Microbiota-host interactions for integrative metabolic health reprogramming

Informations projet

Healthybiota

N° de convention de subvention: 815962

DOI

10.3030/815962

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Mai 2019

Date de début 1 Juin 2019

Date de fin 31 Mai 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 999,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 999,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE GENEVE
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (11)

Metataxonomic and Metabolic Impact of Fecal Microbiota Transplantation From Patients With Pancreatic Cancer Into Germ-Free Mice: A Pilot Study

Auteurs: Laurence Genton, Vladimir Lazarevic, Ozren Stojanovic, Martina Spiljar, Souad Djaafar, Thibaud Koessler, Valérie Dutoit, Nadia Gaïa, Julie Mareschal, Andrew James Macpherson, Francois Herrmann, Mirko Trajkovski, Jacques Schrenzel
Publié dans: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Numéro 11, 2021, ISSN 2235-2988
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fcimb.2021.752889

AMPK Profiling in Rodent and Human Pancreatic Beta-Cells under Nutrient-Rich Metabolic Stress

Auteurs: Thierry Brun, Cecilia Jiménez-Sánchez, Jesper Grud Skat Madsen, Noushin Hadadi, Dominique Duhamel, Clarissa Bartley, Lucie Oberhauser, Mirko Trajkovski, Susanne Mandrup, Pierre Maechler
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 21/11, 2020, Page(s) 3982, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21113982

ATLAS: a Snakemake workflow for assembly, annotation, and genomic binning of metagenome sequence data

Auteurs: Silas Kieser, Joseph Brown, Evgeny M. Zdobnov, Mirko Trajkovski, Lee Ann McCue
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03585-4

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Auteurs: Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline J Brito, C Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç , Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip T L C Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron E Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Euge
Publié dans: Nature Methods, Numéro 19(4), 2022, Page(s) 429–440, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01431-4

Warmth Prevents Bone Loss Through the Gut Microbiota

Auteurs: Claire Chevalier, Silas Kieser, Melis Çolakoğlu, Noushin Hadadi, Julia Brun, Dorothée Rigo, Nicolas Suárez-Zamorano, Martina Spiljar, Salvatore Fabbiano, Björn Busse, Julijana Ivanišević, Andrew Macpherson, Nicolas Bonnet, Mirko Trajkovski
Publié dans: Cell Metabolism, Numéro 32/4, 2020, Page(s) 575-590.e7, ISSN 1550-4131
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2020.08.012

Primary mouse osteoblast and osteoclast culturing and analysis

Auteurs: Claire Chevalier, Melis Çolakoğlu, Julia Brun, Cyril Thouverey, Nicolas Bonnet, Serge Ferrari, Mirko Trajkovski
Publié dans: STAR Protocols, Numéro 2/2, 2021, Page(s) 100452, ISSN 2666-1667
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100452

Cold exposure protects from neuroinflammation through immunologic reprogramming

Auteurs: Martina Spiljar, Karin Steinbach, Dorothée Rigo, Nicolas Suárez-Zamorano, Ingrid Wagner, Noushin Hadadi, Ilena Vincenti, Nicolas Page, Bogna Klimek, Mary-Aude Rochat, Mario Kreutzfeldt, Claire Chevalier, Ozren Stojanović, Olivia Bejuy, Didier Colin, Matthias Mack, Dilay Cansever, Melanie Greter, Doron Merkler, Mirko Trajkovski
Publié dans: Cell Metabolism, Numéro 33/11, 2021, Page(s) 2231-2246.e8, ISSN 1550-4131
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2021.10.002

Comparative multi-tissue profiling reveals extensive tissue-specificity in transcriptome reprogramming during thermal adaptation

Auteurs: Noushin Hadadi, Martina Spiljar, Karin Steinbach, Melis Çolakoğlu, Claire Chevalier, Gabriela Salinas, Doron Merkler, Mirko Trajkovski
Publié dans: eLife, Numéro 17;11, 2022, Page(s) e78556, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.78556

Intestinal microbiota as a route for micronutrient bioavailability

Auteurs: Noushin Hadadi, Vincent Berweiler, Haiping Wang, Mirko Trajkovski
Publié dans: Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, Numéro 20, 2021, Page(s) 100285, ISSN 2451-9650
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coemr.2021.100285

Dietary excess regulates absorption and surface of gut epithelium through intestinal PPARα

Auteurs: Ozren Stojanović, Jordi Altirriba, Dorothée Rigo, Martina Spiljar, Emilien Evrard, Benedek Roska, Salvatore Fabbiano, Nicola Zamboni, Pierre Maechler, Françoise Rohner-Jeanrenaud, Mirko Trajkovski
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12(1):7031, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27133-7

Comprehensive mouse microbiota genome catalog reveals major difference to its human counterpart

Auteurs: Silas Kieser; Evgeny M. Zdobnov; Mirko Trajkovski
Publié dans: PLoS computational biology, Vol. 18, No 3 (2022) P. e1009947, Numéro 2, 2022, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009947

Non-peer reviewed articles (1)

Bacteriophage Prevents Alcoholic Liver Disease

Auteurs: Melis Çolakoğlu, Jing Xue, Mirko Trajkovski
Publié dans: Cell, Numéro 180/2, 2020, Page(s) 218-220, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.12.034

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

METHODS AND PROBIOTIC COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF BONE DISORDERS

Numéro de demande/publication: 19 864106
Date: 2019-09-27
Demandeur(s): UNIVERSITE DE GENEVE