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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Predicting the evolution of complex phage-host interactions

Description du projet

Démêler les interactions des organismes les plus petits et les plus nombreux sur notre Terre

Les bactériophages (également connus sous le nom de phages, des virus infectant les bactéries), désignent le groupe d’organismes les plus nombreux, les plus différents, et les plus largement sous-étudiés vivant sur Terre. De récentes avancées informatiques et technologiques ont permis d’identifier une diversité sans précédent de phages au sein de différents environnements tels que l’intestin humain et les profondeurs des océans. La compréhension des fonctions de tous ces phages reste quant à elle très en retard. Les interactions évolutionnaires entre les phages et leurs hôtes ont permis de découvrir une variété incroyable de mécanismes moléculaires; plusieurs d’entre-eux ont d’ailleurs donné lieu à des applications biotechnologiques révolutionnaires. Étant donné le rôle crucial des phages dans la médecine et les biotechnologies, notamment en tant qu’alternative aux antibiotiques pour combattre des parasites bactériens et des agents pathogènes spécifiques, la compréhension des mécanismes utilisés par le phage pour infecter son hôte est extrêmement importante. Le projet DiversiPHI financé par l’UE développe et applique actuellement de nouvelles méthodes informatiques et expérimentales pour mieux comprendre l’évolution des interactions phage-hôte.

Objectif

What determines if a phage can infect a host? This question arises as we work to understand the ecological roles of the hundreds of thousands of unknown viruses that I and others have discovered around the world. Phages are the most abundant life forms on Earth with important applications in medicine and biotechnology and far-ranging effects on microbial community functioning in all environments. Phage-host interactions (PHI) are an emergent trait that depends on the complex integration of factors like their taxonomic identity, the environment, and phage- and host-encoded proteins. With DiversiPHI, I propose a research program to unravel PHI by 1) measuring, 2) modelling, and 3) experimentally testing these diverse factors to develop a predictive understanding of host-range evolution.
I will first measure a range of evolutionary, ecological, and molecular factors contributing to PHI at high resolution using newly developed computational tools that exploit high-throughput datasets from thousands of natural environments around the world. Next, I will apply deep learning to integrate these measurements to simultaneously (i) quantify the relative importance and complex inter-dependencies of the different factors, and (ii) create a unique predictive model of host-range evolution. To complement these in silico predictions, I will develop an experimental evolution setup that tests the effect of the different PHI factors on host-range evolution in vitro.
Little is known about the abundant phages and their role in shaping our microbial world. DiversiPHI will vastly elevate this understanding and contribute new fundamental knowledge on how species-species interactions evolve in complex environments. Moreover, I will provide valuable new analysis tools to the community and consolidate my strong international reputation as a pioneering researcher in the cross-disciplinary field encompassing microbial ecology, virology, metagenomics, bioinformatics, and computer learning.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Mots‑clés

Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).

Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

ERC-COG - Consolidator Grant

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2019-COG

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Institution d’accueil

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Contribution nette de l'UE

La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.

€ 1 535 625,00
Adresse
FÜRSTENGRABEN 1
07743 JENA
Allemagne

Voir sur la carte

Région
Thüringen Thüringen Jena, Kreisfreie Stadt
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

€ 1 535 625,00

Bénéficiaires (2)

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