Next Generation Nanofluidic Devices for Single Molecule Analysis of DNA Repair Dynamics

Informations projet

nanoDNArepair

N° de convention de subvention: 866238

DOI

10.3030/866238

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Decembre 2019

Date de début 1 Avril 2020

Date de fin 31 Mars 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

CHALMERS TEKNISKA HOGSKOLA AB
Sweden

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Label-free nanofluidic scattering microscopy of size and mass of single diffusing molecules and nanoparticles

Auteurs: Barbora Špačková, Henrik Klein Moberg, Joachim Fritzsche, Johan Tenghamn, Gustaf Sjösten, Hana Šípová-Jungová, David Albinsson, Quentin Lubart, Daniel van Leeuwen, Fredrik Westerlund, Daniel Midtvedt, Elin K. Esbjörner, Mikael Käll, Giovanni Volpe, Christoph Langhammer
Publié dans: Nature Methods, Numéro 19, 2022, Page(s) 751-758, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01491-6

Dynamics of Ku and bacterial non-homologous end-joining characterized using single DNA molecule analysis

Auteurs: Robin Öz, Jing L Wang, Raphael Guerois, Gaurav Goyal, Sriram KK, Virginie Ropars, Rajhans Sharma, Firat Koca, Jean-Baptiste Charbonnier, Mauro Modesti, Terence R Strick, Fredrik Westerlund
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/5, 2021, Page(s) 2629-2641, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab083

Polymer Brushes on Silica Nanostructures Prepared by Aminopropylsilatrane Click Chemistry: Superior Antifouling and Biofunctionality

Auteurs: John Andersson; Julia Järlebark; Sriram KK; Andreas Schaefer; Rebekah Hailes; Chonnipa Palasingh; Bagus Santoso; Van-Truc Vu; Chun-Jun Huang; Fredrik Westerlund; Andreas Dahlin
Publié dans: ACS Applied Materials and Interfaces, Numéro 15, 2023, Page(s) 10228–10239, ISSN 1944-8244
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsami.2c21168

Phosphorylated CtIP bridges DNA to promote annealing of broken ends

Auteurs: Robin Öz, Sean M. Howard, Rajhans Sharma, Hanna Törnkvist, Ilaria Ceppi, Sriram KK, Erik Kristiansson, Petr Cejka, Fredrik Westerlund
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/35, 2020, Page(s) 21403-21412, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2008645117

Exploring the conformational dynamics of the SARS-CoV-2 SL4 hairpin by combining optical tweezers and base analogues

Auteurs: Vinoth Sundar Rajan, Anna Wypijewska del Nogal, Sune Levin, L. Marcus Wilhelmsson, Fredrik Westerlund
Publié dans: Nanoscale, Numéro 16, 2024, Page(s) 752-764, ISSN 2040-3364
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3nr04110g

Real-time compaction of nanoconfined DNA by an intrinsically disordered macromolecular counterion

Auteurs: Rajhans Sharma, Sriram KK, Erik D. Holmstrom, Fredrik Westerlund
Publié dans: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numéro 533/1, 2020, Page(s) 175-180, ISSN 0006-291X
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2020.06.051

Complex Conformational Dynamics of the Heart Failure-Associated Pre-miRNA-377 Hairpin Revealed by Single-Molecule Optical Tweezers.

Auteurs: Anna Wiktoria Wypijewska Del Nogal; Vinoth Sundar Rajan; Fredrik Westerlund; Marcus Wilhelmsson
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 22, 2021, Page(s) 9008, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22169008

Single-Molecule Trapping and Measurement in a Nanostructured Lipid Bilayer System

Auteurs: Maria Bespalova; Robin Öz; Fredrik Westerlund; Madhavi Krishnan
Publié dans: Langmuir, Numéro 38, 2022, Page(s) 13923–13934, ISSN 1520-5827
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acs.langmuir.2c02203

DNA in nanochannels: theory and applications

Auteurs: Karolin Frykholm, Vilhelm Müller, Sriram KK, Kevin D. Dorfman, Fredrik Westerlund
Publié dans: Quarterly Reviews of Biophysics, Numéro 55, 2022, ISSN 0033-5835
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s0033583522000117

Mechanical characterization of base analogue modified nucleic acids by force spectroscopy

Auteurs: Vinoth Sundar Rajan, Xavier Viader-Godoy, Yii-Lih Lin, Uttama Dutta, Felix Ritort, Fredrik Westerlund, L. Marcus Wilhelmsson
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 23/26, 2021, Page(s) 14151-14155, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp01985f

Probing physical properties of single amyloid fibrils using nanofluidic channels

Auteurs: Nima Sasanian, Rajhans Sharma, Quentin Lubart, Sriram KK, Marziyeh Ghaeidamini, Kevin D. Dorfman, Elin K. Esbjörner, Fredrik Westerlund
Publié dans: Nanoscale, Numéro 15, 2024, Page(s) 18737-18744, ISSN 2040-3364
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3nr02740f

C-terminal truncation of α-synuclein alters DNA structure from extension to compaction.

Auteurs: Kai Jiang; Sandra Rocha; Ranjeet Kumar; Fredrik Westerlund; Pernilla Wittung-Stafshede
Publié dans: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numéro 568, 2021, Page(s) 43-47, ISSN 1090-2104
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.06.059

Xrs2/NBS1 promote end-bridging activity of the MRE11-RAD50 complex

Auteurs: Carl Möller, Rajhans Sharma, Robin Öz, Giordano Reginato, Elda Cannavo, Ilaria Ceppi, K.K. Sriram, Petr Cejka, Fredrik Westerlund
Publié dans: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numéro 695, 2024, Page(s) 149464, ISSN 0006-291X
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2023.149464

The HIV-1 nucleocapsid chaperone protein forms locally compacted globules on long double-stranded DNA

Auteurs: Kai Jiang, Nicolas Humbert, Sriram K.K., Ioulia Rouzina, Yves Mely, Fredrik Westerlund
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/8, 2021, Page(s) 4550-4563, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab236

Book chapters (1)

Fluorescence Microscopy of Nanochannel-Confined DNA

Auteurs: Sriram KK, Fredrik Persson, Joachim Fritzsche, Jason P. Beech, Jonas O. Tegenfeldt, Fredrik Westerlund
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Single Molecule Analysis, 2023, Page(s) 175-202
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3377-9_9