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Reconstructing a dated tree of life using phylogenetic incongruence

Publications

Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins: Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties

Auteurs: Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro Volume 38, Numéro 9, Pages 3754–3774, 2021, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab146

Nucleotide Usage Biases Distort Inferences of the Species Tree

Auteurs: Rui Borges, Bastien Boussau, Gergely J Szöllősi, Carolin Kosiol
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro Volume 14, Numéro 1, evab290, 2022, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab290

The structure of the hematopoietic system can explain chronic myeloid leukemia progression.

Auteurs: Pérez-Jiménez M, Derényi I, Szöllősi G.J.
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 5411, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-32400-2

Distinguishing excess mutations and increased cell death based on variant allele frequencies

Auteurs: Gergely Tibély, Dominik Schrempf, Imre Derényi , Gergely J. Szöllősi
Publié dans: PLoS Computational Biology, Numéro 18(4): e1010048, 2022, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010048

ATP synthase evolution on a cross-braced dated tree of life

Auteurs: Tara A. Mahendrarajah, Edmund R. R. Moody, Dominik Schrempf, Lénárd L. Szánthó, Nina Dombrowski, Adrián A. Davín, Davide Pisani, Philip C. J. Donoghue, Gergely J. Szöllősi, Tom A. Williams, Anja Spang
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, Page(s) 7456, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42924-w

SpeciesRax: A Tool for Maximum Likelihood Species Tree Inference from Gene Family Trees under Duplication, Transfer, and Loss

Auteurs: Benoit Morel, Paul Schade, Sarah Lutteropp, Tom A Williams, Gergely J Szöllősi, Alexandros Stamatakis
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro Volume 39, Numéro 2, msab365,, 2022, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab365

Divergent evolutionary trajectories of bryophytes and tracheophytes from a complex common ancestor of land plants

Auteurs: Brogan J. Harris, James W. Clark, Dominik Schrempf, Gergely J. Szöllősi, Philip C. J. Donoghue, Alistair M. Hetherington , Tom A. Williams
Publié dans: Nature Ecology and Evolution, Numéro 6, 1634–1643, 2022, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-022-01885-x

Trade-off between reducing mutational accumulation and increasing commitment to differentiation determines tissue organization

Auteurs: Demeter M., Derényi I., Szöllősi G.J.
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 1666, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29004-1

Large-scale genome sequencing of mycorrhizal fungi provides insights into the early evolution of symbiotic traits

Auteurs: Miyauchi Shingo; Kiss Enikő; Kuo Alan; Drula Elodie; Kohler Annegret; SánchezGarcía Marisol; Morin Emmanuelle; Andreopoulos Bill; Barry Kerrie W.; Bonito Gregory; Buée Marc; Carver Akiko; Chen Cindy; Cichocki Nicolas; Clum Alicia; Culley David; Crous Pedro W.; Fauchery Laure; Girlanda Mariangela; Hayes Richard D.; Kéri Zsófia; LaButti Kurt; Lipzen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11, 5125, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18795-w

Divergent genomic trajectories predate the origin of animals and fungi

Auteurs: Ocaña-Pallarès Eduard; Williams Tom A.; López-Escardó David ; Arroyo Alicia S. ; Pathmanathan Jananan S. ; Bapteste Eric ; Tikhonenkov Denis V. ; Keeling Patrick J. ; Szöllősi Gergely J. ; Ruiz-Trillo Iñaki
Publié dans: Nature, Numéro 609, 747–753, 2022, ISSN 1476-4687
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05110-4

An estimate of the deepest branches of the tree of life from ancient vertically evolving genes

Auteurs: Edmund RR Moody, Tara A Mahendrarajah, Nina Dombrowski, James W Clark, Celine Petit, jean Pierre Offre, Gergely J Szöllősi, Anja Spang, Tom A Williams
Publié dans: eLife, Numéro 66695, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66695

Compositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction

Auteurs: Lénárd L Szánthó, Nicolas Lartillot, Gergely J Szöllősi, Dominik Schrempf
Publié dans: Systematic Biolog, Numéro Volume 72, Numéro 4, Pages 767–780,, 2023, ISSN 1076-836X
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syad013

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Auteurs: Tom A Williams, Adrián A Davín, Benoit Morel, Lénárd L Szánthó, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro Volume 15, Numéro 7, evad134, 2023, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evad134

Recoding amino acids to a reduced alphabet may increase or decrease phylogenetic accuracy

Auteurs: Peter G Foster; Dominik Schrempf; Gergely J Szöllősi; Tom A Williams; Cymon J Cox; T Martin Embley
Publié dans: Systematic Biology, Numéro Volume 72, Numéro 3, Pages 723–737, 2023, ISSN 1076-836X
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syac042

Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life

Auteurs: Tom A. Williams, Gergely J. Szöllősi, Anja Spang, Peter G. Foster, Sarah E. Heaps, Bastien Boussau, Thijs J. G. Ettema, T. Martin Embley
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 114/23, 2017, Page(s) E4602-E4611, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1618463114

RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

Auteurs: Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul S Bansal, Vincent Berry, Bastien Boussau, François Chevenet, Nicolas Comte, Adrián A Davín, Christophe Dessimoz, David Dylus, Damir Hasic, Diego Mallo, Rémi Planel, David Posada, Celine Scornavacca, Gergely Szöllősi, Louxin Zhang, Éric Tannier, Vincent Daubin
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/21, 2018, Page(s) 3646-3652, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty389

Genome size evolution in the Archaea

Auteurs: Siri Kellner, Anja Spang, Pierre Offre, Gergely J. Szöllősi, Celine Petitjean, Tom A. Williams
Publié dans: Emerging Topics in Life Sciences, Numéro 2/4, 2018, Page(s) 595-605, ISSN 2397-8554
Éditeur: Siri Kellner, Anja Spang, Pierre Offre, Gergely J. Szöllősi, Celine Petitjean, Tom A. Williams
DOI: 10.1042/etls20180021

Hierarchical tissue organization as a general mechanism to limit the accumulation of somatic mutations

Auteurs: Imre Derényi, Gergely J. Szöllősi
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8, 2017, Page(s) 14545, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms14545

Phylogenomics provides robust support for a two-domains tree of life

Auteurs: Tom A. Williams, Cymon J. Cox, Peter G. Foster, Gergely J. Szöllősi, T. Martin Embley
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 4/1, 2020, Page(s) 138-147, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-1040-x

Zombi: a phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead linages

Auteurs: Adrián A Davín, Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M de Vienne, Gergely J Szöllősi
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 36/4, 2019, Page(s) 1286-1288, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz710

Gene transfers can date the tree of life

Auteurs: Adrián A. Davín, Eric Tannier, Tom A. Williams, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Gergely J. Szöllősi
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 2/5, 2018, Page(s) 904-909, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-018-0525-3

Polymorphism-Aware Species Trees with Advanced Mutation Models, Bootstrap, and Rate Heterogeneity

Auteurs: Dominik Schrempf, Bui Quang Minh, Arndt von Haeseler, Carolin Kosiol
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 36/6, 2019, Page(s) 1294-1301, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz043

IQ-TREE 2: New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era

Auteurs: Bui Quang Minh, Heiko A Schmidt, Olga Chernomor, Dominik Schrempf, Michael D Woodhams, Arndt von Haeseler, Robert Lanfear
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro ACCEPTED MANUSCRIPT, 2020, Page(s) msaa015, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa015

Scalable empirical mixture models that account for across-site compositional heterogeneity

Auteurs: Dominik Schrempf, Nicolas Lartillot, Gergely Szöllősi
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro accepted pending revision, 2020, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press

A compartment size-dependent selective threshold limits mutation accumulation in hierarchical tissues

Auteurs: Dániel Grajzel, Imre Derényi, Gergely J. Szöllősi
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/3, 2020, Page(s) 1606-1611, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1913104117

Megaphylogeny resolves global patterns of mushroom evolution

Auteurs: Torda Varga, Krisztina Krizsán, Csenge Földi, Bálint Dima, Marisol Sánchez-García, Santiago Sánchez-Ramírez, Gergely J. Szöllősi, János G. Szarkándi, Viktor Papp, László Albert, William Andreopoulos, Claudio Angelini, Vladimír Antonín, Kerrie W. Barry, Neale L. Bougher, Peter Buchanan, Bart Buyck, Viktória Bense, Pam Catcheside, Mansi Chovatia, Jerry Cooper, Wolfgang Dämon, Dennis
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 3/4, 2019, Page(s) 668-678, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0834-1

GeneRax: A tool for species tree-aware maximum likelihood based gene tree inference under gene duplication, transfer, and loss

Auteurs: Benoit Morel, Alexey M. Kozlov, Alexandros Stamatakis, Gergely J. Szöllősi
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro to appear, 2020, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press

MaxTiC: Fast ranking of a phylogenetic tree by Maximum Time Consistency with lateral gene transfers

Auteurs: Cédric Chauve, Akbar Rafiey, Adrián A. Davín, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau, Gergely J. Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier
Publié dans: bioRxiv, Numéro 10.1101/127548, 2017, Page(s) peer-reviewed and recommended by Peer Community In Evolutionary Biology. 10.24072/pci.evolbiol.100037, ISSN 2551-668X
Éditeur: Peer Community In Evolutionary Biology
DOI: 10.1101/127548

Inferring the Deep Past from Molecular Data

Auteurs: Tom A Williams, Dominik Schrempf, Gergely J Szöllősi, Cymon J Cox, Peter G Foster, T Martin Embley
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro Volume 13, Numéro 5, evab067, 2021, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab067

Relative Time Constraints Improve Molecular Dating

Auteurs: Gergely J Szöllõsi, Sebastian Höhna, Tom A Williams, Dominik Schrempf, Vincent Daubin, Bastien Boussau
Publié dans: Systematic Biology, Numéro Volume 71, Numéro 4, Pages 797–809, 2022, ISSN 1076-836X
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syab084

A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution

Auteurs: GARETH A. COLEMAN; ADRIÁN A. DAVÍN; TARA A. MAHENDRARAJAH; LÉNÁRD L. SZÁNTHÓ; ANJA SPANG; PHILIP HUGENHOLTZ; GERGELY J. SZÖLLŐSI; TOM A. WILLIAMS;
Publié dans: Science, Numéro Vol 372, Numéro 6542, 2021, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abe0511

Fungal Phylogeny in the Age of Genomics: Insights Into Phylogenetic Inference From Genome-Scale Datasets

Auteurs: László G. Nagy, Gergely Szöllősi
Publié dans: Fungal Phylogenetics and Phylogenomics, Numéro 100, 2017, Page(s) 49-72, ISBN 9780-128132616
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.adgen.2017.09.008

The Sources of Phylogenetic Conflicts

Auteurs: Schrempf, Dominik; Szöllősi, Gergely
Publié dans: Phylogenetics in the Genomic Era, eds. Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas., Numéro pp.3.1:1--3.1:23, 2020
Éditeur: No commercial publisher | Authors open access book

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