Predicting the evolution of complex phage-host interactions

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Publications

A social niche breadth score reveals niche range strategies of generalists and specialists

Auteurs: F.A. Bastiaan von Meijenfeldt, Paulien Hogeweg, and Bas E. Dutilh
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 7, 2023, Page(s) 768–781, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-023-02027-7

Stability of the human gut virome and effect of gluten-free diet

Auteurs: Sanzhima Garmaeva, Anastasia Gulyaeva, Trishla Sinha, Andrey N. Shkoporov, Adam G. Clooney, Stephen R. Stockdale, Johanne E. Spreckels, Thomas D. S. Sutton, Lorraine A. Draper, Bas E. Dutilh, Cisca Wijmenga, Alexander Kurilshikov, Jingyuan Fu, Colin Hill, Alexandra Zhernakova
Publié dans: Cell Reports, Numéro Volume 35, Numéro 7, 2021, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109132

Changes to virus taxonomy and the ICTV Statutes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2023)

Auteurs: Francisco Murilo Zerbini, Stuart G. Siddell, Elliot J. Lefkowitz, Arcady R. Mushegian, Evelien M. Adriaenssens, Poliane Alfenas‑Zerbini, Donald M. Dempsey, Bas E. Dutilh, María Laura García, R. Curtis Hendrickson, Sandra Junglen, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Małgorzata Łobocka, Hanna M. Oksanen, David L. Robertson, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Donald B. Sm
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 168, 2023, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-023-05797-4

Phylogeny and disease associations of a widespread and ancient intestinal bacteriophage lineage

Auteurs: Patrick A. de Jonge, Bert-Jan H. van den Born, Aeilko H. Zwinderman, Max Nieuwdorp, Bas E. Dutilh, Hilde Herrema
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50777-0

High viral abundance and low diversity are associated with increased CRISPR-Cas prevalence across microbial ecosystems

Auteurs: Sean Meaden, Ambarish Biswas, Ksenia Arkhipova, Sergio E.Morales, Bas E.Dutilh, Edze R.Westra, Peter C.Fineran
Publié dans: Current Biology, Numéro Volume 32, Numéro 1, 2022, Page(s) 220-227.e5, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.038

A Prioritized and Validated Resource of Mitochondrial Proteins in Plasmodium Identifies Unique Biology

Auteurs: Selma L. van Esveld, Lisette Meerstein-Kessel, Cas Boshoven, Jochem F. Baaij, Konstantin Barylyuk, Jordy P. M. Coolen, Joeri van Strien, Ronald A. J. Duim, Bas E. Dutilh, Daniel R. Garza, Marijn Letterie, Nicholas I. Proellochs, Michelle N. de Ridder, Prashanna Balaji Venkatasubramanian, Laura E. de Vries, Ross F. Waller, Taco W. A. Kooij, Martijn A. Huynen
Publié dans: mSphere, Numéro Volume 6, Numéro 5, 2021, ISSN 2379-5042
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00614-21

Prophages are associated with extensive CRISPR–Cas auto-immunity

Auteurs: Franklin L. Nobrega, Hielke Walinga, Bas E. Dutilh, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro Volume 48, Numéro 21, 2020, Page(s) 12074–12084, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1071

Nutrition or nature: using elementary flux modes to disentangle the complex forces shaping prokaryote pan-genomes

Auteurs: Daniel R. Garza; F. A. Bastiaan von Meijenfeldt; Bram van Dijk; Annemarie Boleij; Martijn A. Huynen; Bas E. Dutilh
Publié dans: BMC Ecology and Evolution, Numéro 22, 2022, ISSN 2730-7182
Éditeur: BioMed Central, part of Springer Nature
DOI: 10.1186/s12862-022-02052-3

Chemical characteristics vectors map the chemical space of natural biomes from untargeted mass spectrometry data

Auteurs: Pilleriin Peets, Aristeidis Litos, Kai Dührkop, Daniel R. Garza, Justin J. J. van der Hooft, Sebastian Böcker, Bas E. Dutilh
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 17, 2025, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01031-2

Benchmarking bioinformatic virus identification tools using real-world metagenomic data across biomes

Auteurs: Ling-Yi Wu, Yasas Wijesekara, Gonçalo J. Piedade, Nikolaos Pappas, Corina P. D. Brussaard, Bas E. Dutilh
Publié dans: Genome Biology, Numéro 25, 2024, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd, Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-024-03236-4

The bacterial sulfur cycle in expanding dysoxic and euxinic marine waters

Auteurs: Daan M. van Vliet, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Bas E. Dutilh, Laura Villanueva, Jaap S. Sinninghe Damsté, Alfons J.M. Stams, Irene Sánchez-Andrea
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro Volume 203, Numéro 6, 2020, Page(s) 2834-2857, ISSN 1462-2920
Éditeur: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/1462-2920.15265

Finding functional associations between prokaryotic virus orthologous groups: a proof of concept

Auteurs: Nikolaos Pappas; Bas E. Dutilh
Publié dans: BMC Bioinformatics, 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04343-w

Ultraconserved bacteriophage genome sequence identified in 1300-year-old human palaeofaeces

Auteurs: Piotr Rozwalak, Jakub Barylski, Yasas Wijesekara, Bas E. Dutilh, Andrzej Zielezinski
Publié dans: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.06.01.543182

Identical sequences found in distant genomes reveal frequent horizontal transfer across the bacterial domain.

Auteurs: Sheinman, Michael; Arkhipova, Ksenia; Arndt, Peter F.; Dutilh, Bas E.; Hermsen, Rutger; Massip, Florian; Theoretical Biology and Bioinformatics; Sub Theoretical Biology; Sub Bioinformatics
Publié dans: eLife, Numéro 1, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.62719

Optimized bacterial DNA isolation method for microbiome analysis of human tissues

Auteurs: Carlijn E. Bruggeling, Daniel R. Garza, Soumia Achouiti, Wouter Mes, Bas E. Dutilh, Annemarie Boleij
Publié dans: MicrobiologyOpen, Numéro Volume 10, Numéro 3, 2021, ISSN 2045-8827
Éditeur: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/mbo3.1191

Improving Genome-Scale Metabolic Models of Incomplete Genomes with Deep Learning

Auteurs: Meine D. Boer, Chrats Melkonian, Haris Zafeiropoulos, Andreas F. Haas, Daniel Garza, Bas Dutilh
Publié dans: iScience, 2023, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.2139/ssrn.4535250

Changes to virus taxonomy and the ICTV Statutes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2024)

Auteurs: Peter Simmonds, Evelien M. Adriaenssens, Elliot J. Lefkowitz, Hanna M. Oksanen, Stuart G. Siddell, Francisco Murilo Zerbini, Poliane Alfenas-Zerbini, Frank O. Aylward, Donald M. Dempsey, Bas E. Dutilh, Juliana Freitas-Astúa, María Laura García, R. Curtis Hendrickson, Holly R. Hughes, Sandra Junglen, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Małgorzata Łobocka, Arcady R. Mushegian, Judit Pe
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 169, 2024, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-024-06143-y

Graphite: painting genomes using a colored de Bruijn graph

Auteurs: Rick Beeloo, Aldert L Zomer, Sebastian Deorowicz, Bas E Dutilh
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, Numéro 6, 2024, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nargab/lqae142

Perspective on taxonomic classification of uncultivated viruses.

Auteurs: Bas E. Dutilh; Arvind Varsani; Arvind Varsani; Yigang Tong; Peter Simmonds; Sead Sabanadzovic; Luisa Rubino; Simon Roux; Alejandro Reyes Muñoz; Cédric Lood; Elliot J. Lefkowitz; Jens H. Kuhn; Mart Krupovic; Robert Edwards; J. Rodney Brister; Evelien M. Adriaenssens; Matthew B. Sullivan
Publié dans: Current Opinion in Virology, 2021, ISSN 1879-6257
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2021.10.011

Taxonomic resolution of different 16S rRNA variable regions varies strongly across plant-associated bacteria

Auteurs: Katarina Hrovat, Bas E Dutilh, Marnix H Medema, Chrats Melkonian
Publié dans: ISME Communications, Numéro 4, 2024, ISSN 2730-6151
Éditeur: Oxford academic
DOI: 10.1093/ismeco/ycae034

Unveiling the Kadaknath Gut Microbiome: Early Growth Phase Spatiotemporal Diversity

Auteurs: Amruta Nair, Swapnil Prakash Doijad, Mangesh Vasant Suryavanshi, Anwesha Dey, Satya Veer Singh Malik, Bas E. Dutilh, Sukhadeo Baliram Barbuddhe
Publié dans: Microbiology Research, Numéro 16, 2025, Page(s) 54, ISSN 2036-7481
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/microbiolres16030054

Gut virome profiling identifies a widespread bacteriophage family associated with metabolic syndrome

Auteurs: Patrick A. de Jonge, Koen Wortelboer, Torsten P.M. Scheithauer, Bert-Jan H. van den Born, Aeilko H. Zwinderman, Franklin L. Nobrega, Bas E. Dutilh, Max Nieuwdorp, Hilde Herrema
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 3594, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31390-5

Abolishment of morphology-based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Auteurs: Dann Turner; Andrey N. Shkoporov; Cédric Lood; Andrew D. Millard; Bas E. Dutilh; Poliane Alfenas-Zerbini; Leonardo J. van Zyl; Ramy K. Aziz; Hanna M. Oksanen; Minna M. Poranen; Andrew M. Kropinski; Jakub Barylski; J Rodney Brister; Nina Chanisvili; Rob A. Edwards; François Enault; Annika Gillis; Petar Knezevic; Mart Krupovic; Ipek Kurtböke; Alla Kushkina; Rob Lavigne; Susan Lehman; Malgorzata L
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 168/74, 2023, ISSN 1432-8798
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Evolutionary Study of the Crassphage Virus at Gene Level

Auteurs: Alessandro Rossi, Laura Treu, Stefano Toppo, Henrike Zschach, Stefano Campanaro, Bas E. Dutilh
Publié dans: Viruses, Numéro Volume 12, Numéro 9, 2021, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v12091035

Production of inactivated gram-positive and gram-negative species with preserved cellular morphology and integrity

Auteurs: Rahwa Taddese, Clara Belzer, Steven Aalvink, Marien I. de Jonge, Iris D. Nagtegaal, Bas E. Dutilh, Annemarie Boleij
Publié dans: Journal of Microbiological Methods, Numéro Volume 184, 2021, ISSN 0167-7012
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mimet.2021.106208

Rational Design of Profile HMMs for Sensitive and Specific Sequence Detection with Case Studies Applied to Viruses, Bacteriophages, and Casposons

Auteurs: Liliane S. Oliveira, Alejandro Reyes, Bas E. Dutilh, Arthur Gruber
Publié dans: Viruses, Numéro 15/2/519, 2023, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15020519

Tunturi virus isolates and metagenome-assembled viral genomes provide insights into the virome of Acidobacteriota in Arctic tundra soils

Auteurs: Tatiana Demina, Heli Marttila, Igor S Pessi, Minna K Mannisto, Bas E Dutilh, Simon Roux, Jenni Hultman
Publié dans: Microbiome, 2025, ISSN 2049-2618
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1101/2024.08.08.607240

Bridging the membrane lipid divide: bacteria of the FCB group superphylum have the potential to synthesize archaeal ether lipids

Auteurs: Laura Villanueva, A. Bastiaan von Meijenfeldt, Alexander B. Westbye, Subhash Yadav, Ellen C. Hopmans, Bas E. Dutilh, Jaap S. Sinninghe Damsté
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 15, 2021, Page(s) 168 - 182, ISSN 1751-7370
Éditeur: International Society for Microbial Ecology
DOI: 10.1038/s41396-020-00772-2

RaFAH: Host prediction for viruses of Bacteria and Archaea based on protein content

Auteurs: Felipe Hernandes Coutinho, Asier Zaragoza-Solas, Mario López-Pérez, Jakub Barylski, Andrzej Zielezinski, Bas E. Dutilh, Robert Edwards, Francisco Rodriguez-Valera
Publié dans: Patterns, Numéro Volume 2, Numéro 7, 2021, ISSN 2666-3899
Éditeur: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.patter.2021.100274

Development of Styrene Maleic Acid Lipid Particles as a Tool for Studies of Phage-Host Interactions

Auteurs: Patrick A. de Jonge, Dieuwke J. C. Smit Sibinga, Oliver A. Boright, Ana Rita Costa, Franklin L. Nobrega, Stan J. J. Brouns, Bas E. Dutilh
Publié dans: Journal of Virology, Numéro Vol. 94, No. 23, 2020, ISSN 1098-5514
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jvi.01559-20

Bacterial Viruses Subcommittee and Archaeal Viruses Subcommittee of the ICTV: update of taxonomy changes in 2021

Auteurs: Krupovic, Mart; Turner, Dann; Morozova, Vera; Dyall-Smith, Mike; Oksanen, Hanna M.; Edwards, Rob; Dutilh, Bas E.; Lehman, Susan M.; Reyes, Alejandro; Baquero, Diana P.; Sullivan, Matthew B.; Uchiyama, Jumpei; Nakavuma, Jesca; Barylski, Jakub; Young, Mark J.; Du, Shishen; Alfenas-Zerbini, Poliane; Kushkina, Alla; Kropinski, Andrew M.; Kurtboke, Ipek; Brister, J. Rodney; Lood, Cedric; Sarkar, B. L.;
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 166, 2021, Page(s) 3239–3244, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-021-05205-9

IPHoP: An integrated machine learning framework to maximize host prediction for metagenome-derived viruses of archaea and bacteria

Auteurs: Simon Roux, Antonio Pedro Camargo, Felipe H. Coutinho, Shareef M. Dabdoub, Bas E. Dutilh, Stephen Nayfach, Andrew Tritt
Publié dans: PLoS Biology, Numéro 21, 2023, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002083

Growth rate is a dominant factor predicting the rhizosphere effect

Auteurs: José L López, Arista Fourie, Sanne W M Poppeliers, Nikolaos Pappas, Juan J Sánchez-Gil, Ronnie de Jonge, Bas E Dutilh
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 17, 2024, Page(s) 1396-1405, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01453-6

Lifestyle of sponge symbiont phages by host prediction and correlative microscopy

Auteurs: M. T. Jahn, T. Lachnit, S. M. Markert, C. Stigloher, L. Pita, M. Ribes, B. E. Dutilh, U. Hentschel
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 15, 2021, Page(s) 2001 - 2011, ISSN 1751-7370
Éditeur: International Society for Microbial Ecology
DOI: 10.1038/s41396-021-00900-6

Differentiating between viruses and virus species by writing their names correctly

Auteurs: Francisco Murilo Zerbini, Stuart G. Siddell, Arcady R. Mushegian, Peter J. Walker, Elliot J. Lefkowitz, Evelien M. Adriaenssens, Poliane Alfenas‑Zerbini, Bas E. Dutilh, María Laura García, Sandra Junglen, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Małgorzata Łobocka, Hanna M. Oksanen, David L. Robertson, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Nobuhiro Suzuki, Koenraad Van Doorsla
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 167, 2022, Page(s) 1231–1234, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-021-05323-4

A global survey of host, aquatic, and soil microbiomes reveals shared abundance and genomic features between bacterial and fungal generalists

Auteurs: Daniel Loos, Ailton Pereira da Costa Filho, Bas E. Dutilh, Amelia E. Barber, Gianni Panagiotou
Publié dans: Cell Reports, 2024, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.15.515575

A metagenomic portrait of the microbial community responsible for two decades of bioremediation of poly-contaminated groundwater

Auteurs: Ernestina Hauptfeld, Jordi Pelkmans, Terry T. Huisman, Armin Anocic, Basten L. Snoek, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Jan Gerritse, Johan van Leeuwen, Gert Leurink, Arie van Lit, Ruud van Uffelen, Margot C. Koster, Bas E. Dutilh
Publié dans: Water Research, Numéro Volume 221, 2022, ISSN 1879-2448
Éditeur: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.watres.2022.118767

Bacterial Oncotraits Rather than Spatial Organization Are Associated with Dysplasia in Ulcerative Colitis

Auteurs: Carlijn E Bruggeling, Maarten te Groen, Daniel R Garza, Famke van Heeckeren tot Overlaer, Joyce P M Krekels, Basma-Chick Sulaiman, Davy Karel, Athreyu Rulof, Anne R Schaaphok, Daniel L A H Hornikx, Iris D Nagtegaal, Bas E Dutilh, Frank Hoentjen, Annemarie Boleij
Publié dans: Journal of Crohn's and Colitis, Numéro 17, 2024, Page(s) 1870-1881, ISSN 1873-9946
Éditeur: Elsevier Science
DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjad092

SpeSpeNet: an interactive and user-friendly tool to create and explore microbial correlation networks

Auteurs: Abraham L van Eijnatten, Luc van Zon, Eleni Manousou, Margarita Bikineeva, E R Jasper Wubs, Wim H van der Putten, Elly Morriën, Bas E Dutilh, L Basten Snoek
Publié dans: ISME Communications, 2025, ISSN 2730-6151
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ismeco/ycaf036

Novel high-resolution targeted sequencing of the cervicovaginal microbiome

Auteurs: Karolina M. Andralojc; Mariano A. Molina; Mengjie Qiu; Bram Spruijtenburg; Menno Rasing; Bernard Pater; Martijn A. Huynen; Bas E. Dutilh; Thomas H. A. Ederveen; Duaa Elmelik; Albert G. Siebers; Diede Loopik; Ruud L. M. Bekkers; William P. J. Leenders; Willem J. G. Melchers
Publié dans: BMC Biology, 2021, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-021-01204-z

Adsorption Sequencing as a Rapid Method to Link Environmental Bacteriophages to Hosts

Auteurs: Patrick A.de Jonge, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Ana Rita Costa, Franklin L. Nobrega, Stan J. J. Brouns, Bas E. Dutilh
Publié dans: iScience, Numéro Volume 23, Numéro 9, 2021, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2020.101439

Guidelines for public database submission of uncultivated virus genome sequences for taxonomic classification

Auteurs: Evelien M. Adriaenssens, Simon Roux, J. Rodney Brister, Ilene Karsch-Mizrachi, Jens H. Kuhn, Arvind Varsani, Tong Yigang, Alejandro Reyes, Cédric Lood, Elliot J. Lefkowitz, Matthew B. Sullivan, Robert A. Edwards, Peter Simmonds, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Mart Krupovic, Bas E. Dutilh
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 41, 2023, Page(s) 898-902, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01844-2

Structural color in the bacterial domain: The ecogenomics of a 2-dimensional optical phenotype

Auteurs: Aldert Zomer, Colin J. Ingham, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Álvaro Escobar Doncel, Gea T. van de Kerkhof, Raditijo Hamidjaja, Sanne Schouten, Lukas Schertel, Karin H. Müller, Laura Catón, Richard L. Hahnke, Henk Bolhuis, Silvia Vignolini, Bas E. Dutilh
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2309757121

Guidance for creating individual and batch latinized binomial virus species names

Auteurs: Thomas S. Postler, Luisa Rubino, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Balázs Harrach, Sandra Junglen, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jiro Wada, Anya Crane, Jens H. Kuhn, Arcady Mushegian, Jānis Rūmnieks, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Arvind Varsani, F. Murilo Zerbini, Julie Callanan, Lorraine A. Draper, Colin Hill, Stephen R. Stockdale
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 103/12, 2022, ISSN 1465-2099
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/jgv.0.001800

Four principles to establish a universal virus taxonomy

Auteurs: Peter Simmonds; Evelien M. Adriaenssens; F. Murilo Zerbini; Nicola G. A. Abrescia; Pakorn Aiewsakun; Poliane Alfenas-Zerbini; Yiming Bao; Jakub Barylski; Christian Drosten; Siobain Duffy; W. Paul Duprex; Bas E. Dutilh; Santiago F. Elena; Maria Laura García; Sandra Junglen; Aris Katzourakis; Eugene V. Koonin; Mart Krupovic; Jens H. Kuhn; Amy J. Lambert; Elliot J. Lefkowitz; Małgorzata Łobocka; C
Publié dans: Plos Biology, Numéro 21/2, 2023, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001922

Identifying and tracking mobile elements in evolving compost communities yields insights into the nanobiome

Auteurs: Bram van Dijk, Pauline Buffard, Andrew D Farr, Franz Giersdorf, Jeroen Meijer, Bas E Dutilh, Paul B Rainey
Publié dans: ISME Communications, Numéro 3, 2024, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-023-00294-w

Virus Taxonomy and the role of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)

Auteurs: Stuart G. Siddell, Donald B. Smith, Evelien Adriaenssens, Poliane Alfenas-Zerbini, Bas E. Dutilh, Maria Laura Garcia, Sandra Junglen, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Elliot J. Lefkowitz, Małgorzata Łobocka, Arcady R. Mushegian, Hanna M. Oksanen, David L. Robertsonn, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Nobuhiro Suzuki, Koenraad Van Doorslaer, Anne-Mieke Vandamme, Arvi
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro Vol. 104, Numéro 5, 2023, ISSN 1465-2099
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/jgv.0.001840

Seasonal dynamics and diversity of Antarctic marine viruses reveal a novel viral seascape

Auteurs: Gonçalo J. Piedade, Max E. Schön, Cédric Lood, Mikhail V. Fofanov, Ella M. Wesdorp, Tristan E.G. Biggs, Lingyi Wu, Henk Bolhuis, Matthias G. Fischer, Natalya Yutin, Bas E. Dutilh, Corina P. D. Brussaard
Publié dans: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3778832/v1

Integration of taxonomic signals from MAGs and contigs improves read annotation and taxonomic profiling of metagenomes

Auteurs: Ernestina Hauptfeld, Nikolaos Pappas, Sandra van Iwaarden, Basten L. Snoek, Andrea Aldas-Vargas, Bas E. Dutilh, FA Bastiaan von Meijenfeldt
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.03.22.533753

Quantifying the Impact of Human Leukocyte Antigen on the Human Gut Microbiota

Auteurs: Stijn P. Andeweg, Can Keşmir, Bas E. Dutilh
Publié dans: mSphere, Numéro Volume 6, Numéro 4, 2021, ISSN 2379-5042
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00476-21

Changes to virus taxonomy and the Statutes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2020).

Auteurs: Walker, Peter J; Siddell, Stuart G; Lefkowitz, Elliot J; Mushegian, Arcady R; Adriaenssens, Evelien M; Dempsey, Donald M; Dutilh, Bas E; Harrach, Balázs; Harrison, Robert L; Hendrickson, R Curtis; Junglen, Sandra; Knowles, Nick J; Kropinski, Andrew M; Krupovic, Mart; Kuhn, Jens H; Nibert, Max; Orton, Richard J; Rubino, Luisa; Sabanadzovic, Sead; Simmonds, Peter; Smith, Donald B; Varsani, Arvind;
Publié dans: Archives of Virology, 2021, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-020-04752-x

Recent changes to virus taxonomy ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2022)

Auteurs: Peter J. Walker; Stuart G. Siddell; Elliot J. Lefkowitz; Arcady R. Mushegian; Evelien M. Adriaenssens; Poliane Alfenas-Zerbini; Donald M. Dempsey; Bas E. Dutilh; María Laura García; R. Curtis Hendrickson; Sandra Junglen; Mart Krupovic; Jens H. Kuhn; Amy J. Lambert; Małgorzata Łobocka; Hanna M. Oksanen; Richard J. Orton; David L. Robertson; Luisa Rubino; Sead Sabanadzovic; Peter Simmonds; Donal
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 167, 2022, ISSN 1432-8798
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00705-022-05516-5

Bacterial biofilms in early colon carcinogenesis: A study in Lynch syndrome and ulcerative colitis

Auteurs: Bruggeling, C.E.
Publié dans: Numéro 1, 2023
Éditeur: Radboud University

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