journal of The Royal Society Interface, Numéro 16/156, 2019, Page(s) 20190043, ISSN 1742-5689
Éditeur: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2019.0043

Closing the gap between formats for storing layout information in systems biology

Auteurs: David Hoksza, Piotr Gawron, Marek Ostaszewski, Jan Hasenauer, Reinhard Schneider
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, 2020, ISSN 1467-5463
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaa030

Efficient parameterization of large-scale dynamic models based on relative measurements

Auteurs: Leonard Schmiester, Yannik Schälte, Fabian Fröhlich, Jan Hasenauer, Daniel Weindl
Publié dans: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz581

A Comparison of Methods for Quantifying Prediction Uncertainty in Systems Biology

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Elba Raimúndez, Jan Hasenauer, Julio R. Banga
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 52/26, 2019, Page(s) 45-51, ISSN 2405-8963
Éditeur: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.ifacol.2019.12.234

Challenges in the calibration of large-scale ordinary differential equation models

Auteurs: Eva-Maria Kapfer, Paul Stapor, Jan Hasenauer
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 52/26, 2019, Page(s) 58-64, ISSN 2405-8963
Éditeur: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.ifacol.2019.12.236

Efficient computation of steady states in large-scale ODE models of biochemical reaction networks

Auteurs: Glenn Terje Lines, Łukasz Paszkowski, Leonard Schmiester, Daniel Weindl, Paul Stapor, Jan Hasenauer
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro 52/26, 2019, Page(s) 32-37, ISSN 2405-8963
Éditeur: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.ifacol.2019.12.232

A protocol for dynamic model calibration

Auteurs: Alejandro F Villaverde; Dilan Pathirana; Fabian Fröhlich; Jan Hasenauer; Julio R Banga
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro 1, 2021, ISSN 1477-4054
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbab387

AMICI: high-performance sensitivity analysis for large ordinary differential equation models

Auteurs: Fabian Fröhlich; Daniel Weindl; Yannik Schälte; Dilan Pathirana; Łukasz Paszkowski; Glenn Terje Lines; Paul Stapor; Jan Hasenauer
Publié dans: BIOINFORMATICS, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab227

Book chapters (2)

Virtual trials in virtual patients. Is this how we will accelerate progress in personalized treatments?

Auteurs: Marc Beishon
Publié dans: Cancer World, 2017
Éditeur: European School of Oncology

CanPathPro – eine innovative Plattform für die prädiktive Modellierung von Krebs-Signalprozessen

Auteurs: Bodo Lange
Publié dans: EY Spot on Innovation! Deutsche Biotechnologie Report, 2017
Éditeur: Ernst & Young

Conference proceedings (3)

LNA++: Linear Noise Appr oximation with First and Second Order Sensitivities

Auteurs: Justin Feigelman, Daniel Weindl, Carsten Marr, Jan Hasenauer
Publié dans: Springer Verlag, Numéro Proceedings of the 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 2018, Page(s) 300-306
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.5281/zenodo.1287771

PREMER: Parallel Reverse Engineering of Biological Networks with Information Theory

Auteurs: Alejandro F. Villaverde, Kolja Becker, Julio R. Banga
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, 2016, Page(s) 323-329
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-45177-0_21

Análisis de observabilidad e identificabilidad estructural de modelos no lineales: aplicación a la vía de señalización JAK/STAT

Auteurs: Alejandro Vilaverde, Julio R. Banga
Publié dans: Libro de actas, 2019, Page(s) 631-638, ISBN 9788-497497169
Éditeur: Universidade da Coruña. Servizo de Publicacións
DOI: 10.17979/spudc.9788497497169.631