Description du projet
Comment cultiver des communautés microbiennes pour développer des probiotiques fonctionnels
Les microbiotes sont importants pour la croissance des plantes. Vivant à la surface des organismes supérieurs, ces minuscules organismes ont une incidence cruciale sur la santé de leur hôte, dans la mesure où ils contribuent à des fonctions vitales, mais servent aussi de réservoirs pour les éventuels agents pathogènes. Le projet DeCoCt, financé par l’UE, déchiffrera ce processus complexe, d’une importance capitale pour soigner les microbiotes néfastes. Tirant parti d’une expérience antérieure portant sur l’étude de communautés microbiennes par le biais d’expériences en laboratoire et l’analyse des facteurs qui façonnent le microbiote de l’espèce végétale Arabidopsis thaliana dans des conditions naturelles, le projet identifiera les facteurs clés de stabilité et les moteurs de la dynamique communautaire dans le but de reconstituer des communautés synthétiques. Les résultats mettront en lumière la façon de cultiver des communautés microbiennes qui se développent en probiotiques fonctionnels, un défi majeur.
Objectif
"Complex microbial communities (""microbiota"") that populate surfaces of higher organisms critically impact health of their hosts: They contribute to vital functions such as host fitness, nutrient acquisition, stress tolerance and pathogen resistance but are, at the same time, reservoirs for facultative pathogens or can promote pathogenesis. How and why communities shift from a beneficial to a detrimental state is largely unknown and we are far from utilizing identified mechanisms.
In order to cure detrimental microbiota, that were damaged or reverted through stress factors including previous diseases, decoding the complex processes governing microbiota dynamics is a key challenge. To develop durable probiotics, communal stability or the ability of a community to return to a steady state following perturbation is a key factor.
Our lab has broad expertise in studying microbial communities through lab experiments and analyzing factors that shape the microbiota of Arabidopsis thaliana plants under natural conditions and common garden experiments. We have discovered a hierarchical order in microbial community networks with hub microbes as key elements. A recent breakthrough was the discovery of microbial taxa that persist throughout the life of A. thaliana plants and their importance in network stability.
In this project we will use our expertise to identify key stability factors and drivers of communal dynamics to reconstitute synthetic communities. How to seed microbial communities that develop into functional probiotics is a key challenge. We will use knowledge based assembly of complex communities to seeds protective microbiota. We will challenge those through pathogens and abiotic factors to refine and test the predictive power of our analyses. Therefore, DeCoCt represents a highly innovative approach that holds the potential to gain novel insights beyond the current scope of microbiota and probiotics research."
Champ scientifique
Programme(s)
Régime de financement
ERC-COG - Consolidator GrantInstitution d’accueil
72074 Tuebingen
Allemagne