Description du projet
Réduire la taille de stockage des mégadonnées génomiques et en améliorer l’analyse et l’interopérabilité
L’ère des mégadonnées nous permet de tirer parti de la puissance des grands nombres pour obtenir des images plus détaillées de phénomènes relevant de domaines allant du marché des prêts immobiliers à l’épidémiologie en passant par le changement climatique. Cela dit, assurer le stockage et l’analyse de toutes ces données tout en permettant leur partage pour accélérer la production de connaissances et l’innovation, constitue un défi de taille. La société suisse de logiciels de santé GenomSys a mis au point l’outil logiciel GenCoder pour rationaliser la compression et l’analyse des données génomiques et assurer l’interopérabilité des formats utilisés par les parties prenantes, notamment les cliniques, les instituts de recherche, les biobanques et les sociétés biotechnologiques. Le projet GenCoder, financé par l’UE, aide l’équipe à optimiser la technologie et à ouvrir la voie à sa commercialisation.
Objectif
Next-Generation Sequencing (NGS) devices have enormously impacted on genomic analysis and life sciences, with a
drastic price reduction for sequencing a human genome (1,000 USD) and faster data processing, which resulted in the
exponential accumulation of genomic data. However, the vast amount of genomic data produced and stored in clinics,
research institutes, bio-banks and biotech companies is bringing along cumbersome informatics challenges: the huge
amount of data to be stored imply massive costs for data storage (850 €/TB per year, with average size of a whole human
genome being in the range of 0.4-3 TB), also due to the use of ineffective data formats not specifically designed for genomic
data; the lack of interoperability and standardized software and protocols prevents genome analysis centres to implement
reliable, scalable, and widely-accepted applications for cross-correlating and comparing genomic data. GenCoder by
GenomSys is a software tool specifically designed for efficient genomic information representation, compression and
transport, which provides the following main performances: (1) High compression rates in lossless mode (up to 90% with
respect to the BAM standard); (2) Selective access to specific blocks of data and metadata, so to significantly speed-up data
analysis; (3) Interoperability amongst available data formats, enabled by the compliance with the ISO standard MPEG-G (to
be released in 2019), which is being developed by a joint working group having GenomSys as main contributor.
The Phase 1 project will have as main outcomes the optimization and validation of the GenCoder performances through
tests involving huge datasets in selected data sequencing and storage facilities, and the business plan of the product, which
consolidates the business model and pricing, the marketing strategy, and the financial plan.
Champ scientifique
Programme(s)
Régime de financement
SME-1 - SME instrument phase 1Coordinateur
1015 LAUSANNE
Suisse
L’entreprise s’est définie comme une PME (petite et moyenne entreprise) au moment de la signature de la convention de subvention.