Objectif
Temperature is crucial to plants’ growth and development. The cold and heat stresses may drastically inhibit plant growth and cause yield losses in crops. Understanding the temperature responding mechanism is crucial to adapt the crops to withstand extreme temperature changes caused by global warming. Among other temperature regulation mechanism, RNA thermometers (RNATs) can instantaneously respond to temperature shift and directly control translational efficiency therefore protein abundance. To date, no RNAT has been identified in plant mainly due to the fact that instead of sequence level conservation, RNATs only have structure level conservation; also because in-vivo RNA structure probing used to be technically challenging. The host lab has developed a powerful platform for in vivo RNA secondary structure probing at both targeted individual RNA and genome-wide scale. This proposed study aims to globally identify RNA thermometers in plants for the first time, and to quantitatively elucidate the role of RNA structure in the post-transcriptional regulation of gene expression in response to temperature. I will measure the alteration of in vivo RNA structural features in Arabidopsis thaliana under different temperature regime. Additionally, Ribosome profiling data and RNA-Seq data will be combined to study the translation efficiency under the corresponding temperature. Together with the identified significantly changed RNA structure elements, we will be able to determine the putative RNAT. Finally, I will validate the predicted RNATs through studying nature variations. I will perform in-vivo RNA structure probing and determine whether the identified single nucleotide variations (SNV) will have significant effects on temperature-regulatory elements. Besides the potential for crop improvement, our approach to globally measure RNA secondary structure and the corresponding translation efficiency will be easily applied to other organisms and various environmental stimuli.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule acide nucléique
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles informatique et science de l'information science des données exploration de données
- sciences naturelles sciences biologiques génétique nucléotide
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2016
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
NR4 7UH NORWICH
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.