Computational Photochemistry in the Long Timescale: Sub-ns Photoprocesses in DNA

Informations projet

SubNano

N° de convention de subvention: 832237

DOI

10.3030/832237

Projet clôturé

Date de signature de la CE 30 Avril 2019

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 498 937,50

Contribution de l’UE

€ 2 498 937,50

Coordonné par

UNIVERSITE D'AIX MARSEILLE
France

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

proposal and implementation of standard data formats complying with the H2020 Open Research Data pilot: a data management plan

Publications

Peer reviewed articles (34)

MLatom Software Ecosystem for Surface Hopping Dynamics in Python with Quantum Mechanical and Machine Learning Methods

Auteurs: Lina Zhang, Sebastian V. Pios, Mikołaj Martyka, Fuchun Ge, Yi-Fan Hou, Yuxinxin Chen, Lipeng Chen, Joanna Jankowska, Mario Barbatti, Pavlo O. Dral
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 20, 2024, Page(s) 5043-5057, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00468

On the origin of the shift between vertical excitation and band maximum in molecular photoabsorption

Auteurs: Shuming Bai, Ritam Mansour, Ljiljana Stojanović, Josene M. Toldo, Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Molecular Modeling, Numéro 26/5, 2020, Page(s) 107, ISSN 1610-2940
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00894-020-04355-y

Molecular excited states through a machine learning lens

Auteurs: Pavlo O. Dral, Mario Barbatti
Publié dans: Nature Reviews Chemistry, Numéro 5, 2021, ISSN 2397-3358
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41570-021-00278-1

Ultrafast internal conversion without energy crossing

Auteurs: S. Mukherjee, M. Barbatti
Publié dans: Results Chem., Numéro 4, 2022, Page(s) 100521, ISSN 2211-7156
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.rechem.2022.100521

Recommendations for Velocity Adjustment in Surface Hopping

Auteurs: Josene M Toldo, Rafael S Mattos, Max Pinheiro Jr, Saikat Mukherjee, Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2024, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c01159

Modeling the heating and cooling of a chromophore after photoexcitation

Auteurs: E. Ventura, S. Andrade do Monte, M. T. do Casal, M. Pinheiro Jr., J. M. Toldo, M. Barbatti
Publié dans: Phys. Chem. Chem. Phys., Numéro 14639076, 2022, Page(s) 9403, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cp00686c

MLatom 2: An Integrative Platform for Atomistic Machine Learning.

Auteurs: Dral, Pavlo O.; Ge, Fuchun; Xue, Bao-Xin; Hou, Yi-Fan; Pinheiro, Max; Huang, Jianxing; Barbatti, Mario
Publié dans: Topics in current chemistry, Numéro 379, 2021, ISSN 0340-1022
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s41061-021-00339-5

Role of the Hydrogen Bond on the Internal Conversion of Photoexcited Adenosine

Auteurs: R. Mansour, J. M. Toldo, M. Barbatti.
Publié dans: J. Phys. Chem. Lett., Numéro 19487185, 2022, Page(s) 6194, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.2c01554

Simulations of molecular photodynamics in long timescales

Auteurs: Saikat Mukherjee, Max Pinheiro Jr, Baptiste Demoulin, Mario Barbatti
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series A: Physical Sciences and Engineering, Numéro 380, 2022, Page(s) 20200382, ISSN 1364-503X
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/10.1098/rsta-2020-0382

Prediction Challenge: Simulating Rydberg photoexcited cyclobutanone with surface hopping dynamics based on different electronic structure methods

Auteurs: Saikat Mukherjee, Rafael S Mattos, Josene M Toldo, Hans Lischka, Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Physics, 2024, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0203636

Gravitationally-induced Wave-function Collapse Time for Molecules

Auteurs: Anderson Alves Tomaz, Rafael Souza Mattos, Mario Barbatti
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 26, 2024, Page(s) 20785-20798, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-2wg0k-v2

Newton-X Platform: New Software Developments for Surface Hopping and Nuclear Ensembles

Auteurs: M. Barbatti, M. Bondanza, R. Crespo-Otero, B. Demoulin, P. O. Dral, G. Granucci, F. Kossoski, H. Lischka, B. Mennucci, S. Mukherjee, M. Pederzoli, M. Persico, M. Pinheiro Jr, J. Pittner, F. Plasser, E. Sangiogo Gil, L. Stojanovic
Publié dans: J. Chem. Theory Comput., Numéro 15499618, 2022, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00804

Unexpected Longer T1 Lifetime of 6-Sulfur Guanine than 6-Selenium Guanine: Solvent Effect from Hydrogen Bond to Brake the Triplet Decay

Auteurs: Shaoting Liu, Yuhsuan Lee, Lingfang Chen, Jingheng Deng, Tongmei Ma, Mario Barbatti, Shuming Bai
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, 2024, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4cp00875h

Machine Learning for Absorption Cross Sections

Auteurs: Bao-Xin Xue, Mario Barbatti, Pavlo O. Dral
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry A, Numéro 124/35, 2020, Page(s) 7199-7210, ISSN 1089-5639
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpca.0c05310

Gravitationally-induced wave function collapse time for molecules

Auteurs: Anderson A. Tomaz, Rafael S. Mattos, Mario Barbatti
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 26, 2024, Page(s) 20785-20798, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4cp02364a

MLatom 3: A Platform for Machine Learning-Enhanced Computational Chemistry Simulations and Workflows

Auteurs: Pavlo O Dral, Fuchun Ge, Yi-Fan Hou, Peikun Zheng, Yuxinxin Chen, Mario Barbatti, Olexandr Isayev, Cheng Wang, Bao-Xin Xue, Max Pinheiro Jr, Yuming Su, Yiheng Dai, Yangtao Chen, Lina Zhang, Shuang Zhang, Arif Ullah, Quanhao Zhang, Yanchi Ou
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2024, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c01203

Velocity Adjustment in Surface Hopping: Ethylene as a Case Study of the Maximum Error Caused by Direction Choice

Auteurs: Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00012

Simulation of Excitation by Sunlight in Mixed Quantum-Classical Dynamics

Auteurs: Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 16/8, 2020, Page(s) 4849-4856, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00501

On the short and long phosphorescence lifetimes of aromatic carbonyls

Auteurs: Saikat Mukherjee, Moumita Kar, Mansi Bhati, Xing Gao, Mario Barbatti
Publié dans: Theoretical Chemistry Accounts, 2023, ISSN 1432-2234
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s00214-023-03020-w

Defining the Temperature of an Isolated Molecule

Auteurs: Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Physics, 2022, Page(s) accepted, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-5kr7s-v2

Classification of doubly excited molecularelectronic states

Auteurs: Mariana T Do Casal, Josene M Toldo, Mario Barbatti, Felix Plasser
Publié dans: Chemical Science, 2023, ISSN 2041-6539
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d2sc06990c

Pre-Dewar structure modulates protonated azaindole photodynamics

Auteurs: R. Mansour, S. Mukherjee, M. Pinheiro Jr, J. A. Noble, C. Jouvet, M. Barbatti
Publié dans: Phys. Chem. Chem. Phys., Numéro 14639076, 2022, Page(s) 1234c, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cp01056a

Surface hopping modeling of charge and energy transfer in active environments

Auteurs: Josene M Toldo, Mariana T Do Casal, Elizete Ventura, Silmar A Do Monte, Mario Barbatti
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, ISSN 1463-9084
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d3cp00247k

Trajectory Surface Hopping for a Polarizable Embedding QM/MM

Auteurs: M. Bondanza, B. Demoulin, F. Lipparini, M. Barbatti, B. Mennucci
Publié dans: J. Phys. Chem. A, Numéro 10895639, 2022, Page(s) 6780, ISSN 1089-5639
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpca.2c04756

Fewest switches surface hopping with Baeck-An couplings

Auteurs: Mariana T. do Casal; Josene M. Toldo; Max Pinheiro; Mario Barbatti
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 1, 2021, ISSN 2732-5121
Éditeur: F1000 Research Limited
DOI: 10.12688/openreseurope.13624.1

Choosing the right molecular machine learning potential

Auteurs: Max Pinheiro; Fuchun Ge; Nicolas Ferré; Pavlo O. Dral; Mario Barbatti; Mario Barbatti
Publié dans: Chemical Science, Numéro 12, 2021, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc03564a

Understanding the Impact of Symmetrical Substitution on the Photodynamics of Sinapate Esters Using Gas-Phase Ultrafast Spectroscopy

Auteurs: Jack Dalton, Josene M. Toldo, Florent Allais, Mario Barbatti, and Vasilios G. Stavros
Publié dans: Journal of Physical Chemistry Letters, 2023, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.3c02134

Non-Kasha fluorescence of pyrene emerges from a dynamic equilibrium between excited states

Auteurs: G. Braun, I. Borges Jr, A. Aquino, H. Lischka, F. Plasser, S. A. do Monte, E. Ventura, S. Mukherjee, M. Barbatti
Publié dans: J. Chem. Phys., Numéro 10895639, 2022, ISSN 1089-5639
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1063/5.0113908

A simple approach to rotationally invariant machine learning of a vector quantity

Auteurs: Jakub Martinka, Marek Pederzoli, Mario Barbatti, Pavlo O. Dral, Jiří Pittner
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 161, 2024, Page(s) 174104, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0230176

Quantum Dynamics from Classical Trajectories

Auteurs: Rafael S. Mattos, Saikat Mukherjee, Mario Barbatti
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 20, 2024, Page(s) 7728–7743, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00783

A Hessian free method to prevent zero-point energy leakage in classical trajectories

Auteurs: S. Mukherjee, M. Barbatti
Publié dans: J. Chem. Theory Comp, Numéro 15499618, 2022, Page(s) 4109, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00216

Photoisomerization pathways of <i>trans</i>-resveratrol

Auteurs: Mariana Yoshinaga, Josene M. Toldo, Willian R. Rocha, Mario Barbatti
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 26, 2024, Page(s) 24179-24188, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4cp02373k

Temperature effects on the internal conversion of excited adenine and adenosine

Auteurs: Ritam Mansour, Josene M Toldo, Saikat Mukherjee, Max Pinheiro Jr, Mario Barbatti
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, ISSN 1463-9084
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d3cp03234e

WS22 database, Wigner Sampling and geometry interpolation for configurationally diverse molecular datasets

Auteurs: Max Pinheiro Jr, Shuang Zhang, Pavlo O. Dral, Mario Barbatti
Publié dans: Scientific Data, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41597-023-01998-3

Other (2)

We are not empty

Auteurs: Mario Barbatti
Publié dans: Aeon Magazine, 2023
Éditeur: Aeon Media Group Ltd.

The Many Answers to the Quantum Measurement Problem

Auteurs: Mario Barbatti
Publié dans: IAI News, 2024
Éditeur: The Institute of Art and Ideas

Non-peer reviewed articles (8)

Conformational Dynamics of the Pyrene Excimer

Auteurs: Giovanni Parolin, Bidhan Chandra Garain, Saikat Mukherjee, Giovanni Granucci, Stefano Corni, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-8hwr5

Towards Increased Crop Yields with Molecular Heater Technology

Auteurs: Vasilios Stavros, Jack Woolley, Natercia Rodrigues, Josene Toldo, Benjamin Rioux, Chris Groves, Xandra Schrama, Jimmy Alarcan, Temitope Abiola, Matthieu Mention, Mariana Casal, Simon Greenough, Wybren Jan Buma, Michael Ashfold, Albert Braeuning, Teun Munnik, Keara Franklin, Florent Allais, Mario Barbatti
Publié dans: Research Square, 2024, ISSN 2693-5015
Éditeur: Research Square Platform LLC
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3466431/v1

Legion: A Platform for Gaussian Wavepacket Nonadiabatic Dynamics

Auteurs: Rafael Souza Mattos, Saikat Mukherjee, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-c2l4j

Assessing Nonadiabatic Dynamics Methods in Long Timescales

Auteurs: SAIKAT MUKHERJEE, Yorick Lassmann, Rafael S. Mattos, Baptiste Demoulin, Basile F. E. Curchod, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-j7xxl

Accelerating Molecular Dynamics Simulations Using Socket-Based Inter-Process Communication

Auteurs: Matheus O. Bispo, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-sqf2v

ULaMDyn: Enhancing Excited-State Dynamics Analysis Through Streamlined Unsupervised Learning

Auteurs: Max Pinheiro Jr., Matheus O. Bispo, Rafael S. Mattos, Mariana Telles do Casal, Bidhan Chandra Garain, Josene M. Toldo, Saikat Mukherjee, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-32h0p

Charting electronic-state manifolds across molecules with multi-state learning and gap-driven dynamics via efficient and robust active learning

Auteurs: Mikołaj Martyka, Lina Zhang, Fuchun Ge, Yi-Fan Hou, Joanna Jankowska, Mario Barbatti, Pavlo O. Dral
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-dtc1w

Ultrafast Dynamics of Diketopyrrolopyrrole (DPP) Dimers

Auteurs: Ali Al-Jaaidi, Josene M. Toldo, Mario Barbatti
Publié dans: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Éditeur: ChemRxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-8k5qd

Thesis and dissertations (1)

Nonadiabatic photoprocesses in nucleic acid fragments and other biologically active chromophores

Auteurs: Ritam Mansour
Publié dans: PhD Thesis, 2022
Éditeur: Aix Marseille University
DOI: 10.5281/zenodo.7451091

Book chapters (1)

Excited-state dynamics with machine learning

Auteurs: L. Zhang, A. Ullah, M. Pinheiro Jr, P. O. Dral, M. Barbatti
Publié dans: Quantum chemistry in the age of machine learning, 2022, Page(s) 329, ISBN 9780323900492
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-323-90049-2.00008-1