Objectif
RNA-binding proteins (RBPs) are among the key players in post-transcriptional gene regulation. A detailed knowledge of the RBPs bound to a specific RNA target is critical to the unravelling of the regulatory steps of RNA expression under normal and disease conditions. However, the study of these interactions is complex and requires methodologies that go beyond the scope of individual RBPs. So far, the techniques have been confined to post-lysis protein or RNA enrichment, which limits the identification of non-abundant targets and often relies on the insertion of tags.
To solve these issues, thermal proteome profiling (TPP)—relying on the stabilisation of the endogenous protein through the binding of its ligand—will be applied in this project. Here, using mass spectrometry, TPP will be applied to investigate complex RBP-RNA interactions on a proteome-wide level in an unbiased manner ('meltRBP').
First, the methodology will be benchmarked with the help of a well-characterised interaction: the iron regulatory proteins and their RNA target, the iron response element (IRE). Secondly, TPP will be applied to a biologically relevant system, namely the mRNA of the Amyloid Beta Precursor Protein (APP). The proteolysis of mutant APP proteins, which are generated from alternatively spliced mRNAs, generates highly aggregation-prone β-amyloid peptides, a hallmark of Alzheimer’s disease (AD). The application of TPP to identify RBPs bound to the wild-type versus mutant APP mRNA will reveal new potential targets for AD treatment. Finally, TPP will be used to determine the specificity of the hybridisation of antisense oligonucleotides (ASOs), currently of great interest to the field of neurodegenerative disease treatment and whose global cellular effects have thus far not been investigated in a high-throughput manner.
In summary, this proposal encompasses the benchmarking and application of an innovative proteomic technique, that has the potential to function as a screen for ASOs.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique nucléotide
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences chimiques chimie analytique spectrométrie de masse
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2016
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.