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Reconstructing a dated tree of life using phylogenetic incongruence

Veröffentlichungen

Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins: Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties

Autoren: Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe Volume 38, Ausgabe 9, Pages 3754–3774, 2021, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab146

Nucleotide Usage Biases Distort Inferences of the Species Tree

Autoren: Rui Borges, Bastien Boussau, Gergely J Szöllősi, Carolin Kosiol
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe Volume 14, Ausgabe 1, evab290, 2022, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab290

The structure of the hematopoietic system can explain chronic myeloid leukemia progression.

Autoren: Pérez-Jiménez M, Derényi I, Szöllősi G.J.
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 13, 5411, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-32400-2

Distinguishing excess mutations and increased cell death based on variant allele frequencies

Autoren: Gergely Tibély, Dominik Schrempf, Imre Derényi , Gergely J. Szöllősi
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Ausgabe 18(4): e1010048, 2022, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010048

ATP synthase evolution on a cross-braced dated tree of life

Autoren: Tara A. Mahendrarajah, Edmund R. R. Moody, Dominik Schrempf, Lénárd L. Szánthó, Nina Dombrowski, Adrián A. Davín, Davide Pisani, Philip C. J. Donoghue, Gergely J. Szöllősi, Tom A. Williams, Anja Spang
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, Seite(n) 7456, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42924-w

SpeciesRax: A Tool for Maximum Likelihood Species Tree Inference from Gene Family Trees under Duplication, Transfer, and Loss

Autoren: Benoit Morel, Paul Schade, Sarah Lutteropp, Tom A Williams, Gergely J Szöllősi, Alexandros Stamatakis
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe Volume 39, Ausgabe 2, msab365,, 2022, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab365

Divergent evolutionary trajectories of bryophytes and tracheophytes from a complex common ancestor of land plants

Autoren: Brogan J. Harris, James W. Clark, Dominik Schrempf, Gergely J. Szöllősi, Philip C. J. Donoghue, Alistair M. Hetherington , Tom A. Williams
Veröffentlicht in: Nature Ecology and Evolution, Ausgabe 6, 1634–1643, 2022, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-022-01885-x

Trade-off between reducing mutational accumulation and increasing commitment to differentiation determines tissue organization

Autoren: Demeter M., Derényi I., Szöllősi G.J.
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 1666, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29004-1

Large-scale genome sequencing of mycorrhizal fungi provides insights into the early evolution of symbiotic traits

Autoren: Miyauchi Shingo; Kiss Enikő; Kuo Alan; Drula Elodie; Kohler Annegret; SánchezGarcía Marisol; Morin Emmanuelle; Andreopoulos Bill; Barry Kerrie W.; Bonito Gregory; Buée Marc; Carver Akiko; Chen Cindy; Cichocki Nicolas; Clum Alicia; Culley David; Crous Pedro W.; Fauchery Laure; Girlanda Mariangela; Hayes Richard D.; Kéri Zsófia; LaButti Kurt; Lipzen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11, 5125, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18795-w

Divergent genomic trajectories predate the origin of animals and fungi

Autoren: Ocaña-Pallarès Eduard; Williams Tom A.; López-Escardó David ; Arroyo Alicia S. ; Pathmanathan Jananan S. ; Bapteste Eric ; Tikhonenkov Denis V. ; Keeling Patrick J. ; Szöllősi Gergely J. ; Ruiz-Trillo Iñaki
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 609, 747–753, 2022, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05110-4

An estimate of the deepest branches of the tree of life from ancient vertically evolving genes

Autoren: Edmund RR Moody, Tara A Mahendrarajah, Nina Dombrowski, James W Clark, Celine Petit, jean Pierre Offre, Gergely J Szöllősi, Anja Spang, Tom A Williams
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 66695, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66695

Compositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction

Autoren: Lénárd L Szánthó, Nicolas Lartillot, Gergely J Szöllősi, Dominik Schrempf
Veröffentlicht in: Systematic Biolog, Ausgabe Volume 72, Ausgabe 4, Pages 767–780,, 2023, ISSN 1076-836X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syad013

Parameter Estimation and Species Tree Rooting Using ALE and GeneRax

Autoren: Tom A Williams, Adrián A Davín, Benoit Morel, Lénárd L Szánthó, Anja Spang, Alexandros Stamatakis, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe Volume 15, Ausgabe 7, evad134, 2023, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evad134

Recoding amino acids to a reduced alphabet may increase or decrease phylogenetic accuracy

Autoren: Peter G Foster; Dominik Schrempf; Gergely J Szöllősi; Tom A Williams; Cymon J Cox; T Martin Embley
Veröffentlicht in: Systematic Biology, Ausgabe Volume 72, Ausgabe 3, Pages 723–737, 2023, ISSN 1076-836X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syac042

Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life

Autoren: Tom A. Williams, Gergely J. Szöllősi, Anja Spang, Peter G. Foster, Sarah E. Heaps, Bastien Boussau, Thijs J. G. Ettema, T. Martin Embley
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 114/23, 2017, Seite(n) E4602-E4611, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1618463114

RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

Autoren: Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul S Bansal, Vincent Berry, Bastien Boussau, François Chevenet, Nicolas Comte, Adrián A Davín, Christophe Dessimoz, David Dylus, Damir Hasic, Diego Mallo, Rémi Planel, David Posada, Celine Scornavacca, Gergely Szöllősi, Louxin Zhang, Éric Tannier, Vincent Daubin
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 34/21, 2018, Seite(n) 3646-3652, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty389

Genome size evolution in the Archaea

Autoren: Siri Kellner, Anja Spang, Pierre Offre, Gergely J. Szöllősi, Celine Petitjean, Tom A. Williams
Veröffentlicht in: Emerging Topics in Life Sciences, Ausgabe 2/4, 2018, Seite(n) 595-605, ISSN 2397-8554
Herausgeber: Siri Kellner, Anja Spang, Pierre Offre, Gergely J. Szöllősi, Celine Petitjean, Tom A. Williams
DOI: 10.1042/etls20180021

Hierarchical tissue organization as a general mechanism to limit the accumulation of somatic mutations

Autoren: Imre Derényi, Gergely J. Szöllősi
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 14545, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms14545

Phylogenomics provides robust support for a two-domains tree of life

Autoren: Tom A. Williams, Cymon J. Cox, Peter G. Foster, Gergely J. Szöllősi, T. Martin Embley
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 4/1, 2020, Seite(n) 138-147, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-1040-x

Zombi: a phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead linages

Autoren: Adrián A Davín, Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M de Vienne, Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 36/4, 2019, Seite(n) 1286-1288, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz710

Gene transfers can date the tree of life

Autoren: Adrián A. Davín, Eric Tannier, Tom A. Williams, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Gergely J. Szöllősi
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 2/5, 2018, Seite(n) 904-909, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-018-0525-3

Polymorphism-Aware Species Trees with Advanced Mutation Models, Bootstrap, and Rate Heterogeneity

Autoren: Dominik Schrempf, Bui Quang Minh, Arndt von Haeseler, Carolin Kosiol
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 36/6, 2019, Seite(n) 1294-1301, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz043

IQ-TREE 2: New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era

Autoren: Bui Quang Minh, Heiko A Schmidt, Olga Chernomor, Dominik Schrempf, Michael D Woodhams, Arndt von Haeseler, Robert Lanfear
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe ACCEPTED MANUSCRIPT, 2020, Seite(n) msaa015, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa015

Scalable empirical mixture models that account for across-site compositional heterogeneity

Autoren: Dominik Schrempf, Nicolas Lartillot, Gergely Szöllősi
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe accepted pending revision, 2020, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press

A compartment size-dependent selective threshold limits mutation accumulation in hierarchical tissues

Autoren: Dániel Grajzel, Imre Derényi, Gergely J. Szöllősi
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/3, 2020, Seite(n) 1606-1611, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1913104117

Megaphylogeny resolves global patterns of mushroom evolution

Autoren: Torda Varga, Krisztina Krizsán, Csenge Földi, Bálint Dima, Marisol Sánchez-García, Santiago Sánchez-Ramírez, Gergely J. Szöllősi, János G. Szarkándi, Viktor Papp, László Albert, William Andreopoulos, Claudio Angelini, Vladimír Antonín, Kerrie W. Barry, Neale L. Bougher, Peter Buchanan, Bart Buyck, Viktória Bense, Pam Catcheside, Mansi Chovatia, Jerry Cooper, Wolfgang Dämon, Dennis
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 3/4, 2019, Seite(n) 668-678, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0834-1

GeneRax: A tool for species tree-aware maximum likelihood based gene tree inference under gene duplication, transfer, and loss

Autoren: Benoit Morel, Alexey M. Kozlov, Alexandros Stamatakis, Gergely J. Szöllősi
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe to appear, 2020, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press

MaxTiC: Fast ranking of a phylogenetic tree by Maximum Time Consistency with lateral gene transfers

Autoren: Cédric Chauve, Akbar Rafiey, Adrián A. Davín, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau, Gergely J. Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe 10.1101/127548, 2017, Seite(n) peer-reviewed and recommended by Peer Community In Evolutionary Biology. 10.24072/pci.evolbiol.100037, ISSN 2551-668X
Herausgeber: Peer Community In Evolutionary Biology
DOI: 10.1101/127548

Inferring the Deep Past from Molecular Data

Autoren: Tom A Williams, Dominik Schrempf, Gergely J Szöllősi, Cymon J Cox, Peter G Foster, T Martin Embley
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe Volume 13, Ausgabe 5, evab067, 2021, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab067

Relative Time Constraints Improve Molecular Dating

Autoren: Gergely J Szöllõsi, Sebastian Höhna, Tom A Williams, Dominik Schrempf, Vincent Daubin, Bastien Boussau
Veröffentlicht in: Systematic Biology, Ausgabe Volume 71, Ausgabe 4, Pages 797–809, 2022, ISSN 1076-836X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/sysbio/syab084

A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution

Autoren: GARETH A. COLEMAN; ADRIÁN A. DAVÍN; TARA A. MAHENDRARAJAH; LÉNÁRD L. SZÁNTHÓ; ANJA SPANG; PHILIP HUGENHOLTZ; GERGELY J. SZÖLLŐSI; TOM A. WILLIAMS;
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe Vol 372, Ausgabe 6542, 2021, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abe0511

Fungal Phylogeny in the Age of Genomics: Insights Into Phylogenetic Inference From Genome-Scale Datasets

Autoren: László G. Nagy, Gergely Szöllősi
Veröffentlicht in: Fungal Phylogenetics and Phylogenomics, Ausgabe 100, 2017, Seite(n) 49-72, ISBN 9780-128132616
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.adgen.2017.09.008

The Sources of Phylogenetic Conflicts

Autoren: Schrempf, Dominik; Szöllősi, Gergely
Veröffentlicht in: Phylogenetics in the Genomic Era, eds. Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas., Ausgabe pp.3.1:1--3.1:23, 2020
Herausgeber: No commercial publisher | Authors open access book

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