TraCS - Training in Computational Science

Informations projet

CompSci

N° de convention de subvention: 945371

DOI

10.3030/945371

Date de signature de la CE 6 Mai 2020

Date de début 1 Août 2021

Date de fin 31 Juillet 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 5 207 040,00

Contribution de l’UE

€ 2 603 520,00

Coordonné par

UNIVERSITETET I OSLO
Norway

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Livrables

Documents, reports (2)

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Publications

Peer reviewed articles (47)

Modelled surface climate response to effusive Icelandic volcanic eruptions: sensitivity to season and size

Auteurs: Tómas Zoëga, Trude Storelvmo, Kirstin Krüger
Publié dans: Atmospheric Chemistry and Physics, Numéro 25, 2025, Page(s) 2989-3010, ISSN 1680-7324
Éditeur: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/acp-25-2989-2025

Comparison of two different integration methods for the (1+1)-dimensional Schrödinger-Poisson equation.

Auteurs: Nico Schwersenz, Victor Loaiza, Tim Zimmermann, Javier Madroñero, and Sandro Wimberger
Publié dans: Computer Physics Communications, Numéro 300, 2024, Page(s) 109192, ISSN 0010-4655
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cpc.2024.109192

Cross-coupling catalysts for inactive substrates from a three-dimensional virtual screening

Auteurs: Arron L. Burnage, Hannes Kneiding, Ainara Nova, David Balcells
Publié dans: Journal of Catalysis, Numéro 452, 2025, Page(s) 116446, ISSN 0021-9517
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcat.2025.116446

Detection of wave activity within a realistic 3D magnetohydrodynamic quiet Sun simulation

Auteurs: George Cherry, Boris Gudiksen, Adam J. Finley
Publié dans: Astronomy & Astrophysics, Numéro 700, 2025, Page(s) A276, ISSN 0004-6361
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1051/0004-6361/202555110

Acoustic Wave‐Induced Stroboscopic Optical Mechanotyping of Adherent Cells

Auteurs: Thomas Combriat, Petter Angell Olsen, Silja Borring Låstad, Anders Malthe‐Sørenssen, Stefan Krauss, Dag Kristian Dysthe
Publié dans: Advanced Science, Numéro 11, 2025, Page(s) 2307929, ISSN 2198-3844
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202307929

Multitask learning of a biophysically-detailed neuron model

Auteurs: Jonas Verhellen, Kosio Beshkov, Sebastian Amundsen, Torbjørn V. Ness, Gaute T. Einevoll
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1011728, ISSN 1553-7358
Éditeur: San Francisco, CA Public Library of Science 2005-
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011728

Deep Graph Learning for Molecules and Materials

Auteurs: Hannes Kneiding, David Balcells
Publié dans: Nordic Machine Intelligence, Numéro 3, 2024, Page(s) 8-14, ISSN 2703-9196
Éditeur: University of Oslo Library
DOI: 10.5617/nmi.10517

Bayesian data assimilation on an Arctic glacier: learning from large ensemble twin experiments

Auteurs: Wenxue Cao, Kristoffer Aalstad, Louise Steffensen Schmidt, Sebastian Westermann, Thomas V. Schuler
Publié dans: Journal of Glaciology, Numéro 71, 2025, Page(s) e121, ISSN 0022-1430
Éditeur: International Glaciological Society
DOI: 10.1017/jog.2025.10101

Local inhibitory circuits mediate cortical reactivations and memory consolidation

Auteurs: Kristian K. Lensjø, Ingeborg Nymoen Nystuen, Frederik S. Rogge, Kristin Tøndel, Arthur Sugden, Inga Shurnayte, Sverre Grødem, Anders Malthe-Sørenssen, Torkel Hafting, Mark L. Andermann, Marianne Fyhn
Publié dans: Science Advances, Numéro 11, 2025, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adu9800

Exploring the guest–host relationship for zeolite Y: a synergistic structural and theoretical investigation

Auteurs: Agnieszka Seremak, Ruben Goeminne, Izar Capel Berdiell, Lars F. Lundegaard, Veronique Van Speybroeck, Stian Svelle
Publié dans: Journal of Materials Chemistry A, Numéro 13, 2025, Page(s) 35755-35764, ISSN 2050-7488
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5ta04948b

Hexagons all the way down: grid cells as a conformal isometric map ofspace

Auteurs: Vemund Sigmundson Schøyen, Kosio Beshkov, Markus Borud Pettersen, Erik Hermansen, Konstantin Holzhausen, Anders Malthe-Sørenssen, Marianne Fyhn, Mikkel Elle Lepperød
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 21, 2025, Page(s) e1012804, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012804

Outer-Sphere CO Release Mechanism in the Methanol-to-Syngas Reaction Catalyzed by a Ru-PNP Pincer Complex

Auteurs: Jiali Liu, Raquel J. Rama, Tomás Cordero-Lanzac, Mohamed E. A. Safy, Robert Franke, Ainara Nova
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 15, 2025, Page(s) 5113-5122, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.4c06818

Evolution of phenotypic plasticity leads to tumor heterogeneity with implications for therapy

Auteurs: Simon Syga, Harish P. Jain, Marcus Krellner, Haralampos Hatzikirou, Andreas Deutsch
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1012003, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012003

Climate State Dependent Response to Very Large Icelandic Effusive Volcanic Eruptions

Auteurs: Tómas Zoëga, Trude Storelvmo, Kirstin Krüger
Publié dans: Geophysical Research Letters, Numéro 52, 2025, ISSN 0094-8276
Éditeur: American Geophysical Union
DOI: 10.1029/2025gl114638

A Raman lens on the active sites in the oxygenation of cyclohexene catalyzed by a Cu-bipyridine homoleptic complex

Auteurs: Barbara Centrella, Mouhammad Abu Rasheed, Matteo Bonomo, Alessandro Damin, Francesco D’Amico, Unni Olsbye, Claudia Barolo, Silvia Bordiga
Publié dans: Catalysis Today, Numéro 441, 2024, Page(s) 114876, ISSN 0920-5861
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cattod.2024.114876

Augmenting genetic algorithms with machine learning for inverse molecular design

Auteurs: Hannes Kneiding, David Balcells
Publié dans: Chemical Science, Numéro 15, 2024, Page(s) 15522-15539, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4sc02934h

Krill oil protects dopaminergic neurons from age-related degeneration through temporal transcriptome rewiring and suppression of several hallmarks of aging.

Auteurs: Tanima SenGupta, Yohan Lefol, Lisa Lirussi, Veronica Suaste, Torben Luders, Swapnil Gupta, Yahyah Aman, Kulbhushan Sharma, Evandro Fei Fang, and Hilde Nilsen
Publié dans: Aging, Numéro 14 (21), 2022, Page(s) 8661-8687, ISSN 1945-4589
Éditeur: Impact journals
DOI: 10.18632/aging.204375

Harnessing Oxidation‐State Control In Cu‐Based Mixed‐Linker UiO‐67 Towards Selective Catalysis For Oxygenation Reactions

Auteurs: Barbara Centrella, Rafael Cortez Sgroi Pupo, Mouhammad Abu Rasheed, Stefano Nejrotti, Beatrice Garetto, Valeria Finelli, Ning Cao, Matteo Bonomo, Claudia Barolo, Elisa Borfecchia, Matteo Signorile, Stefano Bertinetti, Petra Ágota Szilágyi, Ainara Nova, Unni Olsbye, Silvia Bordiga
Publié dans: ChemSusChem, Numéro 18, 2025, ISSN 1864-5631
Éditeur: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cssc.202500149

Implementation of thermal conduction energy transfer models in the Bifrost solar atmosphere MHD code

Auteurs: George Cherry, Mikolaj Szydlarski, Boris Gudiksen
Publié dans: Astronomy & Astrophysics, Numéro 692, 2024, Page(s) A139, ISSN 0004-6361
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1051/0004-6361/202452012

Isometric representations in neural networks improve robustness

Auteurs: Kosio Beshkov, Jonas Verhellen, Mikkel Elle Lepperød
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-20619-0

Topological structure of population activity in mouse visual cortex encodes densely sampled stimulus rotations

Auteurs: Kosio Beshkov, Marianne Fyhn, Torkel Hafting, Gaute T. Einevoll
Publié dans: iScience, Numéro 27, 2024, Page(s) 109370, ISSN 2589-0042
Éditeur: [Cambridge, MA] Cell Press, Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2024.109370

tmQMg* Dataset: Excited State Properties of 74k Transition Metal Complexes

Auteurs: Hannes Kneiding, David Balcells
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, 2026, ISSN 1549-960X
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.26434/chemrxiv-2025-pdd8p

Kinetic Modeling of the Ru‐MACHO‐Catalyzed CO₂ Hydrogenation to Methanol

Auteurs: Mohamed E. A. Safy, Raquel J. Rama, Niklas F. Both, Kathrin Junge, Matthias Beller, Ainara Nova
Publié dans: ChemCatChem, Numéro 17, 2025, ISSN 1867-3880
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.202500883

Sensitivity of the polar boundary layer to transient phenomena.

Auteurs: Amandine Kaiser, Nikki Vercauteren, and Sebastian Krumscheid
Publié dans: Nonlinear processes in geophysics, Numéro 31 (1), 2024, Page(s) 45–60, ISSN 1023-5809
Éditeur: American Geophysical Union
DOI: 10.5194/npg-31-45-2024

An Extended Energy-Biased Aggregation-Volume-Bias Monte Carlo (EB-AVBMC) Method for Nucleation Simulation of a Reactive Water Potential

Auteurs: Anthony Val Canillas Camposano, Even Marius Nordhagen, Anders Malthe-So̷renssen, Henrik Andersen Sveinsson
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 21, 2025, Page(s) 6769-6776, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.5c00722

Modeling the relationship between mechanical yield stress and material geometry using convolutional neural networks

Auteurs: Fahimeh Najafi, Henrik Andersen Sveinsson, Christer Dreierstad, Hans Erlend Bakken Glad, Anders Malthe-Sørenssen
Publié dans: Applied Physics Letters, Numéro 123, 2025, ISSN 0003-6951
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0160338

Interference in fuzzy dark matter filaments

Auteurs: T. Zimmermann, D. J. E. Marsh, K. K. Rogers, H. A. Winther, S. Shen
Publié dans: Astronomy & Astrophysics, Numéro 696, 2025, Page(s) A145, ISSN 0004-6361
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1051/0004-6361/202554232

Robust statistical properties of T1 transitions in a multi-phase field model of cell monolayers.

Auteurs: Harish Pruthviraj Jain, Axel Voigt, and Luiza Angheluta
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 2023, Page(s) 100996, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37064-6

Enabling a bioinspired <i>N</i>,<i>N</i>,<i>N</i>-copper coordination motif through spatial control in UiO-67: synthesis and reactivity

Auteurs: Isabelle Gerz, Erlend S. Aunan, Valeria Finelli, Mouhammad Abu Rasheed, Gabriele Deplano, Rafael Cortez S. P., Inga L. Schmidtke, David S. Wragg, Matteo Signorile, Knut T. Hylland, Elisa Borfecchia, Karl Petter Lillerud, Silvia Bordiga, Unni Olsbye, Mohamed Amedjkouh
Publié dans: Dalton Transactions, Numéro 53, 2024, Page(s) 8141-8153, ISSN 1477-9226
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3dt03096b

Investigating the Flexibility of H-ZSM-5 Zeolite Upon Adsorption of Coke Precursors: A Theoretical and Experimental Approach

Auteurs: Agnieszka Seremak, Izar Capel Berdiell, Bjørnar Arstad, Torstein Fjermestad, Stian Svelle
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry C, Numéro 129, 2025, Page(s) 1183-1197, ISSN 1932-7447
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcc.4c07349

Arctic warming from a high-latitude effusive volcanic eruption

Auteurs: Tómas Zoëga, Trude Storelvmo, Kirstin Krüger
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-98811-5

A path-based boosting algorithm for exploring transition metal compounds

Auteurs: Claudio Meggio, Johan Pensar, David Balcells, Riccardo De Bin
Publié dans: Statistical Modelling, 2026, ISSN 1471-082X
Éditeur: SAGE Publications
DOI: 10.1177/1471082x251407458

C-H Activation with Cu(I) MOFs: The Pertinence of Natural-Like Active Centres and Their Facile Modification

Auteurs: Rafael Cortez Sgroi Pupo, Beatrice Garetto, Mouhammad Abu Rasheed, Ning Cao, Bjørnar Arstad, Frédérique Pourpoint, Erlend Aunan, Silvia Bordiga, Unni Olsbye, Ainara Nova, Elisa Borfecchia, Petra Ágota Szilágyi
Publié dans: Topics in Catalysis, Numéro 68, 2025, Page(s) 2375-2392, ISSN 1022-5528
Éditeur: Baltzer Science Publishers B.V.
DOI: 10.1007/s11244-025-02218-5

AABBA Graph Kernel: Atom-Atom, Bond-Bond, and Bond-Atom Autocorrelations for Machine Learning

Auteurs: Lucía Morán-González, Jørn Eirik Betten, Hannes Kneiding, David Balcells
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 64, 2024, Page(s) 8756-8769, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01583

Influence of Aluminum Distribution in Cu-MOR Systems on Methane-to-Methanol Conversion: A Combined Experimental and Theoretical Study

Auteurs: Peter N. Njoroge, Bjørn Gading Solemsli, Asanka Wijerathne, Izar Capel Berdiell, Agnieszka Seremak, Mario Chiesa, Yu-Kai Liao, Beatrice Garetto, Nishant Patel, Karoline Kvande, Elisa Borfecchia, Christopher Paolucci, Unni Olsbye, Pablo Beato, Stian Svelle, Sebastian Prodinger
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry C, Numéro 129, 2025, Page(s) 20044-20056, ISSN 1932-7447
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcc.5c06045

Deep learning metal complex properties with natural quantum graphs.

Auteurs: Hannes Kneiding, Ruslan Lukin, Lucas Lang, Simen Reine, Thomas Bondo Pedersen, Riccardo De Bin, and David Balcells
Publié dans: Digital discovery, Numéro 2, 2023, Page(s) 618-633, ISSN 2635-098X
Éditeur: RSC
DOI: 10.1039/d2dd00129b

Capturing the Variability of the Nocturnal Boundary Layer through Localized Perturbation Modeling

Auteurs: Amandine Kaiser, Nikki Vercauteren, Sebastian Krumscheid
Publié dans: Journal of the Atmospheric Sciences, Numéro 82, 2025, Page(s) 119-138, ISSN 0022-4928
Éditeur: American Meteorological Society
DOI: 10.1175/jas-d-24-0036.1

From cell intercalation to flow, the importance of T1 transitions.

Auteurs: Harish Pruthviraj Jain, Axel Voigt, and Luiza Angheluta
Publié dans: Physical Review Research, Numéro 6, 2024, Page(s) 033176, ISSN 2643-1564
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.033176

Transitioning from Methanol to Olefins (MTO) toward a Tandem CO₂ Hydrogenation Process: On the Role and Fate of Heteroatoms (Mg, Si) in MAPO-18 Zeotypes

Auteurs: Tomás Cordero-Lanzac, Izar Capel Berdiell, Alessia Airi, Sang-Ho Chung, Jenna L. Mancuso, Evgeniy A. Redekop, Claudia Fabris, Leidy Figueroa-Quintero, Juan C. Navarro de Miguel, Javier Narciso, Enrique V. Ramos-Fernandez, Stian Svelle, Veronique Van Speybroeck, Javier Ruiz-Martínez, Silvia Bordiga, Unni Olsbye
Publié dans: JACS Au, Numéro 4, 2024, Page(s) 744-759, ISSN 2691-3704
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/jacsau.3c00768

Task and Behavior-Related Variables Are Encoded by the Postrhinal and Medial Entorhinal Cortex During Non-Spatial Associative Learning

Auteurs: Ingeborg Nymoen Nystuen, Frederik Sebastian Rogge, Anna Hjertvik Aasen, Sverre Grødem, Anders Malthe-Sørenssen, Mikkel Elle Lepperød, Torkel Hafting, Marianne Fyhn, Kristian Kinden Lensjø
Publié dans: eLife, 2025, Page(s) RP106095, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.106095.1

"Dwarf Galaxies Imply Dark Matter Is Heavier than <mml:math xmlns:mml=""http://www.w3.org/1998/Math/MathML"" display=""inline""><mml:mrow><mml:mn>2.2</mml:mn><mml:mo>×</mml:mo><mml:msup><mml:mrow><mml:mn>10</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mo>−</mml:mo><mml:mn>21</mml:mn></mml:mrow></mml:msup><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mi>eV</mml:mi></mml:mrow></mml:math>"

Auteurs: Tim Zimmermann, James Alvey, David J. E. Marsh, Malcolm Fairbairn, Justin I. Read
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 134, 2025, Page(s) 151001, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.134.151001

A Deep Generative Model for the Inverse Design of Transition Metal Ligands and Complexes

Auteurs: Magnus Strandgaard, Trond Linjordet, Hannes Kneiding, Arron L. Burnage, Ainara Nova, Jan Halborg Jensen, David Balcells
Publié dans: JACS Au, Numéro 5, 2025, Page(s) 2294-2308, ISSN 2691-3704
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/jacsau.5c00242

Coulomb Interaction-Driven Entanglement of Electrons on Helium

Auteurs: Niyaz R. Beysengulov, Øyvind S. Schøyen, Stian D. Bilek, Jonas B. Flaten, Oskar Leinonen, Morten Hjorth-Jensen, Johannes Pollanen, Håkon Emil Kristiansen, Zachary J. Stewart, Jared D. Weidman, Angela K. Wilson
Publié dans: PRX Quantum, Numéro 5, 2024, Page(s) 030324, ISSN 2691-3399
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/prxquantum.5.030324

Genetic Algorithm Workflow for Parameterization of a Water Model Using the Vashishta Force Field

Auteurs: Anthony Val C. Camposano, Even Marius Nordhagen, Henrik Andersen Sveinsson, Anders Malthe-So̷renssen
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 129, 2025, Page(s) 1331-1342, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c06389

An updated suite of viral vectors for in vivo calcium imaging using intracerebral and retro-orbital injections in male mice

Auteurs: Sverre Grødem, Ingeborg Nymoen, Guro Helén Vatne, Frederik Sebastian Rogge, Valgerður Björnsdóttir, Kristian Kinden Lensjø, Marianne Fyhn
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36324-3

On thermal conduction in the solar atmosphere: An analytical solution for nonlinear diffusivity without compact support

Auteurs: S. V. Furuseth, G. Cherry, J. Martínez-Sykora
Publié dans: Astronomy &amp; Astrophysics, Numéro 691, 2024, Page(s) A79, ISSN 0004-6361
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1051/0004-6361/202451707

Augmenting Genetic Algorithms with Machine Learning for Inverse Molecular Design

Auteurs: Hannes Kneiding, David Balcells
Publié dans: Chemical Science, 2024, ISSN 2041-6539
Éditeur: Cambridge Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-lcm83

Thesis and dissertations (8)

Exploring stable atmospheric boundary layer regimes: a stochastic perspective conceptual and numerical study on regime transitions, turbulence parameterizations and model uncertainties

Auteurs: Amandine Kaiser
Publié dans: 2025, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

Complex Learning: Machine learning approaches for transition metal complexes

Auteurs: Hannes Kneiding
Publié dans: 2024, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

On the wave-like nature of fuzzy dark matter: Modeling, phenomenology and limits from the bottom up

Auteurs: Tim Zimmermann
Publié dans: 2025, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

The climate response to high-latitude effusive volcanic eruptions

Auteurs: Tómas Zoëga
Publié dans: 2025, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

Volatile control on kimberlite melt structure, density, and viscosity: Atomistic study with implications for kimberlite volcanism

Auteurs: Ana Anzulović
Publié dans: 2025, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

Quantifying energy transfer in the solar atmosphere

Auteurs: George Cherry
Publié dans: 2025
Éditeur: University of Oslo

Parameterization of a reactive silica-water model using the Vashishta functional form

Auteurs: Anthony Val C. Camposano
Publié dans: 2025, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

Neural Representations and the Topology of Cognition. Studying the structural properties of the maps implemented by neural networks

Auteurs: Kosio Beshkov
Publié dans: 2024, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo