Illuminating Functional Networks and Keystone Species in the Gut

Informations projet

FunKeyGut

N° de convention de subvention: 714623

DOI

10.3030/714623

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Mars 2017

Date de début 1 Avril 2017

Date de fin 30 Septembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 498 279,00

Contribution de l’UE

€ 1 498 279,00

Coordonné par

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Publications

Peer reviewed articles (29)

Conversion of Rutin, a Prevalent Dietary Flavonol, by the Human Gut Microbiota

Auteurs: Alessandra Riva, Ditta Kolimár, Andreas Spittler, Lukas Wisgrill, Craig W. Herbold, László Abrankó, David Berry
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2020.585428

Transparent soil microcosms for live-cell imaging and non-destructive stable isotope probing of soil microorganisms

Auteurs: Kriti Sharma, Márton Palatinszky, Georgi Nikolov, David Berry, Elizabeth A Shank
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.56275

Targeting Gut Bacteria Using Inulin-Conjugated Mesoporous Silica Nanoparticles

Auteurs: von Baeckmann C, Riva A, Guggenberger P, Kählig H, Han SW, Inan D, Del Favero G, Berry D, Kleitz F
Publié dans: Advanced Materials Interfaces, Numéro 9:14, 2022, ISSN 2196-7350
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/admi.202102558

Crypt residing bacteria and proximal colonic carcinogenesis in a mouse model of Lynch syndrome

Auteurs: Michaela Lang, Maximilian Baumgartner, Aleksandra Rożalska, Adrian Frick, Alessandra Riva, Michael Jarek, David Berry, Christoph Gasche
Publié dans: International Journal of Cancer, Numéro 147/8, 2020, Page(s) 2316-2326, ISSN 0020-7136
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.33028

Lipid synthesis at the trophic base as the source for energy management to build complex structures

Auteurs: Schnorr SL, Berry D
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 09581669, 2022, Page(s) 364-373, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2021.09.014

Aberrant gut-microbiota-immune-brain axis development in premature neonates with brain damage

Auteurs: David Seki, Margareta Mayer, Bela Hausmann, Petra Pjevac, Vito Giordano, Katharina Goeral, Lukas Unterasinger, Katrin Klebermaß-Schrehof, Kim De Paepe, Tom Van de Wiele, Andreas Spittler, Gregor Kasprian, Benedikt Warth, Angelika Berger, David Berry, Lukas Wisgrill
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 29/10, 2021, Page(s) 1558-1572.e6, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2021.08.004

Persistence of the antagonistic effects of a natural mixture of Alternaria mycotoxins on the estrogen-like activity of human feces after anaerobic incubation

Auteurs: Crudo F, Aichinger G, Dellafiora L, Kiss E, Mihajlovic J, Del Favero G, Berry D, Dall'Asta C, Marko D
Publié dans: Toxicology Letters, Numéro 03784274, 2022, Page(s) 88-99, ISSN 0378-4274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.toxlet.2022.01.015

Individuality of the Extremely Premature Infant Gut Microbiota Is Driven by Ecological Drift

Auteurs: Seki D, Schauberger C, Hausmann B, Berger A, Wisgrill L, Berry D
Publié dans: mSystems, Numéro 23795077, 2022, ISSN 2379-5077
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00163-22

Single-cell stable isotope probing in microbial ecology

Auteurs: Alcolombri U, Pioli R, Stocker R, Berry D
Publié dans: ISME Communications, Numéro 27306151, 2022, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-022-00142-3

Mucosal Biofilms Are an Endoscopic Feature of Irritable Bowel Syndrome and Ulcerative Colitis

Auteurs: Maximilian Baumgartner, Michaela Lang, Hunter Holley, Daniel Crepaz, Bela Hausmann, Petra Pjevac, Doris Moser, Felix Haller, Fabian Hof, Andrea Beer, Elisabeth Orgler, Adrian Frick, Vineeta Khare, Rayko Evstatiev, Susanne Strohmaier, Christian Primas, Werner Dolak, Thomas Köcher, Kristaps Klavins, Timo Rath, Markus F. Neurath, David Berry, Athanasios Makristathis, Markus Muttenthaler, Christoph G
Publié dans: Gastroenterology, Numéro 161/4, 2021, Page(s) 1245-1256.e20, ISSN 0016-5085
Éditeur: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1053/j.gastro.2021.06.024

Transkingdom interactions between Lactobacilli and hepatic mitochondria attenuate western diet-induced diabetes

Auteurs: Richard R. Rodrigues, Manoj Gurung, Zhipeng Li, Manuel García-Jaramillo, Renee Greer, Christopher Gaulke, Franziska Bauchinger, Hyekyoung You, Jacob W. Pederson, Stephany Vasquez-Perez, Kimberly D. White, Briana Frink, Benjamin Philmus, Donald B. Jump, Giorgio Trinchieri, David Berry, Thomas J. Sharpton, Amiran Dzutsev, Andrey Morgun, Natalia Shulzhenko
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20313-x

Rational design of a microbial consortium of mucosal sugar utilizers reduces Clostridiodes difficile colonization

Auteurs: Fátima C. Pereira, Kenneth Wasmund, Iva Cobankovic, Nico Jehmlich, Craig W. Herbold, Kang Soo Lee, Barbara Sziranyi, Cornelia Vesely, Thomas Decker, Roman Stocker, Benedikt Warth, Martin von Bergen, Michael Wagner, David Berry
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18928-1

Impaired Mucosal Homeostasis in Short-Term Fiber Deprivation Is Due to Reduced Mucus Production Rather Than Overgrowth of Mucus-Degrading Bacteria

Auteurs: Overbeeke A, Lang M, Hausmann B, Watzka M, Nikolov G, Schwarz J, Kohl G, De Paepe K, Eislmayr K, Decker T, Richter A, Berry D
Publié dans: Nutrients, Numéro 20726643, 2022, Page(s) 3802, ISSN 2072-6643
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu14183802

Next-generation biomonitoring of the early-lifechemical exposome in neonatal and infantdevelopment

Auteurs: Jamnik T, Flasch M, Braun D, Fareed Y, Wasinger D, Seki D, Berry D, Berger A, Wisgrill L, Warth B
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30204-y

A look beyond dietary (poly)phenols: The low molecular weight phenolic metabolites and their concentrations in human circulation

Auteurs: Carregosa D, Pinto C, Ávila-Gálvez MÁ, Bastos P, Berry D, Santos CN
Publié dans: Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, Numéro 21 (5), 2022, Page(s) 3931-3962, ISSN 1541-4337
Éditeur: International Life Sciences Institute
DOI: 10.1111/1541-4337.13006

Microbial nitrogen limitation in the mammalian large intestine

Auteurs: Aspen T. Reese, Fátima C. Pereira, Arno Schintlmeister, David Berry, Michael Wagner, Laura P. Hale, Anchi Wu, Sharon Jiang, Heather K. Durand, Xiyou Zhou, Richard T. Premont, Anna Mae Diehl, Thomas M. O’Connell, Susan C. Alberts, Tyler R. Kartzinel, Robert M. Pringle, Robert R. Dunn, Justin P. Wright, Lawrence A. David
Publié dans: Nature Microbiology, 2018, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-018-0267-7

Vibrational Spectroscopy for Imaging Single Microbial Cells in Complex Biological Samples

Auteurs: Jesse P. Harrison, David Berry
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 8, 2017, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2017.00675

Long-distance electron transport in individual, living cable bacteria

Auteurs: Jesper T. Bjerg, Henricus T. S. Boschker, Steffen Larsen, David Berry, Markus Schmid, Diego Millo, Paula Tataru, Filip J. R. Meysman, Michael Wagner, Lars Peter Nielsen, Andreas Schramm
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 115/22, 2018, Page(s) 5786-5791, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1800367115

An automated Raman-based platform for the sorting of live cells by functional properties

Auteurs: Kang Soo Lee, Márton Palatinszky, Fátima C. Pereira, Jen Nguyen, Vicente I. Fernandez, Anna J. Mueller, Filippo Menolascina, Holger Daims, David Berry, Michael Wagner, Roman Stocker
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 4/6, 2019, Page(s) 1035-1048, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publishing Grouip
DOI: 10.1038/s41564-019-0394-9

Mucispirillum schaedleri Antagonizes Salmonella Virulence to Protect Mice against Colitis

Auteurs: Simone Herp, Sandrine Brugiroux, Debora Garzetti, Diana Ring, Lara M. Jochum, Markus Beutler, Claudia Eberl, Saib Hussain, Steffi Walter, Roman G. Gerlach, Hans J. Ruscheweyh, Daniel Huson, Mikael E. Sellin, Emma Slack, Buck Hanson, Alexander Loy, John F. Baines, Philipp Rausch, Marijana Basic, André Bleich, David Berry, Bärbel Stecher
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 25/5, 2019, Page(s) 681-694.e8, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2019.03.004

Berry-Enriched Diet in Salt-Sensitive Hypertensive Rats: Metabolic Fate of (Poly)Phenols and the Role of Gut Microbiota

Auteurs: Gomes, Oudot, Macià, Foito, Carregosa, Stewart, Van de Wiele, Berry, Motilva, Brenner, dos Santos
Publié dans: Nutrients, Numéro 11/11, 2019, Page(s) 2634, ISSN 2072-6643
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu11112634

A fiber-deprived diet disturbs the fine-scale spatial architecture of the murine colon microbiome

Auteurs: Alessandra Riva, Orest Kuzyk, Erica Forsberg, Gary Siuzdak, Carina Pfann, Craig Herbold, Holger Daims, Alexander Loy, Benedikt Warth, David Berry
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-12413-0

Stable-Isotope Probing of Human and Animal Microbiome Function

Auteurs: David Berry, Alexander Loy
Publié dans: Trends in Microbiology, Numéro 26/12, 2018, Page(s) 999-1007, ISSN 0966-842X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.06.004

Elucidating the role of the gut microbiota in the physiological effects of dietary fiber

Auteurs: Deehan EC, Zhang Z, Riva A, Armet AM, Perez-Muñoz ME, Nguyen NK, Krysa JA, Seethaler B, Zhao YY, Cole J, Li F, Hausmann B, Spittler A, Nazare JA, Delzenne NM, Curtis JM, Wismer WV, Proctor SD, Bakal JA, Bischoff SC, Knights D, Field CJ, Berry D, Prado CM, Walter J
Publié dans: Microbiome, Numéro 13;10(1), 2022, Page(s) 77, ISSN 2049-2618
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-022-01248-5

Gut microbiota and undigested food constituents modify toxin composition and suppress the genotoxicity of a naturally occurring mixture of Alternaria toxins in vitro

Auteurs: Francesco Crudo, Georg Aichinger, Jovana Mihajlovic, Luca Dellafiora, Elisabeth Varga, Hannes Puntscher, Benedikt Warth, Chiara Dall’Asta, David Berry, Doris Marko
Publié dans: Archives of Toxicology, Numéro 94/10, 2020, Page(s) 3541-3552, ISSN 0340-5761
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-020-02831-1

Early-life chemical exposome and gut microbiome development: African research perspectives within a global environmental health context

Auteurs: Ayeni KI, Berry D, Wisgrill L, Warth B, Ezekiel CN
Publié dans: Trends in Microbiology, Numéro 18784380, 2022, Page(s) 1084-1100, ISSN 1878-4380
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.tim.2022.05.008

Ecological Processes Shaping Microbiomes of Extremely Low Birthweight Infants

Auteurs: Zioutis C, Seki D, Bauchinger F, Herbold C, Berger A, Wisgrill L, Berry D
Publié dans: Front. Microbiol., Numéro 1664302X, 2022, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.812136

In vitro interactions of Alternaria mycotoxins, an emerging class of food contaminants, with the gut microbiota: a bidirectional relationship

Auteurs: Francesco Crudo, Georg Aichinger, Jovana Mihajlovic, Elisabeth Varga, Luca Dellafiora, Benedikt Warth, Chiara Dall’Asta, David Berry, Doris Marko
Publié dans: Archives of Toxicology, Numéro 95/7, 2021, Page(s) 2533-2549, ISSN 0340-5761
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00204-021-03043-x

Combined hormonal contraceptives are associated with minor changes in composition and diversity in gut microbiota of healthy women

Auteurs: Jovana Mihajlovic, Michael Leutner, Bela Hausmann, Gudrun Kohl, Jasmin Schwarz, Hannah Röver, Nina Stimakovits, Peter Wolf, Katharina Maruszczak, Magdalena Bastian, Alexandra Kautzky‐Willer, David Berry
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 23/6, 2021, Page(s) 3037-3047, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15517