Comprehending Prokaryotic Argonaute Systems

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Publications

RNA-guided RNA silencing by an Asgard archaeal Argonaute

Auteurs: Carolien Bastiaanssen, Pilar Bobadilla Ugarte, Kijun Kim, Giada Finocchio, Yanlei Feng, Todd A. Anzelon, Stephan Köstlbacher, Daniel Tamarit, Thijs J. G. Ettema, Martin Jinek, Ian J. MacRae, Chirlmin Joo, Daan C. Swarts, Fabai Wu
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49452-1

Cyanobacterial Argonautes and Cas4 family nucleases cooperate to interfere with invading DNA

Auteurs: Pilar Bobadilla Ugarte, Stefanie Halter, Sumanth K. Mutte, Clint Heijstek, Theophile Niault, Ilya Terenin, Patrick Barendse, Balwina Koopal, Mark Roosjen, Sjef Boeren, Vasili Hauryliuk, Martin Jinek, Adrie H. Westphal, Daan C. Swarts
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 85, 2025, Page(s) 1920-1937.e10, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2025.03.025

One-shot design of functional protein binders with BindCraft

Auteurs: Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, Yehlin Cho, Kourosh H. Ghamary, Laura Vinué, Brahm J. Yachnin, Andrew M. Wollacott, Stephen Buckley, Adrie H. Westphal, Simon Lindhoud, Sandrine Georgeon, Casper A. Goverde, Georgios N. Hatzopoulos, Pierre Gönczy, Yannick D
Publié dans: Nature, Numéro 646, 2025, Page(s) 483-492, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09429-6

Short prokaryotic Argonaute systems trigger cell death upon detection of invading DNA

Auteurs: Balwina Koopal, Ana Potocnik, Sumanth K. Mutte, Cristian Aparicio-Maldonado, Simon Lindhoud, Jacques J.M. Vervoort, Stan J.J. Brouns, Daan C.Swarts
Publié dans: Cell, Numéro Volume 185, Numéro 9, 2022, Page(s) 1471-1486, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.012

A long look at short prokaryotic Argonautes

Auteurs: Balwina Koopal; Sumanth K. Mutte; Daan C. Swarts
Publié dans: Trends in Cell Biology, Numéro Volume 33, Numéro 7, 2023, ISSN 0962-8924
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2022.10.005

Target DNA-dependent activation mechanism of the prokaryotic immune system SPARTA

Auteurs: Giada Finocchio, Balwina Koopal, Ana Potocnik, Clint Heijstek, Adrie H Westphal, Martin Jinek, Daan C Swarts
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 2012-2029, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad1248

Distribution of bacterial DNA repair proteins and their co-occurrence with immune systems

Auteurs: Sumanth K. Mutte, Patrick Barendse, Pilar Bobadilla Ugarte, Daan C. Swarts
Publié dans: Cell Reports, Numéro 44, 2026, Page(s) 115110, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.115110

Argonaute proteins confer immunity in all domains of life

Auteurs: Bobadilla Ugarte, Pilar; Barendse, Patrick; Swarts, Daan C.
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro Volume 74, 2023, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2023.102313

Short prokaryotic Argonaute system repurposed as a nucleic acid detection tool.

Auteurs: Ana Potocnik; Daan C. Swarts
Publié dans: Clinical and Translational Medicine, 2022, ISSN 2001-1326
Éditeur: Wiley online library
DOI: 10.1002/ctm2.1059

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