Objectif
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are abundant in mammalian transcriptomes. However, it remains unclear how many of them are functional, and how their functions are performed. LncRNAs seem to be poorly conserved at the sequence level, but some of them share conserved structural elements and are present at syntenic genomic positions in different species. A recent study revealed that secondary structure constrains sequence variation in lncRNAs, so that polymorphisms are depleted in low accessibility regions and tend to be neutral with respect to structural stability. This is in contrast with previous analyses that dismissed relationships between structure and sequence evolution in lncRNAs. A crucial difference in the former study is that the considered structural feature, accessibility, is computed from an ensemble of thermodynamically stable structures. Moreover, high-throughput structure probing shows that many lncRNA sites exhibit positive signals for both single- and double-strand specific enzymes, suggesting several structures may coexist.
Based on this, I argue that the difficulty of identifying links between sequence and structure in lncRNAs results in part from limitations imposed by assuming a single, stable structure. I thus propose to consider ensembles of co-existing structures in lncRNAs, and develop a new computational framework that enables this. Using this new paradigm, I will study lncRNAs from animals and fungi by coupling experimental data from RNA structure probing to novel computational approaches that overcome current limitations.
Overall, this novel multidisciplinary approach will profoundly impact our understanding of the evolution of lncRNAs. Furthermore, my project should help to fill the gap between structure and function of lncRNAs in different species. Moreover, as many lncRNAs are involved in a variety of human diseases, these results may provide insights towards novel clinical applications.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie mycologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
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MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2017
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
08034 BARCELONA
Espagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.