Genomics and Mechanisms in Translational Medicine Doctoral Programme

FTLD Patient–Derived Fibroblasts Show Defective Mitochondrial Function and Accumulation of p62

Auteurs: Stina Leskelä; Dorit Hoffmann; Hannah Rostalski; Nadine Huber; Rebekka Wittrahm; Päivi Hartikainen; Ville E. Korhonen; Ville Leinonen; Mikko Hiltunen; Eino Solje; Anne M. Remes; Anne M. Remes; Annakaisa Haapasalo
Publié dans: Molecular Neurobiology, Numéro 58, 2021, Page(s) 5438-5458, ISSN 0893-7648
Éditeur: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/s12035-021-02475-x

The Alzheimer’s disease-associated protective Plcγ2-P522R variant promotes immune functions

Auteurs: Mari Takalo, Rebekka Wittrahm, Benedikt Wefers, Samira Parhizkar, Kimmo Jokivarsi, Teemu Kuulasmaa, Petra Mäkinen, Henna Martiskainen, Wolfgang Wurst, Xianyuan Xiang, Mikael Marttinen, Pekka Poutiainen, Annakaisa Haapasalo, Mikko Hiltunen, and Christian Haass
Publié dans: Molecular Neurodegeneration, Numéro 15, 2020, Page(s) 52, ISSN 1750-1326
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13024-020-00402-7

GFAP as a biomarker in frontotemporal dementia and primary psychiatric disorders: diagnostic and prognostic performance

Auteurs: Katisko K, Cajanus A, Huber N, Jääskeläinen O, Kokkola T, Kärkkäinen V, Rostalski H, Hartikainen P, Koivisto AM, Hannonen S, Lehtola JM, Korhonen VE, Helisalmi S, Koivumaa-Honkanen H, Herukka SK, Remes AM, Solje E, Haapasalo A
Publié dans: Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, Numéro vol. 92, no. 12, 2021, Page(s) 1-8, ISSN 0022-3050
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/jnnp-2021-326487

C9orf72 proteins regulate autophagy and undergo autophagosomal or proteasomal degradation in a cell type-dependent manner

Auteurs: Leskelä; Huber; Rostalski; Natunen; Remes; Takalo; Hiltunen; Haapasalo
Publié dans: Cells, Numéro 84, 2019, Page(s) E1233, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells8101233

PI3Kβ inhibition enhances ALK-inhibitor sensitivity in ALK-rearranged lung cancer

Auteurs: Sarang S. Talwelkar, Mikko I. Mäyränpää, Julia Schüler, Nora Linnavirta, Annabrita Hemmes, Simone Adinolfi, Matti Kankainen, Wolfgang Sommergruber, Anna-Liisa Levonen, Jari Räsänen, Aija Knuuttila, Emmy W. Verschuren, Krister Wennerberg
Publié dans: Molecular Oncology, 2022, ISSN 1574-7891
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1878-0261.13342

Indolepropionic Acid, a Gut Bacteria-Produced Tryptophan Metabolite and the Risk of Type 2 Diabetes and Non-Alcoholic Fatty Liver Disease

Auteurs: Sehgal, R., de Mello, V. D., Männistö, V., Lindström, J., Tuomilehto, J., Pihlajamäki, J., Uusitupa, M
Publié dans: Nutrients, Numéro 14(21), 2022, Page(s) 1-18, ISSN 2072-6643
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu14214695

A consensus protocol for functional connectivity analysis in the rat brain

Auteurs: Joanes Grandjean, Gabriel Desrosiers-Gregoire, Cynthia Anckaerts, Diego Angeles-Valdez, Fadi Ayad, David A. Barrière, Ines Blockx, Aleksandra Bortel, Margaret Broadwater, Beatriz M. Cardoso, Marina Célestine, Jorge E. Chavez-Negrete, Sangcheon Choi, Emma Christiaen, Perrin Clavijo, Luis Colon-Perez, Samuel Cramer, Tolomeo Daniele, Elaine Dempsey, Yujian Diao, Arno Doelemeyer, David Dopfel, Lenka
Publié dans: Nature Neuroscience, 2023, ISSN 1097-6256
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-023-01286-8

Convolutional Neural Networks Enable Robust Automatic Segmentation of the Rat Hippocampus in MRI After Traumatic Brain Injury

Auteurs: "De Feo, Riccardo; Hä mä lä inen, Elina; Manninen, Eppu; Immonen, Riikka; Valverde, Juan Miguel; Ndode-Ekane, Xavier Ekolle; Grö hn, Olli; Pitkä nen, Asla; Tohka, Jussi"
Publié dans: Frontiers in Neurology, Numéro 13, 2022, Page(s) 820267, ISSN 1664-2295
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fneur.2022.820267

Region-wise loss for biomedical image segmentation

Auteurs: J.M. Valverde, J. Tohka
Publié dans: Pattern Recognition, Numéro 136, 2023, Page(s) 109208, ISSN 0031-3203
Éditeur: Pergamon Press
DOI: 10.1016/j.patcog.2022.109208

Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis

Auteurs: Isidore Mushimiyimana, Henri Niskanen, Mustafa Beter, Johanna P Laakkonen, Minna U Kaikkonen, Seppo Ylä-Herttuala, Nihay Laham-Karam
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro vol. 49, no. 14, 2021, Page(s) 8078-8096, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab633

Serum aromatic and branched-chain amino acids associated with NASH demonstrate divergent associations with serum lipids

Auteurs: de Mello VD, Sehgal R, Männistö V, Klåvus A, Nilsson E, Perfilyev A, Kaminska D, Miao Z, Pajukanta P, Ling C, Hanhineva K, Pihlajamäki J.
Publié dans: Liver International, Numéro 41, 2021, Page(s) 754-763, ISSN 1478-3231
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/liv.14743

Deficient neurotransmitter systems and synaptic function in frontotemporal lobar degeneration—Insights into disease mechanisms and current therapeutic approaches

Auteurs: Nadine Huber, Sonja Korhonen, Dorit Hoffmann, Stina Leskelä, Hannah Rostalski, Anne M. Remes, Paavo Honkakoski, Eino Solje, Annakaisa Haapasalo
Publié dans: Molecular Psychiatry, Numéro 27, 2022, Page(s) 1300-1309, ISSN 1359-4184
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41380-021-01384-8

Automated joint skull-stripping and segmentation with Multi-Task U-Net in large mouse brain MRI databases

Auteurs: Riccardo De Feo, Artem Shatillo, Alejandra Sierra, Juan Miguel Valverde, Olli Gröhn, Federico Giove, Jussi Tohka
Publié dans: NeuroImage, Numéro 229, 2021, Page(s) 117734, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2021.117734

MECP2 Increases the Pro-Inflammatory Response of Microglial Cells and Phosphorylation at Serine 423 Regulates Neuronal Gene Expression upon Neuroinflammation.

Auteurs: Rebekka Wittrahm; Mari Takalo; Mikael Marttinen; Teemu Kuulasmaa; Petra Mäkinen; Susanna Kemppainen; Henna Martiskainen; Tuomas Rauramaa; Ian Pike; Ville Leinonen; Teemu Natunen; Annakaisa Haapasalo; Mikko Hiltunen
Publié dans: Cells, Numéro 10, 2021, Page(s) 860, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells10040860

Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells

Auteurs: Liu, O. H. F., Kiema, M., Beter, M., Ylä-Herttuala, S., Laakkonen, J. P., & Kaikkonen, M. U.
Publié dans: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, Numéro 40, 2020, Page(s) 2665-2667, ISSN 1079-5642
Éditeur: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/atvbaha.120.315214

Transfer Learning in Magnetic Resonance Brain Imaging: A Systematic Review.

Auteurs: Juan Miguel Valverde; Vandad Imani; Ali Abdollahzadeh; Riccardo De Feo; Mithilesh Prakash; Robert Ciszek; Jussi Tohka
Publié dans: Journal of Imaging, Numéro 7, 2021, Page(s) 66, ISSN 2313-433X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/jimaging7040066

Indole-3-Propionic Acid, a Gut-Derived Tryptophan Metabolite, Associates with Hepatic Fibrosis

Auteurs: Sehgal, Ratika, Mariana Ilha, Maija Vaittinen, Dorota Kaminska, Ville Männistö, Vesa Kärjä, Marjo Tuomainen, Kati Hanhineva, Stefano Romeo, Päivi Pajukanta, Jussi Pihlajamäki, and Vanessa D. de Mello
Publié dans: Nutrients, Numéro 13, 2021, Page(s) 3509, ISSN 2072-6643
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu13103509

Light sedation with short habituation time for large-scale functional magnetic resonance imaging studies in rats

Auteurs: Lenka Dvořáková, Petteri Stenroos, Ekaterina Paasonen, Raimo A. Salo, Jaakko Paasonen, Olli Gröhn
Publié dans: NMR in Biomedicine, Numéro vol. 35, no. 6, 2021, Page(s) 1-13, ISSN 0952-3480
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.4679

Astrocytes and Microglia as Potential Contributors to the Pathogenesis of C9orf72 Repeat Expansion-Associated FTLD and ALS

Auteurs: Hannah Rostalski, Stina Leskelä, Nadine Huber, Kasper Katisko, Antti Cajanus, Eino Solje, Mikael Marttinen, Teemu Natunen, Anne M. Remes, Mikko Hiltunen, Annakaisa Haapasalo
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 13, 2019, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fnins.2019.00486

RatLesNetv2: A Fully Convolutional Network for Rodent Brain Lesion Segmentation

Auteurs: "Juan Miguel Valverde,; Artem, Shatillo; De Feo, Riccardo; Olli, Grö hn; Alejandra, Sierra; Jussi, Tohka"
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 14, 2020, Page(s) 610239, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fnins.2020.610239

C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to altered neuronal and dendritic spine morphology and synaptic dysfunction

Auteurs: Huber N, Hoffmann D, Giniatullina R, Rostalski H, Leskelä S, Takalo M, Natunen T, Solje E, Remes AM, Giniatullin R, Hiltunen M, Haapasalo A
Publié dans: Neurobiology of Disease, Numéro 162, 2022, Page(s) 105584, ISSN 0969-9961
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.nbd.2021.105584

Liver saturated fat content associates with hepatic DNA methylation in obese individuals

Auteurs: Ratika Sehgal, Alexander Perfilyev, Ville Männistö, Jyrki Ågren, Emma Nilsson, Pirjo Käkelä, Charlotte Ling, Vanessa D. de Mello, Jussi Pihlajamäki
Publié dans: Clinical Epigenetics, Numéro 15, 2023, Page(s) 21, ISSN 1868-7083
Éditeur: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13148-023-01431-x

BV-2 Microglial Cells Overexpressing C9orf72 Hexanucleotide Repeat Expansion Produce DPR Proteins and Show Normal Functionality but No RNA Foci

Auteurs: Hannah Rostalski, Tomi Hietanen, Stina Leskelä, Andrea Behánová, Ali Abdollahzadeh, Rebekka Wittrahm, Petra Mäkinen, Nadine Huber, Dorit Hoffmann, Eino Solje, Anne M. Remes, Teemu Natunen, Mari Takalo, Jussi Tohka, Mikko Hiltunen and Annakaisa Haapasalo
Publié dans: Frontiers in Neurology, Numéro 11, 2020, Page(s) 1-21, ISSN 1664-2295
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fneur.2020.550140

BMP6/TAZ-Hippo signaling modulates angiogenesis and endothelialcell response to VEGF

Auteurs: Pulkkinen, H. H., Kiema, M., Lappalainen, J. P., Toropainen, A., Beter, M., Tirronen, A., ... & Laakkonen, J. P
Publié dans: Angiogenesis, Numéro 24, 2021, Page(s) 139-144, ISSN 0969-6970
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10456-020-09748-4

A Novel Genetic Marker for the C9orf72 Repeat Expansion in the Finnish Population

Auteurs: Rostalski H, Korhonen V, Kuulasmaa T, Solje E, Krüger J, Gen F, Kaivola K, Eide PK, Lambert JC, Julkunen V, Tienari PJ, Remes AM, Leinonen V, Hiltunen M, Haapasalo A
Publié dans: Journal of Alzheimer's Disease, Numéro vol. 83, no. 3, 2021, Page(s) 1325-1332, ISSN 1387-2877
Éditeur: IOS Press
DOI: 10.3233/jad-210599

Expression of C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to formation of RNA foci and dipeptide repeat proteins but does not influence autophagy or proteasomal function in neuronal cells

Auteurs: Leskelä S, Huber N, Hoffmann D, Rostalski H, Remes AM, Takalo M, Hiltunen M, Haapasalo A
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Numéro vol. 1868, no. 7, 2021, Page(s) 119021, ISSN 0167-4889
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2021.119021

Automatic Cerebral Hemisphere Segmentation in Rat MRI with Ischemic Lesions via Attention-based Convolutional Neural Networks

Auteurs: Juan Miguel Valverde, Artem Shatillo, Riccardo De Feo, and Jussi Tohka
Publié dans: Neuroinformatics, 2022, ISSN 1539-2791
Éditeur: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/s12021-022-09607-1

Metabolite Signature in the Carriers of Pathogenic Genetic Variants for Cardiomyopathy: A Population-Based METSIM Study

Auteurs: Ravi R, Fernandes Silva L, Vangipurapu J, Maria M, Raivo J, Helisalmi S, Laakso M
Publié dans: Metabolites, Numéro 12(5), 2022, Page(s) 437, ISSN 2218-1989
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/metabo12050437

C9orf72 hexanucleotide repeat expansion in frontotemporal dementia special focus on genetics and microglia

Auteurs: Rostalski, Hannah
Publié dans: Dissertations in Health Sciences, Numéro 688, 2022, ISBN 978-952-61-4570-9
Éditeur: PunaMusta Oy

Metabolomics and genomics approach in cardiovascular diseases

Auteurs: Rowmika Ravi
Publié dans: Dissertations in Health Sciences, Numéro 742, 2023, ISBN 978-952-61-4821-2
Éditeur: PunaMusta Oy

MRI Segmentation With Deep Learning: Application in Rodent Brain Images with Lesions

Auteurs: Valverde, Juan Miguel
Publié dans: Dissertations in Health Sciences, Numéro 700, 2022, ISBN 978-952-61-4623-2
Éditeur: PunaMusta Oy

Nutrient-related metabolites in non-alcoholic fatty liver disease: Association with molecular & clinical characteristics

Auteurs: Sehgal, Ratika
Publié dans: Dissertations in Health Sciences, Numéro 703, 2022, ISBN 978-952-61-4639-3
Éditeur: PunaMusta Oy

Predicting intelligence based on cortical WM/GM contrast, cortical thickness and volumetry

Auteurs: Valverde, Juan Miguel; Imani, Vandad; Lewis, John D.; Tohka, Jussi
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Numéro 11791, 2019, Page(s) 57-65, ISBN 978-3-030-31901-4
Éditeur: Springer, Cham
DOI: 10.1007/978-3-030-31901-4_7

Automatic Rodent Brain MRI Lesion Segmentation with Fully Convolutional Networks

Auteurs: Valverde, Juan Miguel; Shatillo, Artem; de Feo, Riccardo; Gröhn, Olli; Sierra, Alejandra; Tohka, Jussi
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Numéro 11861, 2019, Page(s) 195-202, ISBN 978-3-030-32692-0
Éditeur: Springer, Cham
DOI: 10.48550/arxiv.1908.08746

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