Dominant cis-regulatory variation to improve quantitative traits in polyploid wheat

Informations projet

dcPolyWheat

N° de convention de subvention: 866328

DOI

10.3030/866328

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Mars 2020

Date de début 1 Octobre 2020

Date de fin 30 Septembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 994,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 994,00

Coordonné par

JOHN INNES CENTRE
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Delayed development of basal spikelets in wheat explains their increased floret abortion and rudimentary nature

Auteurs: Anna Elisabeth Backhaus, Cara Griffiths, Angel Vergara-Cruces, James Simmonds, Rebecca Lee, Richard J Morris, Cristobal Uauy
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Numéro 74, 2023, Page(s) 5088-5103, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erad233

High expression of the MADS-box gene <i>VRT2</i> increases the number of rudimentary basal spikelets in wheat

Auteurs: Anna E Backhaus; Ashleigh Lister; Melissa Tomkins; Nikolai M Adamski; James Simmonds; Iain Macaulay; Richard J Morris; Wilfried Haerty; Cristobal Uauy
Publié dans: Plant Physiology, Numéro 1, 2022, ISSN 0032-0889
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiac156

Ectopic expression of Triticum polonicum VRT-A2 underlies elongated glumes and grains in hexaploid wheat in a dosage-dependent manner.

Auteurs: Nikolai M. Adamski; James Simmonds; Jemima Brinton; Anna E. Backhaus; Yi Chen; Mark A. Smedley; Sadiye Hayta; Tobin Florio; Pamela Crane; Peter Scott; Alice Pieri; Olyvia Hall; J. Elaine Barclay; Myles Clayton; John H. Doonan; Candida Nibau; Cristobal Uauy
Publié dans: Plant Cell, Numéro 1, 2021, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koab119

Einkorn genomics sheds light on history of the oldest domesticated wheat

Auteurs: Hanin Ibrahim Ahmed, Matthias Heuberger, Adam Schoen, Dal-Hoe Koo, Jesus Quiroz-Chavez, Laxman Adhikari, John Raupp, Stéphane Cauet, Nathalie Rodde, Charlotte Cravero, Caroline Callot, Gerard R. Lazo, Nagarajan Kathiresan, Parva K. Sharma, Ian Moot, Inderjit Singh Yadav, Lovepreet Singh, Gautam Saripalli, Nidhi Rawat, Raju Datla, Naveenkumar Athiyannan, Ricardo H. Ramirez-Gonzalez, Cristobal Uauy
Publié dans: Nature, Numéro 620, 2023, Page(s) 830-838, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06389-7

The Triticum ispahanicum elongated glume locus P2 maps to chromosome 6A and is associated with the ectopic expression of SVP-A1

Auteurs: Yi Chen, Yinqi Liu, Junli Zhang, Adam Torrance, Nobuyoshi Watanabe, Nikolai M. Adamski, Cristobal Uauy
Publié dans: Theoretical and Applied Genetics, Numéro 1, 2022, ISSN 0040-5752
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00122-022-04114-y

Identification of a novel SNP in the miR172 binding site of <i>Q</i> homoeolog <i>AP2L-D5</i> is associated with spike compactness and agronomic traits in wheat ( <i>Triticum aestivum</i> L.)

Auteurs: Victoria Zeng, Cristobal Uauy, Yi Chen
Publié dans: TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2026, ISSN 0040-5752
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1101/2023.10.10.561767

Spatial transcriptomics reveals expression gradients in developing wheat inflorescences at cellular resolution

Auteurs: Katie A Long, Ashleigh Lister, Maximillian R W Jones, Nikolai M Adamski, Rob E Ellis, Carole Chedid, Sophie J Carpenter, Xuemei Liu, Anna E Backhaus, Andrew Goldson, Vanda Knitlhoffer, Yuanrong Pei, Martin Vickers, Burkhard Steuernagel, Gemy G Kaithakottil, Jun Xiao, Wilfried Haerty, Iain C Macaulay, Cristóbal Uauy
Publié dans: The Plant Cell, Numéro 38, 2026, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koaf282

MicroRNA-resistant alleles of HOMEOBOX DOMAIN-2 modify inflorescence branching and increase grain protein content of wheat

Auteurs: Laura E Dixon, Marianna Pasquariello, Roshani Badgami, Kara A Levin, Gernot Poschet, Pei Qin Ng, Simon Orford, Noam Chayut, Nikolai M Adamski, Jemima Brinton, James Simmonds, Burkhard Steuernagel, Iain R Searle, Cristobal Uauy, Scott A Boden
Publié dans: Science Advances, Numéro 1, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abn5907

Harnessing landrace diversity empowers wheat breeding

Auteurs: Shifeng Cheng, Cong Feng, Luzie U. Wingen, Hong Cheng, Andrew B. Riche, Mei Jiang, Michelle Leverington-Waite, Zejian Huang, Sarah Collier, Simon Orford, Xiaoming Wang, Rajani Awal, Gary Barker, Tom O’Hara, Clare Lister, Ajay Siluveru, Jesús Quiroz-Chávez, Ricardo H. Ramírez-González, Ruth Bryant, Simon Berry, Urmil Bansal, Harbans S. Bariana, Malcolm J. Bennett, Breno Bicego, Lorelei Bilham
Publié dans: Nature, Numéro 632, 2024, Page(s) 823-831, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07682-9

Population genomic analysis of Aegilops tauschii identifies targets for bread wheat improvement

Auteurs: Kumar Gaurav, Sanu Arora, Paula Silva, Javier Sánchez-Martín, Richard Horsnell, Liangliang Gao, Gurcharn S. Brar, Victoria Widrig, W. John Raupp, Narinder Singh, Shuangye Wu, Sandip M. Kale, Catherine Chinoy, Paul Nicholson, Jesús Quiroz-Chávez, James Simmonds, Sadiye Hayta, Mark A. Smedley, Wendy Harwood, Suzannah Pearce, David Gilbert, Ngonidzashe Kangara, Catherine Gardener, Macarena Forner
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 1, 2022, Page(s) 41:422-431, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-021-01058-4

Origin and evolution of the bread wheat D genome

Auteurs: Emile Cavalet-Giorsa, Andrea González-Muñoz, Naveenkumar Athiyannan, Samuel Holden, Adil Salhi, Catherine Gardener, Jesús Quiroz-Chávez, Samira M. Rustamova, Ahmed Fawzy Elkot, Mehran Patpour, Awais Rasheed, Long Mao, Evans S. Lagudah, Sambasivam K. Periyannan, Amir Sharon, Axel Himmelbach, Jochen C. Reif, Manuela Knauft, Martin Mascher, Nils Stein, Noam Chayut, Sreya Ghosh, Dragan Perovic, Al
Publié dans: Nature, Numéro 633, 2024, Page(s) 848-855, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07808-z

A scalable phenotyping approach for female floral organ development and senescence in the absence of pollination in wheat

Auteurs: Marina Millan-Blanquez, Matthew Hartley, Nicholas Bird, Yann Manes, Cristobal Uauy, Scott Boden
Publié dans: Development, Numéro 1, 2022, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200889

Population genomics uncover loci for trait improvement in the indigenous African cereal tef ( <i>Eragrostis tef</i> )

Auteurs: Maximillian R. W. Jones, Worku Kebede, Abel Teshome, Aiswarya Girija, Adanech Teshome, Dejene Girma, James K. M. Brown, Jesus Quiroz-Chavez, Chris S. Jones, Brande B. H. Wulff, Kebebew Assefa, Zerihun Tadele, Luis A. J. Mur, Solomon Chanyalew, Cristobal Uauy, Oluwaseyi Shorinola
Publié dans: Communications Biology, 2026, ISSN 2399-3642
Éditeur: Communications Biology
DOI: 10.1101/2024.09.30.615331

Stigma longevity is not a major limiting factor in hybrid wheat seed production

Auteurs: Marina Millan-Blanquez, James Simmonds, Nicholas Bird, Yann Manes, Cristobal Uauy, Scott A Boden
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Numéro 76, 2025, Page(s) 4003-4013, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraf154

Other (4)

Delayed development of basal spikelets in wheat explains their increased floret abortion and rudimentary nature

Auteurs: Anna E. Backhaus, Cara Griffiths, Angel Vergara-Cruces, James Simmonds, Rebecca Lee, Richard J. Morris, Cristobal Uauy
Publié dans: bioRxiv, Numéro 1, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.02.17.528935

Decoding cellular transcriptional regulatory networks governing wheat inflorescence development

Auteurs: Xuemei Liu, Xuelei Lin, Jingmin Kang, Katie A. Long, Jingjing Yue, Chuan Chen, Dongzhi Wang, Ashleigh Lister, Iain C. Macaulay, Xin Liu, Cristobal Uauy, Jun Xiao
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.01.18.633750

Increased grain weight conferred by <i>GW2</i> mutations in wheat does not translate into yield gains in multi-year field trials of near-isogenic lines

Auteurs: James Simmonds, Pamela Crane, Sophie Eade, Aura Montemayor-Lara, Matt Kerton, Nicholas Bird, Phil Tailby, Peter Jackson, Duncan Warner, Charlotte Hayes, David Schafer, Cristobal Uauy
Publié dans: bioRxiv, 2025
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.64898/2025.12.04.692284

Collation and orthology-based identification of hormone-related genes in bread wheat

Auteurs: Maximillian RW Jones; Katie Long; Andy Phillips; Cristobal Uauy
Publié dans: Zenodo, Numéro 1, 2022
Éditeur: OpenAIRE
DOI: 10.5281/zenodo.7082849