Modes of genome evolution during major metazoan transitions

Informations projet

METASCALE

N° de convention de subvention: 945026

DOI

10.3030/945026

Date de signature de la CE 15 Octobre 2020

Date de début 1 Juillet 2021

Date de fin 30 Juin 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 483 477,00

Contribution de l’UE

€ 1 483 477,00

Coordonné par

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Publications

Peer reviewed articles (9)

Gene modelling and annotation for the Hawaiian bobtail squid, Euprymna scolopes

Auteurs: Rogers, T. F., Yalçın, G., Briseno, J., Vijayan, N., Nyholm, S. V. & Simakov, O.
Publié dans: Scientific Data, 2024, ISSN 2052-4463
Éditeur: 2052-4463
DOI: 10.1038/s41597-023-02903-8

Robust 3D modelling reveals spatiosyntenic properties of animal genomes

Auteurs: Clarence T, Robert NSM, Sarigoel F, Fu X, Bates P, Simakov O
Publié dans: iScience, 2023, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106136

Chromosome-level genome of the three-spot damselfish, <i>Dascyllus trimaculatus</i>

Auteurs: May B. Roberts; Darrin T. Schultz; Remy Gatins; Merly Escalona; Giacomo Bernardi
Publié dans: G3: Genes, Genomes, Genetics, vol 13, iss 4, Numéro 4, 2022, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1101/2022.08.16.504202

Deeply conserved synteny and the evolution of metazoan chromosomes

Auteurs: Simakov O, Bredeson J, Berkoff K, Marletaz F, Mitros T, Schultz DT, O'Connell BL, Dear P, Martinez DE, Steele RE, Green RE, David CN, Rokhsar DS.
Publié dans: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abi5884

A chromosome-level reference genome for the common octopus, Octopus vulgaris (Cuvier, 1797)

Auteurs: Destanović, D., Schultz, D. T., Styfhals, R., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Gut, M., Gut, I., Fiorito, G., Simakov, O., Alioto, T. S., Ponte, G., Seuntjens, E.
Publié dans: G3, 2023, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad220

Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animals

Auteurs: Darrin T Schultz, Steven H D Haddock, Jessen V Bredeson, Richard E Green, Oleg Simakov, Daniel S Rokhsar
Publié dans: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41586-023-05936-6

Emergence of novel genomic regulatory regions associated with light-organ development in the bobtail squid

Auteurs: Lisa Rouressol; John Briseno; Nidhi Vijayan; Grischa Y. Chen; Elena A. Ritschard; Gustavo Sanchez; Spencer V. Nyholm; Margaret J. McFall-Ngai; Oleg Simakov
Publié dans: iScience, Numéro 4, 2023, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107091

Emerging questions on the mechanisms and dynamics of 3D genome evolution in spiralians

Auteurs: Rogers, T. F., Simakov, O.
Publié dans: Briefungs in Functional Genomics, 2023, ISSN 2041-2649
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bfgp/elad043

The complete mitochondrial genome of <i>Dascyllus trimaculatus</i> (Rüppell, 1829)

Auteurs: Juliana Limón; May B. Roberts; Darrin T. Schultz; Giacomo Bernardi
Publié dans: Mitochondrial DNA Part B, Numéro 4, 2023, ISSN 2380-2359
Éditeur: Taylor and Francis Online
DOI: 10.1080/23802359.2022.2161838