Next Generation Nanofluidic Devices for Single Molecule Analysis of DNA Repair Dynamics

Informazioni relative al progetto

nanoDNArepair

ID dell’accordo di sovvenzione: 866238

DOI

10.3030/866238

Progetto chiuso

Data della firma CE 19 Dicembre 2019

Data di avvio 1 Aprile 2020

Data di completamento 31 Marzo 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 000 000,00

Contributo UE

€ 2 000 000,00

Coordinato da

CHALMERS TEKNISKA HOGSKOLA AB
Sweden

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (14)

Label-free nanofluidic scattering microscopy of size and mass of single diffusing molecules and nanoparticles

Autori: Barbora Špačková, Henrik Klein Moberg, Joachim Fritzsche, Johan Tenghamn, Gustaf Sjösten, Hana Šípová-Jungová, David Albinsson, Quentin Lubart, Daniel van Leeuwen, Fredrik Westerlund, Daniel Midtvedt, Elin K. Esbjörner, Mikael Käll, Giovanni Volpe, Christoph Langhammer
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 19, 2022, Pagina/e 751-758, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01491-6

Dynamics of Ku and bacterial non-homologous end-joining characterized using single DNA molecule analysis

Autori: Robin Öz, Jing L Wang, Raphael Guerois, Gaurav Goyal, Sriram KK, Virginie Ropars, Rajhans Sharma, Firat Koca, Jean-Baptiste Charbonnier, Mauro Modesti, Terence R Strick, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 49/5, 2021, Pagina/e 2629-2641, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab083

Polymer Brushes on Silica Nanostructures Prepared by Aminopropylsilatrane Click Chemistry: Superior Antifouling and Biofunctionality

Autori: John Andersson; Julia Järlebark; Sriram KK; Andreas Schaefer; Rebekah Hailes; Chonnipa Palasingh; Bagus Santoso; Van-Truc Vu; Chun-Jun Huang; Fredrik Westerlund; Andreas Dahlin
Pubblicato in: ACS Applied Materials and Interfaces, Numero 15, 2023, Pagina/e 10228–10239, ISSN 1944-8244
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsami.2c21168

Phosphorylated CtIP bridges DNA to promote annealing of broken ends

Autori: Robin Öz, Sean M. Howard, Rajhans Sharma, Hanna Törnkvist, Ilaria Ceppi, Sriram KK, Erik Kristiansson, Petr Cejka, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 117/35, 2020, Pagina/e 21403-21412, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2008645117

Exploring the conformational dynamics of the SARS-CoV-2 SL4 hairpin by combining optical tweezers and base analogues

Autori: Vinoth Sundar Rajan, Anna Wypijewska del Nogal, Sune Levin, L. Marcus Wilhelmsson, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Nanoscale, Numero 16, 2024, Pagina/e 752-764, ISSN 2040-3364
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3nr04110g

Real-time compaction of nanoconfined DNA by an intrinsically disordered macromolecular counterion

Autori: Rajhans Sharma, Sriram KK, Erik D. Holmstrom, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numero 533/1, 2020, Pagina/e 175-180, ISSN 0006-291X
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2020.06.051

Complex Conformational Dynamics of the Heart Failure-Associated Pre-miRNA-377 Hairpin Revealed by Single-Molecule Optical Tweezers.

Autori: Anna Wiktoria Wypijewska Del Nogal; Vinoth Sundar Rajan; Fredrik Westerlund; Marcus Wilhelmsson
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Numero 22, 2021, Pagina/e 9008, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22169008

Single-Molecule Trapping and Measurement in a Nanostructured Lipid Bilayer System

Autori: Maria Bespalova; Robin Öz; Fredrik Westerlund; Madhavi Krishnan
Pubblicato in: Langmuir, Numero 38, 2022, Pagina/e 13923–13934, ISSN 1520-5827
Editore: ACS
DOI: 10.1021/acs.langmuir.2c02203

DNA in nanochannels: theory and applications

Autori: Karolin Frykholm, Vilhelm Müller, Sriram KK, Kevin D. Dorfman, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Quarterly Reviews of Biophysics, Numero 55, 2022, ISSN 0033-5835
Editore: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s0033583522000117

Mechanical characterization of base analogue modified nucleic acids by force spectroscopy

Autori: Vinoth Sundar Rajan, Xavier Viader-Godoy, Yii-Lih Lin, Uttama Dutta, Felix Ritort, Fredrik Westerlund, L. Marcus Wilhelmsson
Pubblicato in: Physical Chemistry Chemical Physics, Numero 23/26, 2021, Pagina/e 14151-14155, ISSN 1463-9076
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp01985f

Probing physical properties of single amyloid fibrils using nanofluidic channels

Autori: Nima Sasanian, Rajhans Sharma, Quentin Lubart, Sriram KK, Marziyeh Ghaeidamini, Kevin D. Dorfman, Elin K. Esbjörner, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Nanoscale, Numero 15, 2024, Pagina/e 18737-18744, ISSN 2040-3364
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3nr02740f

C-terminal truncation of α-synuclein alters DNA structure from extension to compaction.

Autori: Kai Jiang; Sandra Rocha; Ranjeet Kumar; Fredrik Westerlund; Pernilla Wittung-Stafshede
Pubblicato in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numero 568, 2021, Pagina/e 43-47, ISSN 1090-2104
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.06.059

Xrs2/NBS1 promote end-bridging activity of the MRE11-RAD50 complex

Autori: Carl Möller, Rajhans Sharma, Robin Öz, Giordano Reginato, Elda Cannavo, Ilaria Ceppi, K.K. Sriram, Petr Cejka, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numero 695, 2024, Pagina/e 149464, ISSN 0006-291X
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2023.149464

The HIV-1 nucleocapsid chaperone protein forms locally compacted globules on long double-stranded DNA

Autori: Kai Jiang, Nicolas Humbert, Sriram K.K., Ioulia Rouzina, Yves Mely, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 49/8, 2021, Pagina/e 4550-4563, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab236

Book chapters (1)

Fluorescence Microscopy of Nanochannel-Confined DNA

Autori: Sriram KK, Fredrik Persson, Joachim Fritzsche, Jason P. Beech, Jonas O. Tegenfeldt, Fredrik Westerlund
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology, Single Molecule Analysis, 2023, Pagina/e 175-202
Editore: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3377-9_9