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Deciphering transcriptional regulation of NF-kB target genes using integrative omics approaches

Descrizione del progetto

Analizzare il meccanismo dell’attivazione trascrizionale mediata dall’NF-kB

I fattori di trascrizione che rientrano nella famiglia del fattore nucleare kappa B (NF-kB, nuclear factor-kB) regolano l’espressione dei principali geni coinvolti nelle risposte immunitarie, nella proliferazione e nell’apoptosi. Al contempo, prove emergenti indicano che l’NF-kB riveste un ruolo attivo nell’insorgenza e nella progressione del cancro. Per sviluppare un trattamento antitumorale anti-NF-kB, pertanto, sarebbe necessario bersagliare selettivamente i geni dell’NF-kB associati alla trasformazione maligna. Alla luce di tali premesse, il progetto RegulatioNFkB, finanziato dall’UE, propone di approfondire il meccanismo alla base dell’attivazione trascrizionale mediata dall’NF-kB concentrando l’attenzione sulle regioni che promuovono i geni reattivi all’NF-kB. I ricercatori si avvarranno dell’editing genomico e della spettrometria di massa allo scopo di individuare i fattori di trascrizione e altre proteine che interagiscono nelle regioni promotrici di questi geni.

Obiettivo

NF-kB is a family of transcription factors that regulate expression of genes that are involved in various cellular processes such as apoptosis, proliferation and differentiation. The NF-kB pathway is implicated in the initiation and progression of cancer and cancer cell drug resistance. Unfortunately, global NF-kB inhibition is harmful to the immune system; therefore, inhibition of a subset of NF-kB target genes that are linked to malignant transformation would be more appropriate. Different NF-kB target genes display distinct transcription activation kinetics, indicating that the molecular mechanisms driving expression of NF-kB target genes are strikingly diverse. Thus, it is highly interesting to study the factors that are involved in transcriptional activation of individual NF-kB responsive genes, both from a fundamental and clinical perspective. Here, we will develop two innovative strategies based on CRISPR/Cas9 based genome targeting combined with mass spectrometry-based technology to isolate single NF-kB target gene promoters upon NF-kB pathway activation and identify their constituents. We will also apply a complementary approach, ATAC-sequencing, to identify transcription factors that are involved in activation of NF-kB responsive genes. Moreover, we will study the underlying mechanisms and characterize the function of proteins that interact with NF-kB responsive promoters. Finally, the described mechanisms discovered in cancer cell lines will be verified and validated in small intestinal organoids, a non-transformed cell model for homeostasis in the intestinal epithelium. This ambitious and multidisciplinary project will greatly benefit from my expert knowledge regarding the NF-kB pathway combined with the expertise of the host laboratory in mass spectrometry and genomics. The project is expected to have a major impact in the research area of gene expression regulation in general and molecular cancer research focusing on the NF-kB pathway in particular.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panel

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

STICHTING RADBOUD UNIVERSITEIT
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 187 572,48
Indirizzo
HOUTLAAN 4
6525 XZ Nijmegen
Paesi Bassi

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Regione
Oost-Nederland Gelderland Arnhem/Nijmegen
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 187 572,48
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