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Deciphering transcriptional regulation of NF-kB target genes using integrative omics approaches

Descripción del proyecto

Análisis de los mecanismos de activación transcripcional de NF-kB

Los factores de transcripción que forman parte de la familia del factor nuclear-kB (NK-kB, por sus siglas en inglés) dirigen la expresión de genes fundamentales que están implicados en la respuesta inmunitaria, la proliferación y la apoptosis. Al mismo tiempo, nuevas evidencias indican que el NK-kB tiene una función en la aparición y la proliferación del cáncer. Por lo tanto, para desarrollar un tratamiento contra el NK-kB para el cáncer, sería necesario actuar de manera selectiva sobre los genes NK-kB asociados con la transformación maligna. Con esto en mente, el proyecto financiado con fondos europeos RegulatioNFkB se propone investigar el mecanismo de activación transcripcional mediado por el NF-kB centrándose en las regiones promotoras de los genes que responden al NK-kB. Los investigadores usarán la edición del genoma y la espectrometría de masas para identificar los factores de transcripción y otras proteínas que interactúan en los promotores de estos genes.

Objetivo

NF-kB is a family of transcription factors that regulate expression of genes that are involved in various cellular processes such as apoptosis, proliferation and differentiation. The NF-kB pathway is implicated in the initiation and progression of cancer and cancer cell drug resistance. Unfortunately, global NF-kB inhibition is harmful to the immune system; therefore, inhibition of a subset of NF-kB target genes that are linked to malignant transformation would be more appropriate. Different NF-kB target genes display distinct transcription activation kinetics, indicating that the molecular mechanisms driving expression of NF-kB target genes are strikingly diverse. Thus, it is highly interesting to study the factors that are involved in transcriptional activation of individual NF-kB responsive genes, both from a fundamental and clinical perspective. Here, we will develop two innovative strategies based on CRISPR/Cas9 based genome targeting combined with mass spectrometry-based technology to isolate single NF-kB target gene promoters upon NF-kB pathway activation and identify their constituents. We will also apply a complementary approach, ATAC-sequencing, to identify transcription factors that are involved in activation of NF-kB responsive genes. Moreover, we will study the underlying mechanisms and characterize the function of proteins that interact with NF-kB responsive promoters. Finally, the described mechanisms discovered in cancer cell lines will be verified and validated in small intestinal organoids, a non-transformed cell model for homeostasis in the intestinal epithelium. This ambitious and multidisciplinary project will greatly benefit from my expert knowledge regarding the NF-kB pathway combined with the expertise of the host laboratory in mass spectrometry and genomics. The project is expected to have a major impact in the research area of gene expression regulation in general and molecular cancer research focusing on the NF-kB pathway in particular.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..

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Programa(s)

Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.

Tema(s)

Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.

Régimen de financiación

Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.

MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panel

Ver todos los proyectos financiados en el marco de este régimen de financiación

Convocatoria de propuestas

Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.

(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2018

Ver todos los proyectos financiados en el marco de esta convocatoria

Coordinador

STICHTING RADBOUD UNIVERSITEIT
Aportación neta de la UEn

Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.

€ 187 572,48
Dirección
HOUTLAAN 4
6525 XZ Nijmegen
Países Bajos

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Región
Oost-Nederland Gelderland Arnhem/Nijmegen
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Enlaces
Coste total

Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.

€ 187 572,48
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